1wbi

AVR2

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AVIDIN-RELATED PROTEIN 2

GALLUS GALLUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	BIOTIN × 4 GLYCEROL × 4 SULFATE ION × 6 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	BIOTIN × 4 GLYCEROL × 2 SULFATE ION × 8 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AVR2_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–129； UniProt 25–150 作者链 B； PDB构建体 4–129； UniProt 25–150 作者链 C； PDB构建体 4–129； UniProt 25–150 作者链 D； PDB构建体 4–129； UniProt 25–150 作者链 E； PDB构建体 4–129； UniProt 25–150 作者链 F； PDB构建体 4–129； UniProt 25–150 作者链 G； PDB构建体 4–129； UniProt 25–150 作者链 H； PDB构建体 4–129； UniProt 25–150

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1wbi
沉积日期 deposition_date	2004-11-01
结构标题 title	AVR2
关键词 keywords	AVIDIN-RELATED PROTEIN, AVIDIN RELATED PROTEIN, BIOTIN; AVIDIN-RELATED PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1wbi__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1wbi__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1wbi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.22 Å
Rg（电子密度）	21.83 Å
总 Rg	22.84 Å
原子数	3902
残基数	485
排除体积	68276 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1wbi__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1wbi__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	AVIDIN-RELATED PROTEIN 2
分子量 formula_weight	14321.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	9122

QTVARKCSLTGEWDNDLGSIMTIGAVNDNGEFDGTYITAVADNPGNITLSPLLGIQHKRASQPTFGFTVHWNFSESTSVFVGQCFVDRSGKEVLKTKWLQRLAVDDISDDWIATRVGNNDFTRQHTVEE

来源 Source

来源生物 organism	GALLUS GALLUS
通用名 common_name	CHICKEN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	BIOTIN
分子量 formula_weight	244.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1168

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1wbia_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

结构域编号 domain_id	d1wbib_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

结构域编号 domain_id	d1wbic_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

结构域编号 domain_id	d1wbid_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

结构域编号 domain_id	d1wbie_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

结构域编号 domain_id	d1wbif_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

结构域编号 domain_id	d1wbig_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

结构域编号 domain_id	d1wbih_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1wbiA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

结构域编号 domain_id	1wbiB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

结构域编号 domain_id	1wbiC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

结构域编号 domain_id	1wbiD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

结构域编号 domain_id	1wbiE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

结构域编号 domain_id	1wbiF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

结构域编号 domain_id	1wbiG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

结构域编号 domain_id	1wbiH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

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晶胞边长 a length_a	97.669 Å
晶胞边长 b length_b	99.936 Å
晶胞边长 c length_c	135.191 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	81.650 Å
R 因子 r_factor	0.1750
R_work r_work	0.1740
R_free r_free	0.2010

AVR2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AVIDIN-RELATED PROTEIN 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1wbi__assembly_1__model_1

1wbi__assembly_1__model_1 | I(q)

1wbi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

AVR2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AVIDIN-RELATED PROTEIN 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1wbi__assembly_1__model_1

1wbi__assembly_1__model_1 | I(q)

1wbi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)