1wyi

human triosephosphate isomerase of new crystal form

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 79.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Triosephosphate isomerase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–248 链 B； UniProt 1–248	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：gel-tube under microgavity；pH 8；293 K；PEG4000, MgCl2, pH 8.0, gel-tube under microgavity, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.296
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–248 链 B； UniProt 1–248	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：gel-tube under microgavity；pH 8；293 K；PEG4000, MgCl2, pH 8.0, gel-tube under microgavity, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.296

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1WYI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HTI CRYSTAL STRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION. TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE RELATED HUMAN GENETIC DISORDERS AND COMPARISON WITH THE TRYPANOSOMAL ENZYME 提交 1994-10-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–248（248 aa）链 B 1–248（248 aa）	未记录	PGA 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
2IAM Structural basis for recognition of mutant self by a tumor-specific, MHC class II-restricted TCR 提交 2006-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 P 22–36（15 aa）片段：residues 23-37 (22-36)	突变：T28I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；8% PEG6000, 0.1M di-ammonium phosphate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.279
2IAN Structural basis for recognition of mutant self by a tumor-specific, MHC class II-restricted TCR 提交 2006-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 22–36（15 aa）片段：residues 23-37 (22-36)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；10% PEG6000, 0.1M di-ammonium phosphate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.296
2IAN Structural basis for recognition of mutant self by a tumor-specific, MHC class II-restricted TCR 提交 2006-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 H 22–36（15 aa）片段：residues 23-37 (22-36)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；10% PEG6000, 0.1M di-ammonium phosphate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.296
2IAN Structural basis for recognition of mutant self by a tumor-specific, MHC class II-restricted TCR 提交 2006-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 M 22–36（15 aa）片段：residues 23-37 (22-36)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；10% PEG6000, 0.1M di-ammonium phosphate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.296
2IAN Structural basis for recognition of mutant self by a tumor-specific, MHC class II-restricted TCR 提交 2006-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 22–36（15 aa）片段：residues 23-37 (22-36)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；10% PEG6000, 0.1M di-ammonium phosphate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.296
2JK2 STRUCTURAL BASIS OF HUMAN TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE DEFICIENCY. CRYSTAL STRUCTURE OF THE WILD TYPE ENZYME. 提交 2008-06-22	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–249（248 aa）片段：RESIDUES 2-249 链 B 2–249（248 aa）片段：RESIDUES 2-249	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；100 MM TRIS PH 8.5, 20% PEG MME2000, 10 MM NICL2	分辨率 1.70 Å R-free 0.252
2VOM Structural basis of human triosephosphate isomerase deficiency. Mutation E104D and correlation to solvent perturbation. 提交 2008-02-19	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–249（248 aa）片段：RESIDUES 2-249 链 B 2–249（248 aa）片段：RESIDUES 2-249	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；100 MM TRIS PH 8.5, 20% PEG MME2000, 4% POLYPROPYLENE GLYCOL P400, 10 MM NICL2	分辨率 1.85 Å R-free 0.253
2VOM Structural basis of human triosephosphate isomerase deficiency. Mutation E104D and correlation to solvent perturbation. 提交 2008-02-19	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–249（248 aa）片段：RESIDUES 2-249 链 D 2–249（248 aa）片段：RESIDUES 2-249	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；100 MM TRIS PH 8.5, 20% PEG MME2000, 4% POLYPROPYLENE GLYCOL P400, 10 MM NICL2	分辨率 1.85 Å R-free 0.253
4BR1 Protease-induced heterodimer of human triosephosphate isomerase. 提交 2013-06-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 41–286（246 aa）链 B 41–286（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；100 MM TRIS PH 8.5, 30% POLYETHYLENE GLYCOL 4000, 200 MM SODIUM ACETATE TRIHYDRATE	分辨率 1.90 Å R-free 0.217
4E41 Structural basis for the recognition of mutant self by a tumor-specific, MHC class II-restricted T cell receptor G4 提交 2012-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 60–74（15 aa）片段：unp residues 60-74	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；20% (wt/vol) polyethylene glycol 1000, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.264
4E41 Structural basis for the recognition of mutant self by a tumor-specific, MHC class II-restricted T cell receptor G4 提交 2012-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 H 60–74（15 aa）片段：unp residues 60-74	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；20% (wt/vol) polyethylene glycol 1000, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.264
4POC Structure of Triosephosphate Isomerase Wild Type human enzyme. 提交 2014-02-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–286（249 aa）链 B 38–286（249 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 BR BROMIDE ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；35% PEG 2000 MME, 0.05 KBr, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.187
4POD Structure of Triosephosphate Isomerase I170V mutant human enzyme. 提交 2014-02-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–286（249 aa）链 B 38–286（249 aa）	突变：I170V 突变：I170V	K POTASSIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 BR BROMIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；34% PEG 2000 MME, 0.05 KBr, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.99 Å R-free 0.213
4UNK Crystal structure of human triosephosphate isomerase (mutant N15D) 提交 2014-05-29	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 39–286（248 aa）片段：RESIDUES 39-286 链 B 39–286（248 aa）片段：RESIDUES 39-286	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；200 MM AMMONIUM ACETATE, 100 MM TRIS PH 8.5, 25% V/VW/V POLYETHYLENE GLYCOL 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.224
4UNL Crystal structure of a single mutant (N71D) of triosephosphate isomerase from human 提交 2014-05-29	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 39–286（248 aa）片段：RESIDUES 39-286 链 B 39–286（248 aa）片段：RESIDUES 39-286	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM: 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CITRATE TRIBASIC DIHYDRATE PH 5.6, 30% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 4,000	分辨率 1.50 Å R-free 0.226
