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1wzv

Crystal Structure of UbcH8

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 87.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L6

Homo sapiens

UniProt O14933

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–152 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；PEG 3350, calcium acetate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K 分辨率 2.10 Å R-free 0.267
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–152 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；PEG 3350, calcium acetate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K 分辨率 2.10 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1WZV Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1WZW Crystal Structure of UbcH8 提交 2005-03-10 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；PEG 3350, calcium acetate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.40 Å R-free 0.274
2KJH NMR based structural model of the UBCH8-UBIQUITIN complex 提交 2009-05-28 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 ambient
NMR样品组成 0.35 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UbcH8-1, 0.35 mM Ubiquitin-2, 20 mM sodium phosphate-3, 1 mM EDTA-4, 250 mM sodium chloride-5, 50 mM Arginine-6, 50 mM Glutamic Acid-7, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.35 mM UbcH8-8, 0.35 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-9, 20 mM sodium phosphate-10, 1 mM EDTA-11, 250 mM sodium chloride-12, 50 mM Arginine-13, 50 mM Glutamic Acid-14, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.35 mM [U-100% 15N; U-99% 2H] UbcH8-15, 0.35 mM Ubiquitin-16, 20 mM sodium phosphate-17, 1 mM EDTA-18, 250 mM sodium chloride-19, 50 mM Arginine-20, 50 mM Glutamic Acid-21, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.35 mM UbcH8-22, 0.35 mM [U-100% 15N; U-99% 2H] Ubiquitin-23, 20 mM sodium phosphate-24, 1 mM EDTA-25, 250 mM sodium chloride-26, 50 mM Arginine-27, 50 mM Glutamic Acid-28, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
8OIF Structure of the UBE1L activating enzyme bound to ISG15 and UBE2L6 提交 2023-03-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 L 1–153（153 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8SE9 Cryo-EM structure of a double loaded human UBA7-UBE2L6-ISG15 thioester mimetic complex (Form 2) 提交 2023-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 2–153（152 aa）
突变：C98S,C102S,L121K AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8SEA Cryo-EM structure of a double loaded human UBA7-UBE2L6-ISG15 thioester mimetic complex (Form 1) 提交 2023-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 2–153（152 aa）
突变：C98S,C102S,L121K AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8SEB Cryo-EM structure of a single loaded human UBA7-UBE2L6-ISG15 adenylate complex 提交 2023-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 2–153（152 aa）
突变：C98S,C102S,L121K AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.24 Å
8SV8 Cryo-EM structure of a double loaded human UBA7-UBE2L6-ISG15 thioester mimetic complex from a composite map 提交 2023-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 2–153（152 aa）
突变：C98S/C102S/L121K AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.38 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBC8_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–155； UniProt 1–152 作者链 B； PDB构建体 4–155； UniProt 1–152

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1wzv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1wzv
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1wzv
沉积日期 deposition_date2005-03-10
结构标题 titleCrystal Structure of UbcH8
关键词 keywordsUBIQUITIN, UBIQUITIN CONJUGATING ENZYME, E2, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.93 Å
零角强度 I(0) i019507400.00
分子量 molecular_weight34807.0 kDa
排除体积 excluded_volume44153 ų
包络体积 envelope_volume54993 ų
水化壳体积 shell_volume19830 ų
包络直径 envelope_diameter79.6 Å
壳层 Rg shell_rg29.89 Å
包络 Rg envelope_rg23.85 Å
形状 Rg shape_rg23.86 Å
总 Rg total_rg24.96 Å
总原子数 total_atoms2454
残基数 n_residues300
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax87.4 Å
Rg (实空间) rg_real24.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9510e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.0330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal19510000.0000
解质量估计 total_estimate0.7528
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks4
主峰位置 r_peak_primary22.2 Å
偏度 Skewness skewness0.298
峰度 Kurtosis kurtosis-0.584
角度范围 angular_range— – 0.3200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4939000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.701; Stabil: 0.971; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.767; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1wzva1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamilyd.20.1 — UBC-like
家族 Family familyd.20.1.1 — UBC-related
结构域编号 domain_idd1wzva2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1wzvb2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamilyd.20.1 — UBC-like
家族 Family familyd.20.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd1wzvb3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1wzvA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
结构域编号 domain_id1wzvB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)