SAXSdb — 1y4h

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cysteine protease

Staphylococcus aureus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	cysteine protease inhibitor × 1 （Q9EYW6） CHLORIDE ION × 3 SULFATE ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	cysteine protease inhibitor × 1 （Q9EYW6） CHLORIDE ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	cysteine protease inhibitor × 2 （Q9EYW6） CHLORIDE ION × 4 SULFATE ION × 5 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SSPB_STAAU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 15–188； UniProt 220–393 作者链 B； PDB构建体 15–188； UniProt 220–393

cysteine protease inhibitor

Staphylococcus aureus

UniProt Q9EYW6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	cysteine protease × 1 （Q70UQ8） CHLORIDE ION × 3 SULFATE ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	cysteine protease × 1 （Q70UQ8） CHLORIDE ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	cysteine protease × 2 （Q70UQ8） CHLORIDE ION × 4 SULFATE ION × 5 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SSPC_STAAU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 D； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1y4h
沉积日期 deposition_date	2004-11-30
结构标题 title	Wild type staphopain-staphostatin complex
关键词 keywords	cysteine protease, inhibitor, staphopain B, staphostatin B, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1y4h__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1y4h__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1y4h__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.36 Å
Rg（电子密度）	20.27 Å
总 Rg	21.20 Å
原子数	2330
残基数	282
排除体积	40779 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1y4h__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1y4h__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1y4h__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	cysteine protease
分子量 formula_weight	21550.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4813

MGSSHHHHHHSQDPDQVQYENTLKNFKIREQQFDNSWCAGFSMAALLNATKNTDTYNAHDIMRTLYPEVSEQDLPNCATFPNQMIEYGKSQGRDIHYQEGVPSYNQVDQLTKDNVGIMILAQSVSQNPNDPHLGHALAVVGNAKINDQEKLIYWNPWDTELSIQDADSSLLHLSFNRDYNWYGSMIGY

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	cysteine protease inhibitor
分子量 formula_weight	12930.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MYQLQFINLVYDTTKLTHLEQTNINLFIGNWSNHQLQKSICIRHGDDTSHNQYHILFIDTAHQRIKFSSFDNEEIIYILDYDDTQHILMQTSSKQGIGTSRPIVYERLV

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	170

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1y4ha1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.1 — Papain-like

结构域编号 domain_id	d1y4hb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.1 — Papain-like

结构域编号 domain_id	d1y4hc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.2 — beta-Barrel protease inhibitors
家族 Family family	b.61.2.2 — Staphostatin

结构域编号 domain_id	d1y4hd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.2 — beta-Barrel protease inhibitors
家族 Family family	b.61.2.2 — Staphostatin

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1y4hA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	1y4hB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	1y4hC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	310 — Staphostatins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — beta-Barrel protease inhibitors

结构域编号 domain_id	1y4hD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	310 — Staphostatins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — beta-Barrel protease inhibitors

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晶胞边长 a length_a	57.948 Å
晶胞边长 b length_b	77.520 Å
晶胞边长 c length_c	84.891 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.10 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.930 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1897
R_work r_work	0.1883
R_free r_free	0.2167

Wild type staphopain-staphostatin complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cysteine protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

cysteine protease inhibitor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1y4h__assembly_1__model_1

1y4h__assembly_1__model_1 | I(q)

1y4h__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (5)

Wild type staphopain-staphostatin complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cysteine protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

cysteine protease inhibitor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1y4h__assembly_1__model_1

1y4h__assembly_1__model_1 | I(q)

1y4h__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (5)