1xvf

soluble methane monooxygenase hydroxylase: chloropropanol soaked structure

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 128.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methane monooxygenase component A alpha chain

物种未注明

UniProt P22869

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–527 链 B; UniProt 1–527 片段:alpha subunit Methane monooxygenase component A beta chain × 2 (P18798) Methane monooxygenase component A gamma chain × 2 (P11987) FE FE (III) ION × 4 3CL 3-CHLOROPROPANOL × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;277 K;MOPS, PEG 8000, NaN3, CaCl2, glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.00 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 31 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MEMA_METCA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–527; UniProt 1–527 作者链 B; PDB构建体 1–527; UniProt 1–527

Methane monooxygenase component A beta chain

物种未注明

UniProt P18798

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–389 链 D; UniProt 1–389 片段:beta subunit Methane monooxygenase component A alpha chain × 2 (P22869) Methane monooxygenase component A gamma chain × 2 (P11987) FE FE (III) ION × 4 3CL 3-CHLOROPROPANOL × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;277 K;MOPS, PEG 8000, NaN3, CaCl2, glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.00 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 MEMB_METCA
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–389; UniProt 1–389 作者链 D; PDB构建体 1–389; UniProt 1–389

Methane monooxygenase component A gamma chain

物种未注明

UniProt P11987

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 0–169 链 F; UniProt 0–169 片段:gamma subunit Methane monooxygenase component A alpha chain × 2 (P22869) Methane monooxygenase component A beta chain × 2 (P18798) FE FE (III) ION × 4 3CL 3-CHLOROPROPANOL × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;277 K;MOPS, PEG 8000, NaN3, CaCl2, glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.00 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MEMG_METCA
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–170; UniProt 0–169 作者链 F; PDB构建体 1–170; UniProt 0–169

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1xvf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1xvf
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1xvf
沉积日期 deposition_date2004-10-27
结构标题 titlesoluble methane monooxygenase hydroxylase: chloropropanol soaked structure
关键词 keywordsmethane, diiron, four-helix bundle, cavities, product, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.32
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.93
零角强度 I(0) i0879282000.00
分子量 molecular_weight245320.0 kDa
排除体积 excluded_volume306100 ų
包络体积 envelope_volume356930 ų
水化壳体积 shell_volume69155 ų
包络直径 envelope_diameter134.5
壳层 Rg shell_rg48.81
包络 Rg envelope_rg40.92
形状 Rg shape_rg40.92
总 Rg total_rg41.29
总原子数 total_atoms17350
残基数 n_residues2128
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax128.1
Rg (实空间) rg_real41.28
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.97
I(0) (实空间) i0_real8.7930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4860e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.32
I(0) (倒空间) i0_reciprocal879300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8695
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary43.8
偏度 Skewness skewness0.276
峰度 Kurtosis kurtosis-0.591
角度范围 angular_range— – 0.1900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha422500000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.952; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.442

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1xvfa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.2 — Ribonucleotide reductase-like
结构域编号 domain_idd1xvfb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.2 — Ribonucleotide reductase-like
结构域编号 domain_idd1xvfc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.2 — Ribonucleotide reductase-like
结构域编号 domain_idd1xvfd_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.2 — Ribonucleotide reductase-like
结构域编号 domain_idd1xvfe_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.23 — Open three-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.23.3 — Methane monooxygenase hydrolase, gamma subunit
家族 Family familya.23.3.1 — Methane monooxygenase hydrolase, gamma subunit
结构域编号 domain_idd1xvff_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.23 — Open three-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.23.3 — Methane monooxygenase hydrolase, gamma subunit
家族 Family familya.23.3.1 — Methane monooxygenase hydrolase, gamma subunit

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id1xvfA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology620 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
结构域编号 domain_id1xvfB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology620 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
结构域编号 domain_id1xvfC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology620 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
结构域编号 domain_id1xvfD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology620 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
结构域编号 domain_id1xvfE01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1
结构域编号 domain_id1xvfE02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2
结构域编号 domain_id1xvfF01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1
结构域编号 domain_id1xvfF02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)