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1w0s

Solution structure of trimeric form of properdin by X-ray solution scattering and analytical ultracentrifugation

Method: SOLUTION SCATTERING Dmax: 251.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROPERDIN

物种未注明

UniProt P27918

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 28–469 片段：RESIDUES 28-469 无其他共同聚合物 SOLUTION SCATTERING mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率未提供
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 28–469 片段：RESIDUES 28-469 无其他共同聚合物 SOLUTION SCATTERING mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率未提供
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 28–469 片段：RESIDUES 28-469 无其他共同聚合物 SOLUTION SCATTERING mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1W0S Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1W0R Solution structure of dimeric form of properdin by X-ray solution scattering and analytical ultracentrifugation 提交 2004-06-09 当前字段一致 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 28–469（442 aa） 片段：RESIDUES 28-469
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION SCATTERING mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1W0R Solution structure of dimeric form of properdin by X-ray solution scattering and analytical ultracentrifugation 提交 2004-06-09 当前字段一致 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 28–469（442 aa） 片段：RESIDUES 28-469
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION SCATTERING mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
6RUR Structure of the SCIN stabilized C3bBb convertase bound to properdin 提交 2019-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 U 28–255（228 aa）
链 V 256–469（214 aa）
链 X 28–255（228 aa）
链 Y 256–469（214 aa）
突变：TSR2 and TSR3 are not modelled 突变：TSR2 and TSR3 are not modelled MAN alpha-D-mannopyranose × 18 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；50 mM MgAcetate 50 mM Mes 6.5 5 % w/v PEG 10K
分辨率 6.00 Å R-free 0.272
6RUS Structure of a functional properdin monomer 提交 2019-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 28–255（228 aa）
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 8 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；1.1 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 6.0, 1.2%(w/v) myo-inositol
分辨率 2.80 Å R-free 0.274
6RUS Structure of a functional properdin monomer 提交 2019-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 256–469（214 aa）
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；1.1 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 6.0, 1.2%(w/v) myo-inositol
分辨率 2.80 Å R-free 0.274
6RUV Structure of the SCIN stabilized C3bBb convertase bound to Properdin and a the non-inhibitory nanobody hFPNb1 提交 2019-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 U 28–191（164 aa）
链 V 256–469（214 aa）
链 X 28–191（164 aa）
链 Y 256–469（214 aa）
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 21 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；277 K；100 mM NaCl, 5 % (w/v) PEG4000, 10 mM MgCl2, 100 mM Sodium Cacodylate trihydrate pH 5.8.
分辨率 6.15 Å R-free 0.271
6RV6 Structure of properdin lacking TSR3 based on anomalous data 提交 2019-05-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–191（164 aa）
链 B 256–469（214 aa）
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；292 K；1.0 M lithium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.0, 0.1 M barium chloride
分辨率 3.51 Å R-free 0.283
6S08 Crystal Structure of Properdin (TSR domains N1 & 456) 提交 2019-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 256–469（214 aa）
链 B 26–132（107 aa）
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 8 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NA SODIUM ION × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Potassium Sulphate, PEG 3350
分辨率 2.03 Å R-free 0.248
6S0A Crystal Structure of Properdin (TSR domains N12 & 456) 提交 2019-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 256–469（214 aa）
链 B 26–191（166 aa）
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 10 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Sodium Citrate, PEG 3000
分辨率 2.52 Å R-free 0.267
6S0B Crystal Structure of Properdin in complex with the CTC domain of C3/C3b 提交 2019-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 256–469（214 aa）
链 B 26–132（107 aa）
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；Tacsimate, PEG 3350
分辨率 2.31 Å R-free 0.277
6SEJ Structure of a functional monomeric properdin lacking TSR3 提交 2019-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–191（164 aa）
链 B 256–469（214 aa）
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；292 K；1.0 M lithium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.0, 0.1 M barium chloride
分辨率 3.50 Å R-free 0.266
7B26 CirpA1 in complex with pseudo-monomeric Properdin lacking TSR2-3 提交 2020-11-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–134（134 aa）
链 B 256–469（214 aa）
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.15 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Tris, pH 7.5, 18 % w/v PEG 5000 MME
分辨率 3.40 Å R-free 0.274
7NOZ Structure of the nanobody stablized properdin bound alternative pathway proconvertase C3b:FB:FP 提交 2021-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 28–190（163 aa）
链 D 255–461（207 aa）
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.05 M Na-acetate pH 5.3, 0.1 M Mg-formate,7% PEG5000 MME
分辨率 3.90 Å R-free 0.265
8Q6R Structure of complement FP in complex with the TPP-3077 VHH 提交 2023-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 28–135（108 aa）
链 D 256–469（214 aa）
未记录 GCH GLYCOCHOLIC ACID × 2 MAN alpha-D-mannopyranose × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；95% Morpheus Screen III, condition G1
分辨率 1.90 Å R-free 0.238
8Q6R Structure of complement FP in complex with the TPP-3077 VHH 提交 2023-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 28–135（108 aa）
链 F 256–469（214 aa）
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；95% Morpheus Screen III, condition G1
分辨率 1.90 Å R-free 0.238
9U62 AP pathways C3 convertase C3bBbP and C3 complex 提交 2025-03-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 P 1–453（453 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 NI NICKEL (II) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å

共 13 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PROP_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–442； UniProt 28–469 作者链 B； PDB构建体 1–442； UniProt 28–469 作者链 C； PDB构建体 1–442； UniProt 28–469

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1w0s

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1w0s
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1w0s
沉积日期 deposition_date2004-06-09
结构标题 titleSolution structure of trimeric form of properdin by X-ray solution scattering and analytical ultracentrifugation
关键词 keywordsX-RAY SCATTERING, ANALYTICAL ULTRACENTRIFUGATION, COMPLEMENT, THROMBOSPONDIN TYPE I REPEATS, CONSTRAINED MODELLING, GLYCOPROTEIN; GLYCOPROTEIN
实验方法 methodSOLUTION SCATTERING
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron103.00 Å
零角强度 I(0) i0357218000.00
分子量 molecular_weight145480.0 kDa
排除体积 excluded_volume173660 ų
包络体积 envelope_volume444560 ų
水化壳体积 shell_volume41760 ų
包络直径 envelope_diameter289.7 Å
壳层 Rg shell_rg70.91 Å
包络 Rg envelope_rg93.29 Å
形状 Rg shape_rg102.50 Å
总 Rg total_rg102.60 Å
总原子数 total_atoms—
残基数 n_residues—
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax251.0 Å
Rg (实空间) rg_real97.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real3.4160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.9100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal98.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal353100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8877
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary150.6 Å
偏度 Skewness skewness-0.003
峰度 Kurtosis kurtosis-1.070
角度范围 angular_range— – 0.0750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.9758
最高正则化参数 α highest_alpha69140000.0000
实空间数据点数 n_real_points16
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.993; Stabil: 0.921; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.803; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)