SAXSdb — 1y75

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

phospholipase A2 isoform 5

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	phospholipase A2 isoform 6 × 1 （Q5G290） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	phospholipase A2 isoform 6 × 2 （Q5G290） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 4 water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	phospholipase A2 isoform 6 × 2 （Q5G290） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5G291_NAJSG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–118； UniProt 8–125

phospholipase A2 isoform 6

物种未注明

UniProt Q5G290

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	phospholipase A2 isoform 5 × 1 （Q5G291） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	phospholipase A2 isoform 5 × 2 （Q5G291） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 4 water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	phospholipase A2 isoform 5 × 2 （Q5G291） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZINC ION × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5G290_NAJSG
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–118； UniProt 8–125

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1y75
沉积日期 deposition_date	2004-12-08
结构标题 title	A new form of catalytically inactive phospholipase A2 with an unusual disulphide bridge Cys 32- Cys 49 reveals recognition for N-acetylglucosmine
关键词 keywords	Enzyme, Activity, Molecular association, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1y75__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1y75__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1y75__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.04 Å
Rg（电子密度）	18.16 Å
总 Rg	19.03 Å
原子数	1801
残基数	236
排除体积	31107 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1y75__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1y75__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1y75__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	phospholipase A2 isoform 5
分子量 formula_weight	13073.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2048

NTYQFRNMIQCTVPSRSWWDFADYGCYCGCGSGTPVDDLDRCCQVHCNCYRQAGEISGCRPKFKTYTYECSGGTLTCKGDNNACAASSCDCDRLAAICFAGAPYNDNNYNIDLKARCN

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	phospholipase A2 isoform 6
分子量 formula_weight	12714.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

NIKQFNNMIQCTVPARSWWDFADYGCYCGSGSGSPVDDLDRCCQVHDNCYNAGGGVTGCAPKSKTYTYECSQGTLTCSGENSACAATVCDCDRLAAICFAGAPYNDNNYNIDLKSRCQ

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	247

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1y75a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d1y75b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1y75A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	1y75B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

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晶胞边长 a length_a	77.656 Å
晶胞边长 b length_b	77.656 Å
晶胞边长 c length_c	68.424 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	19.950 Å
R 因子 r_factor	0.2160
R_work r_work	0.2160
R_free r_free	0.2560

A new form of catalytically inactive phospholipase A2 with an unusual disulphide bridge Cys 32- Cys 49 reveals recognition for N-acetylglucosmine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

phospholipase A2 isoform 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

phospholipase A2 isoform 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1y75__assembly_1__model_1

1y75__assembly_1__model_1 | I(q)

1y75__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

A new form of catalytically inactive phospholipase A2 with an unusual disulphide bridge Cys 32- Cys 49 reveals recognition for N-acetylglucosmine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

phospholipase A2 isoform 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

phospholipase A2 isoform 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1y75__assembly_1__model_1

1y75__assembly_1__model_1 | I(q)

1y75__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)