1wa0

Crystal Structure Of W138H Mutant Of Alcaligenes Xylosoxidans Nitrite Reductase

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 86.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE

ALCALIGENES XYLOSOXIDANS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 X； UniProt 25–360	突变：YES	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 6 SO4 SULFATE ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；CRYSTALS OF TRP138HIS NIR WERE GROWN BY THE HANGING-DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD AT 21OC. 2ML OF 6-8 MG ML-1 PROTEIN IN 10 MM TRIS-HCL PH 7.1 WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 25% PEG-MME 550, 10 MM ZINC SULPHATE, 0.1M MES PH 6.5 AND SUSPENDED OVER A 500 ML RESERVOIR. CRYSTALS WERE AN INTENSE BLUE COLOUR AND GREW WITHIN TWO DAYS TO APPROXIMATE DIMENSIONS 0.9 X 0.6 X 0.1 MM IN A RHOMBOHEDRAL MORPHOLOGY.	分辨率 1.60 Å R-free 0.192

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1WA0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BQ5 NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS GIFU 1051 提交 1998-08-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 19–360（342 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.05 Å R-free 0.226
1GS6 Crystal structure of M144A mutant of Alcaligenes xylosoxidans Nitrite Reductase 提交 2002-01-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 X 25–360（336 aa）	突变：YES	CU COPPER (II) ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；30% PEG 4000, 0.1M MGCL2, 0.1M TRIS-HCL PH8.5, TEMP GRADIENT 4-32 DEGREES C, pH 8.50	分辨率 2.20 Å R-free 0.181
1GS7 Crystal structure of H254F mutant of Alcaligenes xylosoxidans Nitrite Reductase 提交 2002-01-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–360（336 aa）	突变：YES	CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；40-50% PEG-MME 550, 10MM ZNSO4, 0.1M MES PH6.5, pH 6.50	分辨率 1.85 Å R-free 0.194
1GS8 Crystal structure of mutant D92N Alcaligenes xylosoxidans Nitrite Reductase 提交 2002-01-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–360（336 aa）	突变：YES	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9.5；40-50% PEG-MME 550, 10MM ZNSO4, 0.1M MES PH 6.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.207
1HAU X-RAY STRUCTURE OF A BLUE COPPER NITRITE REDUCTASE AT HIGH PH AND IN COPPER FREE FORM AT 1.9 A RESOLUTION 提交 2001-04-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–360（336 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；30% PEG 4K, 0.1M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M TRIS-HCL PH8.5, pH 8.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.190
1HAW X-RAY STRUCTURE OF A BLUE COPPER NITRITE REDUCTASE AT HIGH PH AND IN COPPER FREE FORM AT 1.9 A RESOLUTION 提交 2001-04-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–360（336 aa）	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；30% PEG 4K, 0.1M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M TRIS-HCL PH8.5, pH 8.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.199
1NDT NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS 提交 1998-10-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–359（334 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 6 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；pH 4.60	分辨率 2.10 Å R-free 0.208
1OE1 Atomic Resolution Structure of the Wildtype Native Nitrite Reductase from Alcaligenes xylosoxidans 提交 2003-03-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–360（336 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 6 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；40-50% PEG-MME 550, 0.1M MES PH 6.5, 10MM CUSO4	分辨率 1.04 Å R-free 0.142
1OE2 Atomic Resolution Structure of D92E Mutant of Alcaligenes xylosoxidans Nitrite Reductase 提交 2003-03-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–360（336 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 6 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1M MES PH6.5 40-50% PEG-MME 550, 10MM CUSO4,, pH 6.50	分辨率 1.12 Å R-free 0.179
1OE3 Atomic resolution structure of 'Half Apo' NiR 提交 2003-03-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–360（336 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 6 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；40% PEG MME 550, 0.1M MES PH 6.5, 10MM ZNSO4	分辨率 1.15 Å R-free 0.148
1WA1 Crystal Structure Of H313Q Mutant Of Alcaligenes Xylosoxidans Nitrite Reductase 提交 2004-10-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 X 25–360（336 aa）	突变：YES	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；CRYSTALS OF HIS313GLN NIR WERE GROWN BY THE HANGING-DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD AT 21OC. 2ML OF 6-8 MG ML-1 PROTEIN IN 10 MM TRIS-HCL PH 7.1 WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 25% PEG-MME 550, 10 MM ZINC SULPHATE, 0.1M MES PH 6.5 AND SUSPENDED OVER A 500 ML RESERVOIR. CRYSTALS OF BOTH MUTANTS WERE AN INTENSE BLUE COLOUR AND GREW WITHIN TWO DAYS TO APPROXIMATE DIMENSIONS 0.9 X 0.6 X 0.1 MM IN A RHOMBOHEDRAL MORPHOLOGY.	分辨率 1.65 Å R-free 0.191
1WA2 Crystal Structure Of H313Q Mutant Of Alcaligenes Xylosoxidans Nitrite Reductase with nitrite bound 提交 2004-10-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 X 25–360（336 aa）	突变：YES	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 6 NO2 NITRITE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；CRYSTALS OF HIS313GLN NIR WERE GROWN BY THE HANGING-DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD AT 21OC. 2ML OF 6-8 MG ML-1 PROTEIN IN 10 MM TRIS-HCL PH 7.1 WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 25% PEG-MME 550, 10 MM ZINC SULPHATE, 0.1M MES PH 6.5 AND SUSPENDED OVER A 500 ML RESERVOIR. CRYSTALS OF BOTH MUTANTS WERE AN INTENSE BLUE COLOUR AND GREW WITHIN TWO DAYS TO APPROXIMATE DIMENSIONS 0.9 X 0.6 X 0.1 MM IN A RHOMBOHEDRAL MORPHOLOGY. FOR HIS313GLN_NO2.-, 10MM SODIUM NITRITE WAS ADDED TO THE RESERVOIR SOLUTION PRIOR TO CRYSTALLISATION.	分辨率 1.72 Å R-free 0.210
