1w21

Structure of Neuraminidase from English duck subtype N6 complexed with 30 mM sialic acid (NANA, Neu5Ac), crystal soaked for 43 hours at 291 K.

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEURAMINIDASE

INFLUENZA A VIRUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 4 其他聚合物 4	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 8 GLYCEROL × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 beta-D-mannopyranose × 3 alpha-D-mannopyranose × 10 CALCIUM ION × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6XV27_9INFA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–389； UniProt 82–470 作者链 B； PDB构建体 1–389； UniProt 82–470 作者链 C； PDB构建体 1–389； UniProt 82–470 作者链 D； PDB构建体 1–389； UniProt 82–470

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1w21
沉积日期 deposition_date	2004-06-25
结构标题 title	Structure of Neuraminidase from English duck subtype N6 complexed with 30 mM sialic acid (NANA, Neu5Ac), crystal soaked for 43 hours at 291 K.
关键词 keywords	INFLUENZA TYPE A, NEURAMINIDASE, HB SITE, SIALIC ACID, SUBTYPE N6, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1w21__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1w21__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1w21__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.27 Å
Rg（电子密度）	34.52 Å
总 Rg	35.15 Å
原子数	12562
残基数	1556
排除体积	221270 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1w21__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NEURAMINIDASE
分子量 formula_weight	43011.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	14285

RTFLNLTKPLCEVNSWHILSKDNAIRIGEDAHILVTREPYLSCDPQGCRMFALSQGTTLRGRHANGTIHDRSPFRALISWEMGQAPSPYNTRVECIGWSSTSCHDGMSRMSICMSGPNNNASAVVWYGGRPITEIPSWAGNILRTQESECVCHKGVCPVVMTDGPANNRAATKIIYFKEGKIQKIEELAGNAQHIEECSCYGAGGVIKCICRDNWKGANRPVITIDPEMMTHTSKYLCSKVLTDTSRPNDPTNGNCDAPITGGSPDPGVKGFAFLDGENSWLGRTISKDSRSGYEMLKVPNAETDIQSGPISNQVIVNNQNWSGYSGAFIDYWANKECFNPCFYVELIRGRPKESSVLWTSNSIVALCGSKKRLGSWSWHDGAEIIYFE

来源 Source

来源生物 organism	INFLUENZA A VIRUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	GALLUS GALLUS

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	545.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	N-acetyl-alpha-neuraminic acid
分子量 formula_weight	309.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	beta-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1723

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1w21a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.1 — Sialidases
家族 Family family	b.68.1.1 — Sialidases (neuraminidases)

结构域编号 domain_id	d1w21b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.1 — Sialidases
家族 Family family	b.68.1.1 — Sialidases (neuraminidases)

结构域编号 domain_id	d1w21c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.1 — Sialidases
家族 Family family	b.68.1.1 — Sialidases (neuraminidases)

结构域编号 domain_id	d1w21d_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.1 — Sialidases
家族 Family family	b.68.1.1 — Sialidases (neuraminidases)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1w21A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1w21B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1w21C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1w21D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	106.478 Å
晶胞边长 b length_b	73.995 Å
晶胞边长 c length_c	106.465 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.50 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.080 Å
最低分辨率 resolution_low	30.430 Å
R 因子 r_factor	0.1530
R_work r_work	0.1500
R_free r_free	0.1950

Structure of Neuraminidase from English duck subtype N6 complexed with 30 mM sialic acid (NANA, Neu5Ac), crystal soaked for 43 hours at 291 K.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEURAMINIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1w21__assembly_1__model_1

1w21__assembly_1__model_1 | I(q)

1w21__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Neuraminidase from English duck subtype N6 complexed with 30 mM sialic acid (NANA, Neu5Ac), crystal soaked for 43 hours at 291 K.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEURAMINIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1w21__assembly_1__model_1

1w21__assembly_1__model_1 | I(q)

1w21__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)