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1y9a

Alcohol Dehydrogenase from Entamoeba histolotica in complex with cacodylate

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.2 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADP-dependent alcohol dehydrogenase

Entamoeba histolytica

UniProt P35630

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–360 链 C； UniProt 1–360 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 8 CAC CACODYLATE ION × 4 ACT ACETATE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 8000 14%w/v, 300 mM Mg Acetate, 200mM cacodylate at pH 6.5, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.81 Å R-free 0.177

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1Y9A Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2OUI D275P mutant of alcohol dehydrogenase from protozoa Entamoeba histolytica 提交 2007-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–360（360 aa）
链 B 1–360（360 aa）
链 C 1–360（360 aa）
链 D 1–360（360 aa）
突变：D275P 突变：D275P 突变：D275P 突变：D275P ZN ZINC ION × 4 NO3 NITRATE ION × 4 CAC CACODYLATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；8mg/mL protein, 25mM Tris-HCl, 50mM NaCl, 0.1mM DTT, 50mM ZnCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.77 Å R-free 0.178
3FPC Chimera of alcohol dehydrogenase by exchange of the cofactor binding domain res 153-294 of T. brockii ADH by E. histolytica ADH 提交 2009-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 153–294（142 aa）
链 B 153–294（142 aa）
链 C 153–294（142 aa）
链 D 153–294（142 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 CAC CACODYLATE ION × 4 OXY OXYGEN MOLECULE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 14 NO3 NITRATE ION × 2 IMD IMIDAZOLE × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；8mg/mL protein [25mM Tris-HCl, 50mM NaCl, 0.1mM DTT, 50mM ZnCl2 (pH=7.5)] was mixed with 0.001 ml of reservoir solution [16% (w/v) PEG 8000, 200mM magnesium acetate tetrahydrate, 100mM Cacodylate buffer (pH 6.5)], vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 1.40 Å R-free 0.155

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ADH1_ENTHI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–360； UniProt 1–360 作者链 C； PDB构建体 1–360； UniProt 1–360

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1y9a

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1y9a
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1y9a
沉积日期 deposition_date2004-12-15
结构标题 titleAlcohol Dehydrogenase from Entamoeba histolotica in complex with cacodylate
关键词 keywordsMetal-binding, NADP, Oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.91 Å
零角强度 I(0) i0100587000.00
分子量 molecular_weight78290.0 kDa
排除体积 excluded_volume97811 ų
包络体积 envelope_volume121540 ų
水化壳体积 shell_volume34659 ų
包络直径 envelope_diameter90.1 Å
壳层 Rg shell_rg36.70 Å
包络 Rg envelope_rg28.59 Å
形状 Rg shape_rg28.90 Å
总 Rg total_rg29.68 Å
总原子数 total_atoms5462
残基数 n_residues718
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.2 Å
Rg (实空间) rg_real29.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal100600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7121
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.3 Å
偏度 Skewness skewness0.179
峰度 Kurtosis kurtosis-0.697
角度范围 angular_range— – 0.2650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha32530000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.135; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.976
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1y9aA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology180 — Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain
结构域编号 domain_id1y9aA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id1y9aC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology180 — Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain
结构域编号 domain_id1y9aC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)