1WAE Crystal structure of H129V Mutant of Alcaligenes Xylosoxidans Nitrite Reductase 提交 2004-10-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–360（336 aa）	突变：YES	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；100MM MES BUFFER PH 6.5 200MM ZNSO4, 40-50% PEG550 MME	分辨率 1.95 Å R-free 0.226
2BO0 Crystal structure of the C130A mutant of nitrite reductase from Alcaligenes xylosoxidans 提交 2005-04-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–360（336 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 9 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PEG 550 MME, ZNSO4, MES PH 6.5	分辨率 1.35 Å R-free 0.113
2BP0 M144L mutant of nitrite reductase from Alcaligenes xylosoxidans 提交 2005-04-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–360（336 aa）	突变：YES	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 18 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.196
2BP0 M144L mutant of nitrite reductase from Alcaligenes xylosoxidans 提交 2005-04-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 25–360（336 aa）	突变：YES	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 15 SO4 SULFATE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.196
2BP8 M144Q Structure of nitrite reductase from Alcaligenes xylosoxidans 提交 2005-04-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–360（336 aa）	突变：YES	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 15 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.189
2BP8 M144Q Structure of nitrite reductase from Alcaligenes xylosoxidans 提交 2005-04-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 25–360（336 aa）	突变：YES	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 15 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.189
2JFC M144L mutant of Nitrite Reductase from Alcaligenes xylosoxidans in space group P212121 提交 2007-01-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–360（335 aa）片段：RESIDUES 26-360 链 D 26–360（335 aa）片段：RESIDUES 26-360 链 E 26–360（335 aa）片段：RESIDUES 26-360	突变：YES 突变：YES 突变：YES	CU COPPER (II) ION × 6 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.2；pH 4.20	分辨率 2.40 Å R-free 0.193
2JFC M144L mutant of Nitrite Reductase from Alcaligenes xylosoxidans in space group P212121 提交 2007-01-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 26–360（335 aa）片段：RESIDUES 26-360 链 C 26–360（335 aa）片段：RESIDUES 26-360 链 F 26–360（335 aa）片段：RESIDUES 26-360	突变：YES 突变：YES 突变：YES	CU COPPER (II) ION × 6 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.2；pH 4.20	分辨率 2.40 Å R-free 0.193
2VM3 Structure of Alcaligenes xylosoxidans in space group R3 - 1 of 2 提交 2008-01-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–360（336 aa）片段：RESIDUES 25-360	未记录	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
2VM4 Structure of Alcaligenes xylosoxidans nitrite reductase in space group R3 - 2 of 2 提交 2008-01-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–360（336 aa）片段：RESIDUES 25-360	未记录	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.214
2VMJ Type 1 Copper-Binding Loop of Nitrite Reductase mutant: 130- CAPEGMVPWHVVSGM-144 to 130-CTPHPFM-136 提交 2008-01-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–154（130 aa）片段：RESIDUES 25-154,168-360 链 A 168–360（193 aa）片段：RESIDUES 25-154,168-360	未记录	ZN ZINC ION × 9 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；50 MM HEPES PH 7.0, 5 MM ZNCL2 AND 10 % PEG 6000	分辨率 2.50 Å R-free 0.232
2VN3 Nitrite Reductase from Alcaligenes xylosoxidans 提交 2008-01-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–360（336 aa）片段：RESIDUES 25-360	未记录	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；100 MM MES PH 6.5, 10 MM ZNSO4 AND 25 % PEG-MME 550	分辨率 2.35 Å R-free 0.215
2VW4 NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS - 2 OF 3 提交 2008-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–360（336 aa）片段：RESIDUES 25-360	未记录	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.197
2VW4 NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS - 2 OF 3 提交 2008-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 25–360（336 aa）片段：RESIDUES 25-360	未记录	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.197
2VW6 NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS - 3 OF 3 提交 2008-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–360（336 aa）片段：RESIDUES 25-360	未记录	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.194
2VW6 NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS - 3 OF 3 提交 2008-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 25–360（336 aa）片段：RESIDUES 25-360	未记录	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.194
2VW7 Nitrite reductase from Alcaligenes xylosoxidans - 1 of 3 提交 2008-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–360（336 aa）片段：RESIDUES 25-360	未记录	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；pH 6.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.201
2VW7 Nitrite reductase from Alcaligenes xylosoxidans - 1 of 3 提交 2008-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 25–360（336 aa）片段：RESIDUES 25-360	未记录	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；pH 6.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.201
2XWZ STRUCTURE OF THE RECOMBINANT NATIVE NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS complexed with nitrite 提交 2010-11-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–360（335 aa）片段：RESIDUES 26-360 链 D 26–360（335 aa）片段：RESIDUES 26-360 链 E 26–360（335 aa）片段：RESIDUES 26-360	未记录	CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 23 ACT ACETATE ION × 6 NO NITRIC OXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.25；1.8 M LITHIUM SULFATE, 100MM ACETATE BUFFER PH 4.25	分辨率 2.34 Å R-free 0.199
2XWZ STRUCTURE OF THE RECOMBINANT NATIVE NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS complexed with nitrite 提交 2010-11-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 26–360（335 aa）片段：RESIDUES 26-360 链 C 26–360（335 aa）片段：RESIDUES 26-360 链 F 26–360（335 aa）片段：RESIDUES 26-360	未记录	CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 21 ACT ACETATE ION × 5 NO NITRIC OXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.25；1.8 M LITHIUM SULFATE, 100MM ACETATE BUFFER PH 4.25	分辨率 2.34 Å R-free 0.199
