SAXSdb — 1xnk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

endoxylanase 11A

Chaetomium thermophilum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	4-thio-beta-D-xylopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-xylopyranose-(1-4)-methyl 4-thio-alpha-D-xylopyranoside × 1 SULFATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	4-thio-beta-D-xylopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-xylopyranose-(1-4)-methyl 4-thio-alpha-D-xylopyranoside × 1 SULFATE ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
3	其他组合	同源多聚体	蛋白 4 其他聚合物 4	4-thio-beta-D-xylopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-xylopyranose-(1-4)-methyl 4-thio-alpha-D-xylopyranoside × 4 SULFATE ION × 6 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8J1V6_9PEZI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–196； UniProt 27–222 作者链 B； PDB构建体 1–196； UniProt 27–222

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1xnk
沉积日期 deposition_date	2004-10-05
结构标题 title	Beta-1,4-xylanase from Chaetomium thermophilum complexed with methyl thioxylopentoside
关键词 keywords	xylanase, glycoside hydrolase, family 11, glycosidase, thioinhibitor, sulphur containing inhibitor, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1xnk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1xnk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1xnk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.61 Å
Rg（电子密度）	15.17 Å
总 Rg	16.31 Å
原子数	1528
残基数	190
排除体积	26460 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1xnk__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1xnk__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1xnk__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	endoxylanase 11A
分子量 formula_weight	21494.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3531

QTLTSSATGTHNGYYYSFWTDGQGNIRFNLESGGQYSVTWSGNGNWVGGKGWNPGTDNRVINYTADYRPNGNSYLAVYGWTRNPLIEYYVVESFGTYDPSTGATRMGSVTTDGGTYNIYRTQRVNAPSIEGTKTFYQYWSVRTSKRTGGTVTMANHFNAWRQAGLQLGSHDYQIVATEGYYSSGSATVNVGGSTTG

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	209285
宿主生物 host_organism	Hypocrea jecorina

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	4-thio-beta-D-xylopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-xylopyranose-(1-4)-methyl 4-thio-alpha-D-xylopyranoside
分子量 formula_weight	476.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	449

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1xnka_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.11 — Xylanase/endoglucanase 11/12

结构域编号 domain_id	d1xnkb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.11 — Xylanase/endoglucanase 11/12

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1xnkA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain

结构域编号 domain_id	1xnkB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain

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晶胞边长 a length_a	108.241 Å
晶胞边长 b length_b	57.593 Å
晶胞边长 c length_c	66.205 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	99.000 Å
R 因子 r_factor	0.1974
R_work r_work	0.1974
R_free r_free	0.2236

Beta-1,4-xylanase from Chaetomium thermophilum complexed with methyl thioxylopentoside

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

endoxylanase 11A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1xnk__assembly_1__model_1

1xnk__assembly_1__model_1 | I(q)

1xnk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Beta-1,4-xylanase from Chaetomium thermophilum complexed with methyl thioxylopentoside

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

endoxylanase 11A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1xnk__assembly_1__model_1

1xnk__assembly_1__model_1 | I(q)

1xnk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)