1wpb

Structure of Escherichia coli yfbU gene product

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

hypothetical protein yfbU

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 24	CHLORIDE ION × 57 GLYCEROL × 69 water × 24	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 24	CHLORIDE ION × 51 GLYCEROL × 63 water × 24	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	CHLORIDE ION × 10 GLYCEROL × 10 water × 4	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	CHLORIDE ION × 8 GLYCEROL × 12 water × 4	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	CHLORIDE ION × 9 GLYCEROL × 9 water × 4	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	CHLORIDE ION × 9 GLYCEROL × 13 water × 4	与蛋白数一致
7	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	CHLORIDE ION × 10 GLYCEROL × 10 water × 4	与蛋白数一致
8	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	CHLORIDE ION × 8 GLYCEROL × 12 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q1R9C1_ECOUT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–172； UniProt 1–170 作者链 B； PDB构建体 3–172； UniProt 1–170 作者链 C； PDB构建体 3–172； UniProt 1–170 作者链 D； PDB构建体 3–172； UniProt 1–170 作者链 E； PDB构建体 3–172； UniProt 1–170 作者链 F； PDB构建体 3–172； UniProt 1–170 作者链 G； PDB构建体 3–172； UniProt 1–170 作者链 H； PDB构建体 3–172； UniProt 1–170 作者链 I； PDB构建体 3–172； UniProt 1–170 作者链 J； PDB构建体 3–172； UniProt 1–170 作者链 K； PDB构建体 3–172； UniProt 1–170 作者链 L； PDB构建体 3–172； UniProt 1–170 作者链 M； PDB构建体 3–172； UniProt 1–170 作者链 N； PDB构建体 3–172； UniProt 1–170 作者链 O； PDB构建体 3–172； UniProt 1–170 作者链 P； PDB构建体 3–172； UniProt 1–170

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1wpb
沉积日期 deposition_date	2004-09-01
结构标题 title	Structure of Escherichia coli yfbU gene product
关键词 keywords	;structural genomics, MCSG, NCS, regulatory protein, protein structure initiative, PSI, Midwest Center for Structural Genomics, UNKNOWN FUNCTION ;; STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1wpb__assembly_7__model_1

Assembly 7 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1wpb__assembly_7__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1wpb__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.88 Å
Rg（电子密度）	35.52 Å
总 Rg	35.46 Å
原子数	5666
残基数	672
排除体积	99617 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1wpb__assembly_1__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1wpb__assembly_2__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1wpb__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1wpb__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1wpb__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1wpb__assembly_6__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`1wpb__assembly_7__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`1wpb__assembly_8__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	hypothetical protein yfbU
分子量 formula_weight	20445.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P
原子数 atom_count	24406

GHMIQESTMEMTNAQRLILSNQYKMMTMLDPANAERYRRLQTIIERGYGLQMRELDREFGELKEETCRTIIDIMEMYHALHVSWSNLQDQQSIDERRVTFLGFDAATEARYLGYVRFMVNVEGRYTHFDAGTHGFNAQTPMWEKYQRMLNVWHACPRQYHLSANEINQIINA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	36

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	44

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1618

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 48 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d1wpba_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.233 — YfbU-like
超家族 Superfamily superfamily	a.233.1 — YfbU-like
家族 Family family	a.233.1.1 — YfbU-like

结构域编号 domain_id	d1wpbb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.233 — YfbU-like
超家族 Superfamily superfamily	a.233.1 — YfbU-like
家族 Family family	a.233.1.1 — YfbU-like

结构域编号 domain_id	d1wpbc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.233 — YfbU-like
超家族 Superfamily superfamily	a.233.1 — YfbU-like
家族 Family family	a.233.1.1 — YfbU-like

结构域编号 domain_id	d1wpbd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.233 — YfbU-like
超家族 Superfamily superfamily	a.233.1 — YfbU-like
家族 Family family	a.233.1.1 — YfbU-like

结构域编号 domain_id	d1wpbe_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.233 — YfbU-like
超家族 Superfamily superfamily	a.233.1 — YfbU-like
家族 Family family	a.233.1.1 — YfbU-like

结构域编号 domain_id	d1wpbf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.233 — YfbU-like
超家族 Superfamily superfamily	a.233.1 — YfbU-like
家族 Family family	a.233.1.1 — YfbU-like

结构域编号 domain_id	d1wpbg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.233 — YfbU-like
超家族 Superfamily superfamily	a.233.1 — YfbU-like
家族 Family family	a.233.1.1 — YfbU-like