2XX0 STRUCTURE OF THE N90S-H254F MUTANT OF NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS 提交 2010-11-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–360（335 aa）片段：RESIDUES 26-360	突变：YES	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 9 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；ZNSO4, PEG 550 MME, MES PH 6.5	分辨率 1.46 Å R-free 0.151
2XX0 STRUCTURE OF THE N90S-H254F MUTANT OF NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS 提交 2010-11-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 26–360（335 aa）片段：RESIDUES 26-360	突变：YES	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 9 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；ZNSO4, PEG 550 MME, MES PH 6.5	分辨率 1.46 Å R-free 0.151
2XX1 STRUCTURE OF THE N90S MUTANT OF NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS complexed with nitrite 提交 2010-11-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–360（335 aa）片段：RESIDUES 26-360 链 D 26–360（335 aa）片段：RESIDUES 26-360 链 E 26–360（335 aa）片段：RESIDUES 26-360	突变：YES 突变：YES 突变：YES	CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；1.8 M AMMONIUM SULPHATE IN CITRATE BUFFER, PH 4.6	分辨率 3.00 Å R-free 0.221
2XX1 STRUCTURE OF THE N90S MUTANT OF NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS complexed with nitrite 提交 2010-11-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 26–360（335 aa）片段：RESIDUES 26-360 链 C 26–360（335 aa）片段：RESIDUES 26-360 链 F 26–360（335 aa）片段：RESIDUES 26-360	突变：YES 突变：YES 突变：YES	CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；1.8 M AMMONIUM SULPHATE IN CITRATE BUFFER, PH 4.6	分辨率 3.00 Å R-free 0.221
2XXF Cu metallated H254F mutant of nitrite reductase 提交 2010-11-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–360（335 aa）片段：RESIDUES 26-360	突变：YES	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 9 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 6 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PEG 550 MME, ZNSO4, MES PH 6.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.176
2XXF Cu metallated H254F mutant of nitrite reductase 提交 2010-11-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 26–360（335 aa）片段：RESIDUES 26-360	突变：YES	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 9 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 12 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 6 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PEG 550 MME, ZNSO4, MES PH 6.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.176
2XXG STRUCTURE OF THE N90S MUTANT OF NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS 提交 2010-11-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–360（335 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PEG 550 MME, ZNSO4, MES PH 6.5.	分辨率 1.60 Å R-free 0.211
2XXG STRUCTURE OF THE N90S MUTANT OF NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS 提交 2010-11-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 26–360（335 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PEG 550 MME, ZNSO4, MES PH 6.5.	分辨率 1.60 Å R-free 0.211
2ZON Crystal structure of electron transfer complex of nitrite reductase with cytochrome c 提交 2008-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–360（336 aa）片段：UNP residues 25-360 链 B 25–360（336 aa）片段：UNP residues 25-360 链 C 25–360（336 aa）片段：UNP residues 25-360	未记录	CU COPPER (II) ION × 6 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；PEG 3350, Magnesium acetate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.195
4CSP Structure of the F306C mutant of nitrite reductase from Achromobacter xylosoxidans 提交 2014-03-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 26–360（335 aa）	突变：YES	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 12 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.215
4CSP Structure of the F306C mutant of nitrite reductase from Achromobacter xylosoxidans 提交 2014-03-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–360（335 aa）	突变：YES	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 9 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.215
4CSZ STRUCTURE OF F306C MUTANT OF NITRITE REDUCTASE FROM Achromobacter XYLOSOXIDANS WITH NITRITE BOUND 提交 2014-03-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–360（335 aa）	突变：YES	ZN ZINC ION × 21 CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；15% PEG550 MME, 50 MM ZNSO4, AND 50 MM MES BUFFER, pH 6.5	分辨率 1.75 Å R-free 0.210
5B1J Crystal structure of the electron-transfer complex of copper nitrite reductase with a cupredoxin 提交 2015-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–360（336 aa）片段：UNP residues 25-360 链 B 25–360（336 aa）片段：UNP residues 25-360	未记录	CU COPPER (II) ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 3350, potassium chloride	分辨率 3.00 Å R-free 0.233
5B1K Crystal structure of the chloride-bound form of blue copper nitrite reductase 提交 2015-12-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–360（336 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 6 CL CHLORIDE ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；293 K；PEG 3350, Sodium Chloride, Magnesium Chloride	分辨率 1.35 Å R-free 0.173
5ONX Resting state copper nitrite reductase determined by serial femtosecond rotation crystallography 提交 2017-08-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–360（335 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 OXY OXYGEN MOLECULE × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 6 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；10% w/v PEG 550 MME, 10 mM ZnSO4, 100 mM MES buffer pH 6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.226
5ONY As-isolated resting state copper nitrite reductase from Achromobacter xylosoxidans 提交 2017-08-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–360（335 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 6 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；10% w/v PEG 550 MME, 10 mM ZnSO4, 100 mM MES buffer, pH 6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.223

