1wte

Crystal structure of type II restrcition endonuclease, EcoO109I complexed with cognate DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EcoO109IR

Escherichia coli

UniProt Q9RPJ3

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 2 DNA 2 5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*GP*CP*C)-3' × 1 5'-D(*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*T)-3' × 1 SODIUM ION × 2 water × 4 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9RPJ3_ECOLI
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–272; UniProt 1–272 作者链 B; PDB构建体 1–272; UniProt 1–272

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1wte
沉积日期 deposition_date2004-11-22
结构标题 titleCrystal structure of type II restrcition endonuclease, EcoO109I complexed with cognate DNA
关键词 keywordsRestriction endonuclease, DNA complex, hydrolase-DNA COMPLEX; hydrolase/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1wte__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1wte__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1wte__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)24.60 Å
Rg(电子密度)23.72 Å
总 Rg24.50 Å
原子数4967
残基数570
排除体积86843 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1wte__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 2 1wte__assembly_1__model_2 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1wtea_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamilyc.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family familyc.52.1.29 — Restriction endonuclease EcoO109IR
结构域编号 domain_idd1wteb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamilyc.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family familyc.52.1.29 — Restriction endonuclease EcoO109IR

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1wteA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology3250 — type ii restriction endonuclease, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — type ii restriction endonuclease, domain 1
结构域编号 domain_id1wteA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1560 — type ii restriction endonuclease, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — type ii restriction endonuclease, domain 2
结构域编号 domain_id1wteB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology3250 — type ii restriction endonuclease, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — type ii restriction endonuclease, domain 1
结构域编号 domain_id1wteB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1560 — type ii restriction endonuclease, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — type ii restriction endonuclease, domain 2
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7. 引用文献 (1)