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1yc2

Sir2Af2-NAD-ADPribose-nicotinamide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 113.8 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NAD-dependent deacetylase 2

Archaeoglobus fulgidus

UniProt O30124

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–253 未记录 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 NCA NICOTINAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；HEPES, ammonium sulfate, PEG400, nicotinamide, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.40 Å R-free 0.255
10 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–253 链 D； UniProt 1–253 未记录 ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 4 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 NCA NICOTINAMIDE × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；HEPES, ammonium sulfate, PEG400, nicotinamide, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.40 Å R-free 0.255
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–253 未记录 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 NCA NICOTINAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；HEPES, ammonium sulfate, PEG400, nicotinamide, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.40 Å R-free 0.255
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–253 未记录 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 3 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；HEPES, ammonium sulfate, PEG400, nicotinamide, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.40 Å R-free 0.255
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–253 未记录 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 NCA NICOTINAMIDE × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；HEPES, ammonium sulfate, PEG400, nicotinamide, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.40 Å R-free 0.255
5 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 1–253 未记录 ZN ZINC ION × 1 NCA NICOTINAMIDE × 2 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；HEPES, ammonium sulfate, PEG400, nicotinamide, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.40 Å R-free 0.255
6 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–253 链 B； UniProt 1–253 链 C； UniProt 1–253 链 D； UniProt 1–253 未记录 ZN ZINC ION × 8 SO4 SULFATE ION × 10 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 NCA NICOTINAMIDE × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；HEPES, ammonium sulfate, PEG400, nicotinamide, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.40 Å R-free 0.255
7 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–253 链 C； UniProt 1–253 未记录 ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 5 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 NCA NICOTINAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；HEPES, ammonium sulfate, PEG400, nicotinamide, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.40 Å R-free 0.255
8 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–253 链 D； UniProt 1–253 未记录 ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 5 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 NCA NICOTINAMIDE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；HEPES, ammonium sulfate, PEG400, nicotinamide, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.40 Å R-free 0.255
9 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–253 链 B； UniProt 1–253 未记录 ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 6 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 NCA NICOTINAMIDE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；HEPES, ammonium sulfate, PEG400, nicotinamide, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.40 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1YC2 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1MA3 Structure of a Sir2 enzyme bound to an acetylated p53 peptide 提交 2002-07-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–253（253 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；PEG 8000, PEG 1000 and Sodium Chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.254
1S7G Structural Basis for the Mechanism and Regulation of Sir2 Enzymes 提交 2004-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–253（253 aa）
链 B 1–253（253 aa）
链 C 1–253（253 aa）
链 D 1–253（253 aa）
链 E 1–253（253 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 SO4 SULFATE ION × 12 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 3 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；ammonium sulfate, PEG400, hepes, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.249
4TWJ The structure of Sir2Af2 bound to a myristoylated histone peptide 提交 2014-06-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–253（253 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ACT ACETATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；293 K；0.1 M Na-acetate pH 4.8, 14-18% (v/v) 2-propanol, and 14-15% (w/v) PEG 6,000
分辨率 1.65 Å R-free 0.205

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NPD2_ARCFU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–253； UniProt 1–253 作者链 B； PDB构建体 1–253； UniProt 1–253 作者链 C； PDB构建体 1–253； UniProt 1–253 作者链 D； PDB构建体 1–253； UniProt 1–253 作者链 E； PDB构建体 1–253； UniProt 1–253

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1yc2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1yc2
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1yc2
沉积日期 deposition_date2004-12-21
结构标题 titleSir2Af2-NAD-ADPribose-nicotinamide
关键词 keywordssir2, sirtuin, nicotinamide, NAD, ADPribose, ternary complex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.82 Å
零角强度 I(0) i0333854000.00
分子量 molecular_weight145490.0 kDa
排除体积 excluded_volume180970 ų
包络体积 envelope_volume235180 ų
水化壳体积 shell_volume54727 ų
包络直径 envelope_diameter121.2 Å
壳层 Rg shell_rg42.30 Å
包络 Rg envelope_rg35.34 Å
形状 Rg shape_rg35.81 Å
总 Rg total_rg36.26 Å
总原子数 total_atoms10160
残基数 n_residues1257
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax113.8 Å
Rg (实空间) rg_real36.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real3.3390e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.2950e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal333900000.0000
解质量估计 total_estimate0.9053
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary45.0 Å
偏度 Skewness skewness0.169
峰度 Kurtosis kurtosis-0.526
角度范围 angular_range— – 0.2150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha38890000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.941; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.944
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd1yc2a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family familyc.31.1.5 — Sir2 family of transcriptional regulators
结构域编号 domain_idd1yc2b_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family familyc.31.1.5 — Sir2 family of transcriptional regulators
结构域编号 domain_idd1yc2c_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family familyc.31.1.5 — Sir2 family of transcriptional regulators
结构域编号 domain_idd1yc2d_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family familyc.31.1.5 — Sir2 family of transcriptional regulators
结构域编号 domain_idd1yc2e_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family familyc.31.1.5 — Sir2 family of transcriptional regulators

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id1yc2A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1220 — TPP-binding domain
结构域编号 domain_id1yc2A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1600 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
结构域编号 domain_id1yc2B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1220 — TPP-binding domain
结构域编号 domain_id1yc2B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1600 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
结构域编号 domain_id1yc2C01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1220 — TPP-binding domain
结构域编号 domain_id1yc2C02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1600 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
结构域编号 domain_id1yc2D01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1220 — TPP-binding domain
结构域编号 domain_id1yc2D02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1600 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
结构域编号 domain_id1yc2E01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1220 — TPP-binding domain
结构域编号 domain_id1yc2E02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1600 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)