SAXSdb — 1x1i

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

xanthan lyase

Bacillus sp. GL1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	(4AR,6R,7S,8R,8AS)-HEXAHYDRO-6,7,8-TRIHYDROXY-2-METHYLPYRANO[3,2-D][1,3]DIOXINE-2-CARBOXYLIC ACID × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9AQS0_BACGL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–752； UniProt 26–777

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1x1i
沉积日期 deposition_date	2005-04-04
结构标题 title	Crystal Structure of Xanthan Lyase (N194A) Complexed with a Product
关键词 keywords	alpha/alpha barrel, beta sandwich, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1x1i__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1x1i__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1x1i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.16 Å
Rg（电子密度）	27.34 Å
总 Rg	28.12 Å
原子数	5709
残基数	752
排除体积	100470 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1x1i__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	xanthan lyase
分子量 formula_weight	80713.4 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.2.12
突变 mutation	N194A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6528

SDEFDALRIKWATLLTGGPALDPADSDIAARTDKLAQDANDYWEDMDLSSSRTYIWYALRGNGTSDNVNAVYERLRTMALAATTVGSSLYGNADLKEDILDALDWLYVNSYNSTRSRSAYNWWHWQLGIPMSLNDIAVLLYDDISAARMATYMDTIDYFTPSIGLTGAARAWQAIVVGVRAVIVKDAVKLAAARNGLSGTGIFPYATGGDGFYADGSFVQHTTFAYTGGYGSSVLETTANLMYLLSGSTWSVSDPNQSNVWQWIYEAYRPLLYKGAMMDMVRGREISRSYAQDHAVGHGIVASIVRLAQFAPAPHAAAFKQIAKRVIQEDTFSSFYGDVSTDTIRLAKAIVDDPSIAPAAAPNLYKQYAAMDRAVLQRPGFALGLALYSTRISSYESINSENGRGWYTGAGATYLYNQDLAQYSEDYWPTVDAYRIPGTTVASGTPIASGTGTSSWTGGVSLAGQYGASGMDLSYGAYNLSARKSWFMFDDEIVALGSGISSTAGIPIETVVDNRKLNGAGDNAWTANGAALSTGLGVAQTLTGVNWVHLAGNTADGSDIGYYFPGGATLQTKREARTGTWKQINNRPATPSTAVTRNYETMWIDHGTNPSGASYGYVLLPNKTSAQVGAYAADPAIEIVVNTSGVQSVKEKTLGLVGANFWTDTTQTADLITSNKKASVMTREIADERLEASVSDPTQANNGTIAIELARSAEGYSADPGITVTQLAPTIKFTVNVNGAKGKSFHASFQLG

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus sp. GL1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	84635
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(4AR,6R,7S,8R,8AS)-HEXAHYDRO-6,7,8-TRIHYDROXY-2-METHYLPYRANO[3,2-D][1,3]DIOXINE-2-CARBOXYLIC ACID
分子量 formula_weight	250.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	795

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1x1ia1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamily	a.102.3 — Chondroitin AC/alginate lyase
家族 Family family	a.102.3.2 — Hyaluronate lyase-like catalytic, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1x1ia2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.24 — Hyaluronate lyase-like, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	b.24.1 — Hyaluronate lyase-like, C-terminal domain
家族 Family family	b.24.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1x1ia3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.30 — Supersandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.30.5 — Galactose mutarotase-like
家族 Family family	b.30.5.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1x1iA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Chondroitin AC/alginate lyase

结构域编号 domain_id	1x1iA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	98 — Beta-galactosidase; Chain A, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1x1iA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal

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晶胞边长 a length_a	53.802 Å
晶胞边长 b length_b	90.677 Å
晶胞边长 c length_c	77.920 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.09 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	47.360 Å
R 因子 r_factor	0.1760
R_work r_work	0.1760
R_free r_free	0.2040

Crystal Structure of Xanthan Lyase (N194A) Complexed with a Product

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

xanthan lyase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1x1i__assembly_1__model_1

1x1i__assembly_1__model_1 | I(q)

1x1i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Xanthan Lyase (N194A) Complexed with a Product

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

xanthan lyase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1x1i__assembly_1__model_1

1x1i__assembly_1__model_1 | I(q)

1x1i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)