SAXSdb — 1wwy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thioredoxin-like protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 122–279	片段：DUF1000 domain	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成：1.02mM DUF1000 domain, 20mM Tris-HCl, 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1WWY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GH2 Crystal structure of the catalytic domain of a new human thioredoxin-like protein 提交 2000-11-01	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–108（107 aa）片段：RESIDUES 2 - 108, CATALYTIC N-TERMINAL DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5；291 K；ammonium sulfate, pH 5.0, EVAPORATION, temperature 291.0K	分辨率 2.22 Å R-free 0.253
9BW4 TXNL1-bound proteasome 提交 2024-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：40-meric	链 x 1–289（289 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9E8G Nub1/Fat10-processing human 26S proteasome bound to Txnl1 with Rpt5 at top of spiral staircase 提交 2024-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 u 1–289（289 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
9E8H Human proteasome in resting state conformation bound to TXNL1 in backward conformation 提交 2024-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：27-meric	链 u 1–289（289 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9E8I Human proteasome in resting state conformation bound to TXNL1 in Forward conformation 提交 2024-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：27-meric	链 u 1–289（289 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
9E8J Nub1/Fat10-processing human 26S proteasome bound to Txnl1 with Rpt1 at top of spiral staircase 提交 2024-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 u 1–289（289 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.47 Å
9E8L Nub1/Fat10-processing human 26S proteasome bound to Txnl1 with Rpt4 at top of spiral staircase 提交 2024-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 u 1–289（289 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.59 Å
9E8O Nub1/Fat10-processing human 26S proteasome bound to Txnl1 with Rpt2 at top of spiral staircase and partially unfolded Eos 提交 2024-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：34-meric	链 u 1–289（289 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2 2 mM ATP and 0.5 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TXNL1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–165； UniProt 122–279

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1wwy
沉积日期 deposition_date	2005-01-18
结构标题 title	Solution structure of the DUF1000 domain of a thioredoxin-like protein 1
关键词 keywords	;structural genomics, hypothetical protein, regulatory protein, apoptosis, cancer, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI ;; APOPTOSIS
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.36 Å
零角强度 I(0) i0	2155610000.00
分子量 molecular_weight	380760.0 kDa
排除体积 excluded_volume	469760 Å³
包络体积 envelope_volume	51611 Å³
水化壳体积 shell_volume	20648 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.8 Å
壳层 Rg shell_rg	27.99 Å
包络 Rg envelope_rg	23.28 Å
形状 Rg shape_rg	16.35 Å
总 Rg total_rg	16.55 Å
总原子数 total_atoms	52040
残基数 n_residues	3420
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.1 Å
Rg (实空间) rg_real	17.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1560e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4220e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2156000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7591
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.519
峰度 Kurtosis kurtosis	0.321
角度范围 angular_range	— – 0.4650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1397000.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.369; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.761; Smooth: 0.996

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1wwyA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	470 — PITH domain

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	Thioredoxin-like protein 1
分子量 formula_weight	19083.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	52040

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

fit	/app/data/saxs_computation/ww/1wwy/1wwy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ww/1wwy/1wwy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ww/1wwy/1wwy.dat

Solution structure of the DUF1000 domain of a thioredoxin-like protein 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thioredoxin-like protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)