1w2t

beta-fructosidase from Thermotoga maritima in complex with raffinose

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA FRUCTOSIDASE

THERMOTOGA MARITIMA

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	beta-D-fructofuranose-(2-1)-[alpha-D-galactopyranose-(1-6)]alpha-D-glucopyranose × 1 CITRIC ACID × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	beta-D-fructofuranose-(2-1)-[alpha-D-galactopyranose-(1-6)]alpha-D-glucopyranose × 1 SULFATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	beta-D-fructofuranose-(2-1)-[alpha-D-galactopyranose-(1-6)]alpha-D-glucopyranose × 1 SULFATE ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
4	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	beta-D-fructofuranose-(2-1)-[alpha-D-galactopyranose-(1-6)]alpha-D-glucopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	beta-D-fructofuranose-(2-1)-[alpha-D-galactopyranose-(1-6)]alpha-D-glucopyranose × 1 SULFATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
6	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	beta-D-fructofuranose-(2-1)-[alpha-D-galactopyranose-(1-6)]alpha-D-glucopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BFRA_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–432； UniProt 2–432 作者链 B； PDB构建体 2–432； UniProt 2–432 作者链 C； PDB构建体 2–432； UniProt 2–432 作者链 D； PDB构建体 2–432； UniProt 2–432 作者链 E； PDB构建体 2–432； UniProt 2–432 作者链 F； PDB构建体 2–432； UniProt 2–432

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1w2t
沉积日期 deposition_date	2004-07-08
结构标题 title	beta-fructosidase from Thermotoga maritima in complex with raffinose
关键词 keywords	HYDROLASE, GLYCOSIDASE, INVERTASE, RAFFINOSE, BETA FRUCTOSIDASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1w2t__assembly_5__model_1

Assembly 5 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1w2t__assembly_5__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1w2t__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.00 Å
Rg（电子密度）	21.86 Å
总 Rg	22.86 Å
原子数	3557
残基数	432
排除体积	63073 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1w2t__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1w2t__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1w2t__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1w2t__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1w2t__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1w2t__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BETA FRUCTOSIDASE
分子量 formula_weight	49872.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.26
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	23234

LFKPNYHFFPITGWMNDPNGLIFWKGKYHMFYQYNPRKPEWGNICWGHAVSDDLVHWRHLPVALYPDDETHGVFSGSAVEKDGKMFLVYTYYRDPTHNKGEKETQCVVMSENGLDFVKYDGNPVISKPPEEGTHAFRDPKVNRSNGEWRMVLGSGKDEKIGRVLLYTSDDLFHWKYEGAIFEDETTKEIDCPDLVRIGEKDILIYSITSTNSVLFSMGELKEGKLNVEKRGLLDHGTDFYAAQTFFGTDRVVVIGWLQSWLRTGLYPTKREGWNGVMSLPRELYVENNELKVKPVDELLALRKRKVFETAKSGTFLLDVKENSYEIVCEFSGEIELRMGNESEEVVITKSRDELIVDTTRSGVSGGEVRKSTVEDEATNRIRAFLDSCSVEFFFNDSIAFSFRIHPENVYNILSVKSNQVKLEVFELENIWL

来源 Source

来源生物 organism	THERMOTOGA MARITIMA
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243274
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	beta-D-fructofuranose-(2-1)-[alpha-D-galactopyranose-(1-6)]alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	504.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1888

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1w2ta1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1w2ta2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.67 — 5-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.67.2 — Arabinanase/levansucrase/invertase
家族 Family family	b.67.2.3 — Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1w2tb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1w2tb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.67 — 5-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.67.2 — Arabinanase/levansucrase/invertase
家族 Family family	b.67.2.3 — Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1w2tc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1w2tc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.67 — 5-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.67.2 — Arabinanase/levansucrase/invertase
家族 Family family	b.67.2.3 — Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1w2td1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1w2td2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.67 — 5-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.67.2 — Arabinanase/levansucrase/invertase
家族 Family family	b.67.2.3 — Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1w2te1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1w2te2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.67 — 5-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.67.2 — Arabinanase/levansucrase/invertase
家族 Family family	b.67.2.3 — Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1w2tf1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1w2tf2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.67 — 5-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.67.2 — Arabinanase/levansucrase/invertase
家族 Family family	b.67.2.3 — Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1w2tA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	115 — 5 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Tachylectin-2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Glycosyl hydrolase domain; family 43

结构域编号 domain_id	1w2tA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	560 — Exo-inulinase; domain 1

结构域编号 domain_id	1w2tB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	115 — 5 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Tachylectin-2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Glycosyl hydrolase domain; family 43

结构域编号 domain_id	1w2tB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	560 — Exo-inulinase; domain 1

结构域编号 domain_id	1w2tC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	115 — 5 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Tachylectin-2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Glycosyl hydrolase domain; family 43

结构域编号 domain_id	1w2tC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	560 — Exo-inulinase; domain 1

结构域编号 domain_id	1w2tD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	115 — 5 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Tachylectin-2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Glycosyl hydrolase domain; family 43

结构域编号 domain_id	1w2tD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	560 — Exo-inulinase; domain 1

结构域编号 domain_id	1w2tE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	115 — 5 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Tachylectin-2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Glycosyl hydrolase domain; family 43

结构域编号 domain_id	1w2tE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	560 — Exo-inulinase; domain 1

结构域编号 domain_id	1w2tF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	115 — 5 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Tachylectin-2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Glycosyl hydrolase domain; family 43

结构域编号 domain_id	1w2tF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	560 — Exo-inulinase; domain 1

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晶胞边长 a length_a	94.500 Å
晶胞边长 b length_b	114.700 Å
晶胞边长 c length_c	130.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.90 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.870 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.1990
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	0.2290

beta-fructosidase from Thermotoga maritima in complex with raffinose

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA FRUCTOSIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1w2t__assembly_5__model_1

1w2t__assembly_5__model_1 | I(q)

1w2t__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

beta-fructosidase from Thermotoga maritima in complex with raffinose

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA FRUCTOSIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1w2t__assembly_5__model_1

1w2t__assembly_5__model_1 | I(q)

1w2t__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)