SAXSdb — 1xrs

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

D-lysine 5,6-aminomutase alpha subunit

Clostridium sticklandii

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	D-lysine 5,6-aminomutase beta subunit × 2 （Q9ZFE5） COBALAMIN × 2 PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 5'-DEOXYADENOSINE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9ZFE6_CLOST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–516； UniProt 1–516

D-lysine 5,6-aminomutase beta subunit

Clostridium sticklandii

UniProt Q9ZFE5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	D-lysine 5,6-aminomutase alpha subunit × 2 （Q9ZFE6） COBALAMIN × 2 PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 5'-DEOXYADENOSINE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9ZFE5_CLOST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1xrs
沉积日期 deposition_date	2004-10-15
结构标题 title	Crystal structure of Lysine 5,6-Aminomutase in complex with PLP, cobalamin, and 5'-deoxyadenosine
关键词 keywords	;TIM barrel, Rossmann domain, PLP, Cobalamin, B12, 5'-Deoxyadenosine, Radical, mutase, Adenosylcobalamin, Conformational change, ISOMERASE ;; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1xrs__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1xrs__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1xrs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.00 Å
Rg（电子密度）	40.07 Å
总 Rg	40.32 Å
原子数	11594
残基数	1456
排除体积	207190 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1xrs__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	D-lysine 5,6-aminomutase alpha subunit
分子量 formula_weight	57384.5 kDa
EC 编号 ec_number	5.4.3.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5797

MESKLNLDFNLVEKARAKAKAIAIDTQEFIEKHTTVTVERAVCRLLGIDGVDTDEVPLPNIVVDHIKENNGLNLGAAMYIANAVLNTGKTPQEIAQAISAGELDLTKLPMKDLFEVKTKALSMAKETVEKIKNNRSIRESRFEEYGDKSGPLLYVIVATGNIYEDITQAVAAAKQGADVIAVIRTTGQSLLDYVPYGATTEGFGGTYATQENFRLMREALDKVGAEVGKYIRLCNYCSGLCMPEIAAMGAIERLDVMLNDALYGILFRDINMQRTMIDQNFSRIINGFAGVIINTGEDNYLTTADAFEEAHTVLASQFINEQFALLAGLPEEQMGLGHAFEMDPELKNGFLYELSQAQMAREIFPKAPLKYMPPTKFMTGNIFKGHIQDALFNMVTIMTNQRIHLLGMLTEALHTPFMSDRALSIENAQYIFNNMESISEEIQFKEDGLIQKRAGFVLEKANELLEEIEQLGLFDTLEKGIFGGVKRPKDGGKGLNGVVSKDENYYNPFVELMLNK

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium sticklandii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1511
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	D-lysine 5,6-aminomutase beta subunit
分子量 formula_weight	29254.0 kDa
EC 编号 ec_number	5.4.3.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSSGLYSMEKKEFDKVLDLERVKPYGDTMNDGKVQLSFTLPLKNNERSAEAAKQIALKMGLEEPSVVMQQSLDEEFTFFVVYGNFVQSVNYNEIHVEAVNSEILSMEETDEYIKENIGRKIVVVGASTGTDAHTVGIDAIMNMKGYAGHYGLERYEMIDAYNLGSQVANEDFIKKAVELEADVLLVSQTVTQKNVHIQNMTHLIELLEAEGLRDRFVLLCGGPRINNEIAKELGYDAGFGPGRFADDVATFAVKTLNDRMNS

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium sticklandii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1511
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	COBALAMIN
分子量 formula_weight	1330.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	247.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	5'-DEOXYADENOSINE
分子量 formula_weight	251.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1xrsa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.19 — Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzymes
家族 Family family	c.1.19.4 — D-lysine 5,6-aminomutase alpha subunit, KamD

结构域编号 domain_id	d1xrsb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.6 — Cobalamin (vitamin B12)-binding domain
家族 Family family	c.23.6.1 — Cobalamin (vitamin B12)-binding domain

结构域编号 domain_id	d1xrsb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.230 — Dodecin subunit-like
超家族 Superfamily superfamily	d.230.4 — D-lysine 5,6-aminomutase beta subunit KamE, N-terminal domain
家族 Family family	d.230.4.1 — D-lysine 5,6-aminomutase beta subunit KamE, N-terminal domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1xrsA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	440 — D-Lysine 5,6-aminomutase alpha subunit

结构域编号 domain_id	1xrsB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Defensin A-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — D-lysine 5,6-aminomutase beta subunit KamE, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1xrsB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	280 — Cobalamin-binding domain

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晶胞边长 a length_a	99.700 Å
晶胞边长 b length_b	99.700 Å
晶胞边长 c length_c	168.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	49.850 Å
R 因子 r_factor	0.1990
R_work r_work	0.1990
R_free r_free	0.2620

Crystal structure of Lysine 5,6-Aminomutase in complex with PLP, cobalamin, and 5'-deoxyadenosine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

D-lysine 5,6-aminomutase alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

D-lysine 5,6-aminomutase beta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1xrs__assembly_1__model_1

1xrs__assembly_1__model_1 | I(q)

1xrs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Lysine 5,6-Aminomutase in complex with PLP, cobalamin, and 5'-deoxyadenosine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

D-lysine 5,6-aminomutase alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

D-lysine 5,6-aminomutase beta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1xrs__assembly_1__model_1

1xrs__assembly_1__model_1 | I(q)

1xrs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)