结构域编号 domain_id	d1wpbh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.233 — YfbU-like
超家族 Superfamily superfamily	a.233.1 — YfbU-like
家族 Family family	a.233.1.1 — YfbU-like

结构域编号 domain_id	d1wpbi_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.233 — YfbU-like
超家族 Superfamily superfamily	a.233.1 — YfbU-like
家族 Family family	a.233.1.1 — YfbU-like

结构域编号 domain_id	d1wpbj_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.233 — YfbU-like
超家族 Superfamily superfamily	a.233.1 — YfbU-like
家族 Family family	a.233.1.1 — YfbU-like

结构域编号 domain_id	d1wpbk_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.233 — YfbU-like
超家族 Superfamily superfamily	a.233.1 — YfbU-like
家族 Family family	a.233.1.1 — YfbU-like

结构域编号 domain_id	d1wpbl_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.233 — YfbU-like
超家族 Superfamily superfamily	a.233.1 — YfbU-like
家族 Family family	a.233.1.1 — YfbU-like

结构域编号 domain_id	d1wpbm_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.233 — YfbU-like
超家族 Superfamily superfamily	a.233.1 — YfbU-like
家族 Family family	a.233.1.1 — YfbU-like

结构域编号 domain_id	d1wpbn_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.233 — YfbU-like
超家族 Superfamily superfamily	a.233.1 — YfbU-like
家族 Family family	a.233.1.1 — YfbU-like

结构域编号 domain_id	d1wpbo_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.233 — YfbU-like
超家族 Superfamily superfamily	a.233.1 — YfbU-like
家族 Family family	a.233.1.1 — YfbU-like

结构域编号 domain_id	d1wpbp_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.233 — YfbU-like
超家族 Superfamily superfamily	a.233.1 — YfbU-like
家族 Family family	a.233.1.1 — YfbU-like

CATH v4.4 (32 domains)

结构域编号 domain_id	1wpbA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1wpbA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3190 — yfbu gene product, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — yfbu gene product, domain 2

结构域编号 domain_id	1wpbB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1wpbB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3190 — yfbu gene product, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — yfbu gene product, domain 2

结构域编号 domain_id	1wpbC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1wpbC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3190 — yfbu gene product, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — yfbu gene product, domain 2

结构域编号 domain_id	1wpbD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1wpbD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3190 — yfbu gene product, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — yfbu gene product, domain 2

结构域编号 domain_id	1wpbE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1wpbE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3190 — yfbu gene product, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — yfbu gene product, domain 2

结构域编号 domain_id	1wpbF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1wpbF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3190 — yfbu gene product, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — yfbu gene product, domain 2

结构域编号 domain_id	1wpbG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1wpbG02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3190 — yfbu gene product, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — yfbu gene product, domain 2

结构域编号 domain_id	1wpbH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1wpbH02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3190 — yfbu gene product, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — yfbu gene product, domain 2

结构域编号 domain_id	1wpbI01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1wpbI02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3190 — yfbu gene product, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — yfbu gene product, domain 2

结构域编号 domain_id	1wpbJ01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1wpbJ02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3190 — yfbu gene product, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — yfbu gene product, domain 2

结构域编号 domain_id	1wpbK01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1wpbK02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3190 — yfbu gene product, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — yfbu gene product, domain 2

结构域编号 domain_id	1wpbL01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1wpbL02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3190 — yfbu gene product, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — yfbu gene product, domain 2

结构域编号 domain_id	1wpbM01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1wpbM02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3190 — yfbu gene product, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — yfbu gene product, domain 2

结构域编号 domain_id	1wpbN01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1wpbN02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3190 — yfbu gene product, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — yfbu gene product, domain 2

结构域编号 domain_id	1wpbO01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1wpbO02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3190 — yfbu gene product, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — yfbu gene product, domain 2

结构域编号 domain_id	1wpbP01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	680 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1wpbP02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3190 — yfbu gene product, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — yfbu gene product, domain 2

▶

晶胞边长 a length_a	230.521 Å
晶胞边长 b length_b	230.521 Å
晶胞边长 c length_c	230.521 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	192

空间群 space_group	P 2 3
空间群编号 int_tables_number	195
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.1897
R_work r_work	0.1895
R_free r_free	0.2265

Structure of Escherichia coli yfbU gene product

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

hypothetical protein yfbU

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1wpb__assembly_7__model_1

1wpb__assembly_7__model_1 | I(q)

1wpb__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 48 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (32 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Escherichia coli yfbU gene product

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

hypothetical protein yfbU

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1wpb__assembly_7__model_1

1wpb__assembly_7__model_1 | I(q)

1wpb__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 48 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (32 domains)

7. 引用文献 (1)