4ZVJ Structure of human triose phosphate isomerase K13M 提交 2015-05-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–286（249 aa）链 B 38–286（249 aa）	突变：K13M 突变：K13M	NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；35% PEG 2000 MME, 50 mM KBr, Tris pH 7.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.187
6C2G Human triosephosphate isomerase mutant V231M 提交 2018-01-08	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–286（249 aa）链 C 38–286（249 aa）	突变：V231M 突变：V231M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000.	分辨率 2.30 Å R-free 0.226
6C2G Human triosephosphate isomerase mutant V231M 提交 2018-01-08	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 38–286（249 aa）链 D 38–286（249 aa）	突变：V231M 突变：V231M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000.	分辨率 2.30 Å R-free 0.226
6D43 CHARACTERIZATION OF HUMAN TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE S-NITROSYLATION 提交 2018-04-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 41–286（246 aa）链 B 41–286（246 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 20% PEG 4000, and 10% 2-propanol	分辨率 2.04 Å R-free 0.256
6NLH Structure of human triose phosphate isomerase R189A 提交 2019-01-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 42–286（245 aa）链 E 42–286（245 aa）	突变：R189A 突变：R189A	NA SODIUM ION × 4 BR BROMIDE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；31% PEG 3350, 50 mM Potassium Bromide, Tris pH7.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.216
6NLH Structure of human triose phosphate isomerase R189A 提交 2019-01-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 42–286（245 aa）链 C 42–286（245 aa）	突变：R189A 突变：R189A	NA SODIUM ION × 7 BR BROMIDE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；31% PEG 3350, 50 mM Potassium Bromide, Tris pH7.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.216
6NLH Structure of human triose phosphate isomerase R189A 提交 2019-01-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 42–286（245 aa）链 F 42–286（245 aa）	突变：R189A 突变：R189A	NA SODIUM ION × 5 BR BROMIDE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；31% PEG 3350, 50 mM Potassium Bromide, Tris pH7.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.216
6NLH Structure of human triose phosphate isomerase R189A 提交 2019-01-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 42–286（245 aa）链 H 42–286（245 aa）	突变：R189A 突变：R189A	NA SODIUM ION × 4 BR BROMIDE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；31% PEG 3350, 50 mM Potassium Bromide, Tris pH7.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.216
6UP1 Triosephosphate isomerase deficiency: Effect of F240L mutation on enzyme structure 提交 2019-10-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 39–286（248 aa）链 B 39–286（248 aa）	未记录	IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；283.15 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 20% PEG 4000, and 10% 2-propanol	分辨率 1.83 Å R-free 0.261
6UP5 Triosephosphate isomerase deficiency: Effect of F240L mutation on enzyme structure 提交 2019-10-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 39–286（248 aa）链 B 39–286（248 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 3 PGA 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；283 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 20% PEG 4000, and 10% 2-propanol	分辨率 1.92 Å R-free 0.232
6UP8 Triosephosphate isomerase deficiency: Effect of F240L mutation on enzyme structure 提交 2019-10-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 39–286（248 aa）链 B 39–286（248 aa）	突变：F240L 突变：F240L	IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；283 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 20% PEG 4000, and 10% 2-propanol	分辨率 2.00 Å R-free 0.253
6UPF Triosephosphate isomerase deficiency: Effect of F240L mutation on enzyme structure 提交 2019-10-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 39–286（248 aa）链 B 39–286（248 aa）	突变：F240L 突变：F240L	PGA 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；283 K；0.05 M Tris-HCl pH 7.5, 0.05 M NaCl, 1 mM EDTA, 15% PEG 4000 and 2 mM 2-PG	分辨率 1.65 Å R-free 0.197
7RDE Human Triose Phosphate Isomerase Q181P 提交 2021-07-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–249（249 aa）链 B 1–249（249 aa）	突变：Q181P 突变：Q181P	BR BROMIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；30% PEG 3350, 50mM Potassium Bromide, Tris pH7.5	分辨率 1.31 Å R-free 0.162
7SX1 human triosephosphate isomerase mutant v154m 提交 2021-11-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–249（249 aa）链 B 1–249（249 aa）	突变：V154M 突变：V154M	IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；283 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 20% PEG 4000, and 10% 2-propanol	分辨率 2.23 Å R-free 0.225
7T0Q human triosephosphate isomerase mutant v154m 提交 2021-11-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–249（248 aa）链 B 2–249（248 aa）	突变：V154M 突变：V154M	PGA 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；283 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 20% PEG 4000, and 10% 2-propanol	分辨率 2.00 Å R-free 0.206
7UXB Human triosephosphate isomerase mutant G122R 提交 2022-05-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–249（249 aa）链 B 1–249（249 aa）	突变：G122R 突变：G122R	IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；283 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 20% PEG 4000, and 10% 2-propanol	分辨率 2.00 Å R-free 0.228
7UXV human triosephosphate isomerase mutant G122R 提交 2022-05-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–249（249 aa）链 B 1–249（249 aa）	突变：G122R 突变：G122R	PGA 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 4 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；283 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 20% PEG 4000, and 10% 2-porpanol	分辨率 2.15 Å R-free 0.246
9F69 Crystal structure of human triose phosphate isomerase with methyl malonic acid ligand 提交 2024-04-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–249（245 aa）	未记录	DXX METHYLMALONIC ACID × 2 BR BROMIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Protein buffer: 20 mM Tris pH 7.4, 30 mM NaCl. Reservoir: 0.14 M KBr, 24% PEG 2000 MME. Hanging drop: 1.5:1.5:1.0 ul - Reservoir-Protein (8 mg/ml)-Seed stock. Cryoprotectant = 20% glycerol; Ligand soaking performed for 5-6 min in a mixture containing 24 mM methylmalonate (pH adjusted to 7.4), mother liquor, and cryo-protectant Ligand soaking and cryoprotectant were performed simultaneously	分辨率 1.17 Å R-free 0.184
9FFC Crystal structure of human triose phosphate isomerase with glycerol-3-phosphate ligand 提交 2024-05-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–249（249 aa）	未记录	G3P SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE × 2 BR BROMIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；295 K；Protein buffer: 20 mM Tris pH 7.4, 30 mM NaCl. Reservoir: 0.14 M KBr, 24% PEG 2000 MME. Hanging drop: 1.5:1.5:1.0 ul - Reservoir-Protein (8 mg/ml)-Seed stock. Cryoprotectant = 20% glycerol; Ligand soaking performed for 5-6 min in a mixture containing 20 mM glycerol-3-phosphate (pH adjusted to 7.4), mother liquor, and cryo-protectant Ligand soaking and cryoprotectant were performed simultaneously	分辨率 1.25 Å R-free 0.180

