1xu2

The crystal structure of APRIL bound to BCMA

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 73.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13

Mus musculus

UniProt Q9D777

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 104–241 链 B; UniProt 104–241 链 D; UniProt 104–241 片段:TNF domain of APRIL Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17 × 3 (Q02223) NI NICKEL (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5;292 K;well solution: 0.1M MES, 5% Peg 8000, 10% Peg 1000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K 分辨率 2.35 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TNF13_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–138; UniProt 104–241 作者链 B; PDB构建体 1–138; UniProt 104–241 作者链 D; PDB构建体 1–138; UniProt 104–241

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17

Homo sapiens

UniProt Q02223

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 5–51 链 S; UniProt 5–51 链 T; UniProt 5–51 片段:BCMA ECD Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13 × 3 (Q9D777) NI NICKEL (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5;292 K;well solution: 0.1M MES, 5% Peg 8000, 10% Peg 1000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K 分辨率 2.35 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TNR17_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 1–47; UniProt 5–51 作者链 S; PDB构建体 1–47; UniProt 5–51 作者链 T; PDB构建体 1–47; UniProt 5–51

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1xu2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1xu2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1xu2
沉积日期 deposition_date2004-10-25
结构标题 titleThe crystal structure of APRIL bound to BCMA
关键词 keywordsTNFSF, cytokine, CRD, receptor, jelly-roll, cysteine-rich, HORMONE-GROWTH FACTOR receptor COMPLEX; CYTOKINE, HORMONE/GROWTH FACTOR receptor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.86
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.35
零角强度 I(0) i058288800.00
分子量 molecular_weight58258.0 kDa
排除体积 excluded_volume72410 ų
包络体积 envelope_volume84734 ų
水化壳体积 shell_volume30128 ų
包络直径 envelope_diameter77.2
壳层 Rg shell_rg30.59
包络 Rg envelope_rg22.86
形状 Rg shape_rg22.32
总 Rg total_rg23.34
总原子数 total_atoms4083
残基数 n_residues519
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax73.3
Rg (实空间) rg_real23.68
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42
I(0) (实空间) i0_real5.8290e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.7790e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.72
I(0) (倒空间) i0_reciprocal58290000.0000
解质量估计 total_estimate0.8200
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary30.9
偏度 Skewness skewness0.100
峰度 Kurtosis kurtosis-0.468
角度范围 angular_range— – 0.3350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13980000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 0.994; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1xu2a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamilyb.22.1 — TNF-like
家族 Family familyb.22.1.1 — TNF-like
结构域编号 domain_idd1xu2b_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamilyb.22.1 — TNF-like
家族 Family familyb.22.1.1 — TNF-like
结构域编号 domain_idd1xu2d_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamilyb.22.1 — TNF-like
家族 Family familyb.22.1.1 — TNF-like
结构域编号 domain_idd1xu2r_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamilyg.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family familyg.24.1.2 — BAFF receptor-like
结构域编号 domain_idd1xu2s_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamilyg.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family familyg.24.1.2 — BAFF receptor-like
结构域编号 domain_idd1xu2t_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamilyg.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family familyg.24.1.2 — BAFF receptor-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1xu2A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40
结构域编号 domain_id1xu2B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40
结构域编号 domain_id1xu2D00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)