1y4m

Crystal structure of human endogenous retrovirus HERV-FRD envelope protein (syncitin-2)

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HERV-FRD_6p24.1 provirus ancestral Env polyprotein

Homo sapiens

UniProt P60508

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 3 CHLORIDE ION × 1 water × 3 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 12 CHLORIDE ION × 4 water × 12 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EFR1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–53; UniProt 391–443 作者链 B; PDB构建体 1–53; UniProt 391–443 作者链 C; PDB构建体 1–53; UniProt 391–443

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1y4m
沉积日期 deposition_date2004-12-01
结构标题 titleCrystal structure of human endogenous retrovirus HERV-FRD envelope protein (syncitin-2)
关键词 keywordsCoat protein, membrane fusion, endogenous retrovirus, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1y4m__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1y4m__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1y4m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)17.40 Å
Rg(电子密度)16.75 Å
总 Rg17.68 Å
原子数1199
残基数159
排除体积21497 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1y4m__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1y4m__assembly_2__model_1 dodecameric (12) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1y4ma1
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.3 — Stalk segment of viral fusion proteins
超家族 Superfamily superfamilyh.3.2 — Virus ectodomain
家族 Family familyh.3.2.1 — Virus ectodomain
结构域编号 domain_idd1y4mb_
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.3 — Stalk segment of viral fusion proteins
超家族 Superfamily superfamilyh.3.2 — Virus ectodomain
家族 Family familyh.3.2.1 — Virus ectodomain
结构域编号 domain_idd1y4mc_
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.3 — Stalk segment of viral fusion proteins
超家族 Superfamily superfamilyh.3.2 — Virus ectodomain
家族 Family familyh.3.2.1 — Virus ectodomain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1y4mA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily210 —
结构域编号 domain_id1y4mB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily210 —
结构域编号 domain_id1y4mC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily210 —
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7. 引用文献 (1)