共 36 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O68601
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–336； UniProt 25–360

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1wa0
沉积日期 deposition_date	2004-10-22
结构标题 title	Crystal Structure Of W138H Mutant Of Alcaligenes Xylosoxidans Nitrite Reductase
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, REDUCTASE, NITRITE REDUCTASE, W138H MUTANT, DENITRIFICATION; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.04 Å
零角强度 I(0) i0	23840900.00
分子量 molecular_weight	36749.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45703 Å³
包络体积 envelope_volume	55155 Å³
水化壳体积 shell_volume	22021 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.2 Å
壳层 Rg shell_rg	27.59 Å
包络 Rg envelope_rg	22.29 Å
形状 Rg shape_rg	21.02 Å
总 Rg total_rg	21.96 Å
总原子数 total_atoms	2575
残基数 n_residues	335
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.7 Å
Rg (实空间) rg_real	21.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5160e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23840000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7653
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.544
峰度 Kurtosis kurtosis	0.359
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6515000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.452; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.643; Smooth: 0.944

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
分子量 formula_weight	36522.5 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X
原子数 atom_count	2995

QDADKLPHTKVTLVAPPQVHPHEQATKSGPKVVEFTMTIEEKKMVIDDKGTTLQAMTFNGSMPGPTLVVHEGDYVQLTLVNPATNAMPHNVDFHGATGALGGAKLTNVNPGEQATLRFKADRSGTFVYHCAPEGMVPHHVVSGMSGTLMVLPRDGLKDPQGKPLHYDRAYTIGEFDLYIPKGPDGKYKDYATLAESYGDTVQVMRTLTPSHIVFNGKVGALTGANALTAKVGETVLLIHSQANRDTRPHLIGGHGDWVWETGKFANPPQRDLETWFIRGGSAGAALYTFKQPGVYAYLNHNLIEAFELGAAGHIKVEGKWNDDLMKQIKAPAPIPR

来源 Source

来源生物 organism	ALCALIGENES XYLOSOXIDANS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	85698
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	415

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1wa0x1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.3 — Multidomain cupredoxins

结构域编号 domain_id	d1wa0x2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.3 — Multidomain cupredoxins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1wa0X01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	1wa0X02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	89.792 Å
晶胞边长 b length_b	89.792 Å
晶胞边长 c length_c	143.462 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	69.010 Å
R 因子 r_factor	0.1660
R_work r_work	0.1650
R_free r_free	0.1920

fit	/app/data/saxs_computation/wa/1wa0/1wa0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wa/1wa0/1wa0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wa/1wa0/1wa0.dat