1xdm

Structure of human aldolase B associated with hereditary fructose intolerance (A149P), at 291K

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fructose-bisphosphate aldolase B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ALDOB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–365； UniProt 1–363 作者链 B； PDB构建体 3–365； UniProt 1–363 作者链 C； PDB构建体 3–365； UniProt 1–363 作者链 D； PDB构建体 3–365； UniProt 1–363 作者链 W； PDB构建体 3–365； UniProt 1–363 作者链 X； PDB构建体 3–365； UniProt 1–363 作者链 Y； PDB构建体 3–365； UniProt 1–363 作者链 Z； PDB构建体 3–365； UniProt 1–363

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1xdm
沉积日期 deposition_date	2004-09-07
结构标题 title	Structure of human aldolase B associated with hereditary fructose intolerance (A149P), at 291K
关键词 keywords	ALPHA/BETA BARREL, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1xdm__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1xdm__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1xdm__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.76 Å
Rg（电子密度）	28.16 Å
总 Rg	28.67 Å
原子数	4624
残基数	599
排除体积	82376 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1xdm__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1xdm__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1xdm__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1xdm__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fructose-bisphosphate aldolase B
分子量 formula_weight	39558.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.2.13
突变 mutation	A149P
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,W,X,Y,Z
原子数 atom_count	18550

GSAHRFPALTQEQKKELSEIAQSIVANGKGILAADESVGTMGNRLQRIKVENTEENRRQFREILFSVDSSINQSIGGVILFHETLYQKDSQGKLFRNILKEKGIVVGIKLDQGGAPLAGTNKETTIQGLDGLSERCAQYKKDGVDFGKWRPVLRIADQCPSSLAIQENANALARYASICQQNGLVPIVEPEVIPDGDHDLEHCQYVTEKVLAAVYKALNDHHVYLEGTLLKPNMVTAGHACTKKYTPEQVAMATVTALHRTVPAAVPGICFLSGGMSEEDATLNLNAINLCPLPKPWKLSFSYGRALQASALAAWGGKAANKEATQEAFMKRAMANCQAAKGQYVHTGSSGAASTQSLFTACYTY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	35

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1xdma_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.10 — Aldolase
家族 Family family	c.1.10.1 — Class I aldolase

结构域编号 domain_id	d1xdmb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.10 — Aldolase
家族 Family family	c.1.10.1 — Class I aldolase

结构域编号 domain_id	d1xdmc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.10 — Aldolase
家族 Family family	c.1.10.1 — Class I aldolase

结构域编号 domain_id	d1xdmd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.10 — Aldolase
家族 Family family	c.1.10.1 — Class I aldolase

结构域编号 domain_id	d1xdmw_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.10 — Aldolase
家族 Family family	c.1.10.1 — Class I aldolase

结构域编号 domain_id	d1xdmx_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.10 — Aldolase
家族 Family family	c.1.10.1 — Class I aldolase

结构域编号 domain_id	d1xdmy_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.10 — Aldolase
家族 Family family	c.1.10.1 — Class I aldolase

结构域编号 domain_id	d1xdmz_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.10 — Aldolase
家族 Family family	c.1.10.1 — Class I aldolase

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1xdmA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1xdmB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1xdmC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1xdmD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1xdmW00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1xdmX00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1xdmY00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1xdmZ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

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晶胞边长 a length_a	153.421 Å
晶胞边长 b length_b	153.475 Å
晶胞边长 c length_c	185.553 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	79.400 Å
R 因子 r_factor	0.2760
R_work r_work	0.2710
R_free r_free	0.3190

Structure of human aldolase B associated with hereditary fructose intolerance (A149P), at 291K

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fructose-bisphosphate aldolase B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1xdm__assembly_4__model_1

1xdm__assembly_4__model_1 | I(q)

1xdm__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)

Structure of human aldolase B associated with hereditary fructose intolerance (A149P), at 291K

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fructose-bisphosphate aldolase B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1xdm__assembly_4__model_1

1xdm__assembly_4__model_1 | I(q)

1xdm__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)