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1xdy

Structural and Biochemical Identification of a Novel Bacterial Oxidoreductase, W-containing cofactor

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bacterial Sulfite Oxidase

Escherichia coli

UniProt P76342

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 TUNGSTEN ION × 1 PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER × 1 water × 1 与蛋白数一致
10 蛋白单体 单体 蛋白 1 TUNGSTEN ION × 1 PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 TUNGSTEN ION × 1 PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER × 1 water × 1 与蛋白数一致
3 蛋白单体 单体 蛋白 1 TUNGSTEN ION × 1 PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER × 1 water × 1 与蛋白数一致
4 蛋白单体 单体 蛋白 1 TUNGSTEN ION × 1 PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER × 1 water × 1 与蛋白数一致
5 蛋白单体 单体 蛋白 1 TUNGSTEN ION × 1 PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER × 1 water × 1 与蛋白数一致
6 蛋白单体 单体 蛋白 1 TUNGSTEN ION × 1 PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER × 1 water × 1 与蛋白数一致
7 蛋白单体 单体 蛋白 1 TUNGSTEN ION × 1 PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER × 1 water × 1 与蛋白数一致
8 蛋白单体 单体 蛋白 1 TUNGSTEN ION × 1 PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER × 1 water × 1 与蛋白数一致
9 蛋白单体 单体 蛋白 1 TUNGSTEN ION × 1 PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1xdq 1xdq 1xdq 1xdq 1xdq 1xdy 1xdy 1xdy 1xdy 1xdy 1xdy 1xdy

共 15 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 YEDY_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–290； UniProt 45–334 作者链 B； PDB构建体 1–290； UniProt 45–334 作者链 C； PDB构建体 1–290； UniProt 45–334 作者链 D； PDB构建体 1–290； UniProt 45–334 作者链 E； PDB构建体 1–290； UniProt 45–334 作者链 F； PDB构建体 1–290； UniProt 45–334 作者链 G； PDB构建体 1–290； UniProt 45–334 作者链 H； PDB构建体 1–290； UniProt 45–334 作者链 I； PDB构建体 1–290； UniProt 45–334 作者链 J； PDB构建体 1–290； UniProt 45–334

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1xdy
沉积日期 deposition_date2004-09-08
结构标题 titleStructural and Biochemical Identification of a Novel Bacterial Oxidoreductase, W-containing cofactor
关键词 keywordsBioinformatics, sequence analysis, electron transfer, oxidoreductase, molybdoenzymes, molybdopterin; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1xdy__assembly_7__model_1

Assembly 7 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1xdy__assembly_7__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1xdy__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）18.33 Å
Rg（电子密度）17.18 Å
总 Rg18.13 Å
原子数2104
残基数261
排除体积37568 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1xdy__assembly_1__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1xdy__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 1xdy__assembly_3__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 1xdy__assembly_4__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
5 1 1xdy__assembly_5__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
6 1 1xdy__assembly_6__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
7 1 1xdy__assembly_7__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
8 1 1xdy__assembly_8__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
9 1 1xdy__assembly_9__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
10 1 1xdy__assembly_10__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_idd1xdya_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.176 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyd.176.1 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
家族 Family familyd.176.1.1 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
结构域编号 domain_idd1xdyb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.176 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyd.176.1 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
家族 Family familyd.176.1.1 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
结构域编号 domain_idd1xdyc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.176 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyd.176.1 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
家族 Family familyd.176.1.1 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
结构域编号 domain_idd1xdyd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.176 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyd.176.1 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
家族 Family familyd.176.1.1 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
结构域编号 domain_idd1xdye_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.176 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyd.176.1 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
家族 Family familyd.176.1.1 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
结构域编号 domain_idd1xdyf_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.176 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyd.176.1 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
家族 Family familyd.176.1.1 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
结构域编号 domain_idd1xdyg_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.176 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyd.176.1 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
家族 Family familyd.176.1.1 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
结构域编号 domain_idd1xdyh_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.176 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyd.176.1 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
家族 Family familyd.176.1.1 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
结构域编号 domain_idd1xdyi_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.176 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyd.176.1 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
家族 Family familyd.176.1.1 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
结构域编号 domain_idd1xdyj_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.176 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyd.176.1 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain
家族 Family familyd.176.1.1 — Oxidoreductase molybdopterin-binding domain

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id1xdyA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology420 — Sulfite Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain
结构域编号 domain_id1xdyB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology420 — Sulfite Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain
结构域编号 domain_id1xdyC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology420 — Sulfite Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain
结构域编号 domain_id1xdyD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology420 — Sulfite Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain
结构域编号 domain_id1xdyE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology420 — Sulfite Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain
结构域编号 domain_id1xdyF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology420 — Sulfite Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain
结构域编号 domain_id1xdyG00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology420 — Sulfite Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain
结构域编号 domain_id1xdyH00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology420 — Sulfite Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain
结构域编号 domain_id1xdyI00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology420 — Sulfite Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain
结构域编号 domain_id1xdyJ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology420 — Sulfite Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain
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7. 引用文献 (1)