SAXSdb — 1xut

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 68–109	片段：TACI_D2	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.2；290 K；离子强度（mmCIF原始值）200 mM；压力 AMBIENT NMR样品组成：0.8-1.0 MM TACI_D2 UNIFORMLY ENRICHED WITH 15N & 13C, 50 MM SODIUM PHOSPHATE, 150 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM SODIUM AZIDE,DIOXANE, 10% DEUTERIUM OXIDE; 0.8-1.0 MM TACI_D2 UNIFORMLY ENRICHED WITH 15N & 13C, 50 MM SODIUM PHOSPHATE, 150 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM SODIUM AZIDE,DIOXANE, 10% DEUTERIUM OXIDE	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1XUT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1XU1 The crystal structure of APRIL bound to TACI 提交 2004-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 68–109（42 aa）片段：TACI CRD2 链 S 68–109（42 aa）片段：TACI CRD2 链 T 68–109（42 aa）片段：TACI CRD2	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；well solution: 70% MPD, 0.1 M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 1.90 Å R-free 0.203

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TR13B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–46； UniProt 68–109

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1xut
沉积日期 deposition_date	2004-10-26
结构标题 title	Solution structure of TACI-CRD2
关键词 keywords	TNF Receptor, cytokine, cysteine-rich domain, receptor, CYTOKINE Receptor; CYTOKINE Receptor
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	11.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	11.31 Å
零角强度 I(0) i0	183240000.00
分子量 molecular_weight	106220.0 kDa
排除体积 excluded_volume	129870 Å³
包络体积 envelope_volume	16283 Å³
水化壳体积 shell_volume	10412 Å³
包络直径 envelope_diameter	48.0 Å
壳层 Rg shell_rg	18.91 Å
包络 Rg envelope_rg	14.24 Å
形状 Rg shape_rg	11.30 Å
总 Rg total_rg	11.57 Å
总原子数 total_atoms	14440
残基数 n_residues	920
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	48.0 Å
Rg (实空间) rg_real	11.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1510e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	11.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	183200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7350
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	11.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.434
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.198
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	46450.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.453; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.203; Smooth: 0.987

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1xuta1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamily	g.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family family	g.24.1.2 — BAFF receptor-like

结构域编号 domain_id	d1xuta2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1xutA01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1290 — Tumor necrosis factor receptor fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor necrosis factor receptor superfamily

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13B
分子量 formula_weight	5317.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	14440

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Solution structure of TACI-CRD2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/xu/1xut/1xut.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xu/1xut/1xut.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xu/1xut/1xut.dat