1y7b

BETA-D-XYLOSIDASE, A FAMILY 43 GLYCOSIDE HYDROLASE

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-xylosidase, family 43 glycosyl hydrolase

Clostridium acetobutylicum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	CALCIUM ION × 4 SULFATE ION × 6 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 4 TRIETHYLENE GLYCOL × 1 GLYCEROL × 14 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q97DM1_CLOAB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–535； UniProt 1–533 作者链 B； PDB构建体 1–535； UniProt 1–533 作者链 C； PDB构建体 1–535； UniProt 1–533 作者链 D； PDB构建体 1–535； UniProt 1–533

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1y7b
沉积日期 deposition_date	2004-12-08
结构标题 title	BETA-D-XYLOSIDASE, A FAMILY 43 GLYCOSIDE HYDROLASE
关键词 keywords	;beta-propeller, beta-sandwich, structural genomics, protein structure initative, PSI, New York SGX Research Center for Structural Genomics, NYSGXRC, Protein Structure Initiative, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1y7b__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1y7b__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1y7b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.27 Å
Rg（电子密度）	38.51 Å
总 Rg	39.02 Å
原子数	17552
残基数	2136
排除体积	310130 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1y7b__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Beta-xylosidase, family 43 glycosyl hydrolase
分子量 formula_weight	62420.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.37
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	20552

MSLIKNPILRGFNPDPSICRADTDYYIATSTFEWFPGVQIHHSKDLVNWHLVAHPLNRTSLLDMKGNPNSGGIWAPDLSYHDGKFWLIYTDVKVTDGMWKDCHNYLTTCESVDGVWSDPITLNGSGFDASLFHDNDGKKYLVNMYWDQRTYNHNFYGIVLQEYSDKEKKLIGKAKIIYKGTDIKYTEGPHIYHIGDYYYLFTAEGGTTYEHSETVARSKNIDGPYEIDPEYPLLTSWHDPRNSLQKCGHASLVHTHTDEWYLAHLVGRPLPVGNQPVLEQRGYCPLGRETSIQRIEWVDNWPRVVGGKQGSVNVEAPKIPEVKWEKTYDEKDNFDSDKLNINFQSLRIPLTENIASLKAKKGNLRLYGKESLTSTFTQAFIARRWQSFKFDASTSVSFSPDTFQQAAGLTCYYNTENWSTIQVTWNEDKGRVIDIVCCDNFHFDMPLKSNVIPIPKDVEYIHLKVEVRVETYQYSYSFDGINWSKVPAIFESRKLSDDYVQGGGFFTGAFVGINCIDITGNNKPADFDYFCYKEEGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium acetobutylicum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3000

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d1y7ba1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.23 — Beta-D-xylosidase C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1y7ba2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.67 — 5-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.67.2 — Arabinanase/levansucrase/invertase
家族 Family family	b.67.2.1 — alpha-L-arabinanase-like

结构域编号 domain_id	d1y7ba3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1y7ba4
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1y7bb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.23 — Beta-D-xylosidase C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1y7bb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.67 — 5-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.67.2 — Arabinanase/levansucrase/invertase
家族 Family family	b.67.2.1 — alpha-L-arabinanase-like

结构域编号 domain_id	d1y7bb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1y7bb4
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1y7bc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.23 — Beta-D-xylosidase C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1y7bc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.67 — 5-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.67.2 — Arabinanase/levansucrase/invertase
家族 Family family	b.67.2.1 — alpha-L-arabinanase-like

结构域编号 domain_id	d1y7bc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1y7bc4
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1y7bd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.23 — Beta-D-xylosidase C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1y7bd2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.67 — 5-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.67.2 — Arabinanase/levansucrase/invertase
家族 Family family	b.67.2.1 — alpha-L-arabinanase-like

结构域编号 domain_id	d1y7bd3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1y7bd4
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1y7bA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	115 — 5 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Tachylectin-2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Glycosyl hydrolase domain; family 43

结构域编号 domain_id	1y7bA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	1y7bB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	115 — 5 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Tachylectin-2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Glycosyl hydrolase domain; family 43

结构域编号 domain_id	1y7bB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	1y7bC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	115 — 5 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Tachylectin-2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Glycosyl hydrolase domain; family 43

结构域编号 domain_id	1y7bC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	1y7bD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	115 — 5 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Tachylectin-2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Glycosyl hydrolase domain; family 43

结构域编号 domain_id	1y7bD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

▶

晶胞边长 a length_a	94.480 Å
晶胞边长 b length_b	136.150 Å
晶胞边长 c length_c	183.870 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.1580
R_work r_work	0.1570
R_free r_free	0.2060

BETA-D-XYLOSIDASE, A FAMILY 43 GLYCOSIDE HYDROLASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-xylosidase, family 43 glycosyl hydrolase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1y7b__assembly_1__model_1

1y7b__assembly_1__model_1 | I(q)

1y7b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

BETA-D-XYLOSIDASE, A FAMILY 43 GLYCOSIDE HYDROLASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-xylosidase, family 43 glycosyl hydrolase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1y7b__assembly_1__model_1

1y7b__assembly_1__model_1 | I(q)

1y7b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)