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	TPIS_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–250； UniProt 1–248 作者链 B； PDB构建体 3–250； UniProt 1–248

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1wyi
沉积日期 deposition_date	2005-02-14
结构标题 title	human triosephosphate isomerase of new crystal form
关键词 keywords	TIM, microgravity, new crystal form, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.13 Å
零角强度 I(0) i0	46212900.00
分子量 molecular_weight	53075.0 kDa
排除体积 excluded_volume	66628 Å³
包络体积 envelope_volume	75479 Å³
水化壳体积 shell_volume	26441 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.3 Å
壳层 Rg shell_rg	31.28 Å
包络 Rg envelope_rg	24.34 Å
形状 Rg shape_rg	24.13 Å
总 Rg total_rg	24.91 Å
总原子数 total_atoms	3736
残基数 n_residues	496
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.8 Å
Rg (实空间) rg_real	25.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6210e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2940e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	46210000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8891
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.418
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.406
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14680000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.873; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.972

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1wyia_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
家族 Family family	c.1.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)

结构域编号 domain_id	d1wyib_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
家族 Family family	c.1.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1wyiA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1wyiB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	46.564 Å
晶胞边长 b length_b	70.883 Å
晶胞边长 c length_c	141.412 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	28.200 Å
R 因子 r_factor	0.2660
R_work r_work	0.2470
R_free r_free	0.2960

描述 description	Triosephosphate isomerase
分子量 formula_weight	26714.4 kDa
EC 编号 ec_number	5.3.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4196

human triosephosphate isomerase of new crystal form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Triosephosphate isomerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	460

fit	/app/data/saxs_computation/wy/1wyi/1wyi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wy/1wyi/1wyi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wy/1wyi/1wyi.dat