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1w19

Lumazine Synthase from Mycobacterium tuberculosis bound to 3-(1,3,7- trihydro-9-D-ribityl-2,6,8-purinetrione-7-yl)propane 1-phosphate

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS

UniProt P71685

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 10 ACETIC ACID × 10 (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL × 4 3-{2,6,8-TRIOXO-9-[(2R,3S,4R)-2,3,4,5-TETRAHYDROXYPENTYL]-1,2,3,6,8,9-HEXAHYDRO-7H-PURIN-7-YL}PROPYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 2 POTASSIUM ION × 26 3-{2,6,8-TRIOXO-9-[(2S,3R,4R)-2,3,4,5-TETRAHYDROXYPENTYL]-1,2,3,6,8,9-HEXAHYDRO-7H-PURIN-7-YL}PROPYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 2 (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL × 6 3-{2,6,8-TRIOXO-9-[(2S,3S,4R)-2,3,4,5-TETRAHYDROXYPENTYL]-1,2,3,6,8,9-HEXAHYDRO-7H-PURIN-7-YL}PROPYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 2 3-{2,6,8-TRIOXO-9-[(2R,3R,4R)-2,3,4,5-TETRAHYDROXYPENTYL]-1,2,3,6,8,9-HEXAHYDRO-7H-PURIN-7-YL}PROPYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 4 (4S,5S)-1,2-DITHIANE-4,5-DIOL × 2 water × 10 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体
1w19 1w29

共 2 个 assembly

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RISB_MYCTU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 B； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 C； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 D； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 E； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1w19
沉积日期 deposition_date2004-06-03
结构标题 titleLumazine Synthase from Mycobacterium tuberculosis bound to 3-(1,3,7- trihydro-9-D-ribityl-2,6,8-purinetrione-7-yl)propane 1-phosphate
关键词 keywordsTRANSFERASE, RIBOFLAVIN BIOSYNTHESIS, LUMAZINE SYNTHASE, INHIBITOR BINDING; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1w19__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1w19__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1w19__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）32.59 Å
Rg（电子密度）31.52 Å
总 Rg32.29 Å
原子数11040
残基数1466
排除体积196900 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1w19__assembly_1__model_1 decameric （10） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id1w19A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id1w19B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id1w19C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id1w19D00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id1w19E00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
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7. 引用文献 (1)