SAXSdb — 1xmz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 1

Anemonia sulcata

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	BETA-MERCAPTOETHANOL × 14 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NFCP_ANESU
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–73； UniProt 2–62 作者链 B； PDB构建体 13–73； UniProt 2–62 作者链 C； PDB构建体 1–168； UniProt 63–232 作者链 D； PDB构建体 1–168； UniProt 63–232

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1xmz
沉积日期 deposition_date	2004-10-04
结构标题 title	Crystal structure of the dark state of kindling fluorescent protein kfp from anemonia sulcata
关键词 keywords	FLUORESCENT PROTEIN, CHROMOPHORE STRUCTURE, ASCP595, LUMINESCENT PROTEIN; LUMINESCENT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1xmz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1xmz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1xmz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.56 Å
Rg（电子密度）	27.75 Å
总 Rg	28.73 Å
原子数	7290
残基数	910
排除体积	129570 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1xmz__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 1
分子量 formula_weight	8065.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4295

MRGSHHHHHHGSASFLKKTMPFKTTIEGTVNGHYFKCTGKGEGNPFEGTQEMKIEVIEGGPLPFAFHILSTSCX

来源 Source

来源生物 organism	Anemonia sulcata
通用名 common_name	snake-locks sea anemone
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6108
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 2
分子量 formula_weight	19143.7 kDa
突变 mutation	A143G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

XSKTFIKYVSGIPDYFKQSFPEGFTWERTTTYEDGGFLTAHQDTSLDGDCLVYKVKILGNNFPADGPVMQNKAGRWEPGTEIVYEVDGVLRGQSLMALKCPGGRHLTCHLHTTYRSKKPASALKMPGFHFEDHRIEIMEEVEKGKCYKQYEAAVGRYCDAAPSKLGHN

来源 Source

来源生物 organism	Anemonia sulcata
通用名 common_name	snake-locks sea anemone
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6108
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	BETA-MERCAPTOETHANOL
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	463

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1xmza_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.22 — GFP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.22.1 — GFP-like
家族 Family family	d.22.1.1 — Fluorescent proteins

结构域编号 domain_id	d1xmzb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.22 — GFP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.22.1 — GFP-like
家族 Family family	d.22.1.1 — Fluorescent proteins

结构域编号 domain_id	d1xmzb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

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7. 引用文献 (7)

Kindling Fluorescent Protein from Anemonia sulcata: Dark-State Structure at 1.38 Resolution

Biochemistry (2005)

PMID: 15823036 · DOI: 10.1021/bi047644u PRIMARY

Kindling Fluorescent Proteins for Precise in Vivo Photolabeling

NAT.BIOTECHNOL. (2003)

Interconversion of Anthozoa Gfp-Like Fluorescent and Nonfluorescent Proteins by Mutagenesis

BMC BIOCHEM. (2002)

;Chromophore Environment Provides Clue to "Kindling Fluorescent Protein" Riddle ;

J.Biol.Chem. (2002)

;Alternative Cyclization in Gfp-Like Proteins Family. The Formation and Structure of the Chromophore of a Purple Chromoprotein from Anemonia Sulcata ;

J.Biol.Chem. (2001)

Natural Animal Coloration Can be Determined by a Nonfluorescent Green Fluorescent Protein Homolog

J.Biol.Chem. (2000)

Synthesis and Properties of the Chromophore of Asulcp Chromoprotein from Anemonia Sulcata

To be Published

晶胞边长 a length_a	76.520 Å
晶胞边长 b length_b	125.400 Å
晶胞边长 c length_c	92.750 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.380 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1404
R_work r_work	0.1393
R_free r_free	0.1913

Crystal structure of the dark state of kindling fluorescent protein kfp from anemonia sulcata

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1xmz__assembly_1__model_1

1xmz__assembly_1__model_1 | I(q)

1xmz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

7. 引用文献 (7)

Crystal structure of the dark state of kindling fluorescent protein kfp from anemonia sulcata

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1xmz__assembly_1__model_1

1xmz__assembly_1__model_1 | I(q)

1xmz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

7. 引用文献 (7)