1yd8

COMPLEX OF HUMAN GGA3 GAT DOMAIN AND UBIQUITIN

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 102.2 Å Quality: SUSPICIOUS

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UBIQUIN

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 U； UniProt 1–76	未记录	ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3 × 1 （Q9NZ52）	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.297
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 V； UniProt 1–76	未记录	ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3 × 1 （Q9NZ52）	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1YD8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AAR STRUCTURE OF A DIUBIQUITIN CONJUGATE AND A MODEL FOR INTERACTION WITH UBIQUITIN CONJUGATING ENZYME (E2) 提交 1992-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–76（76 aa）链 B 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1P3Q Mechanism of Ubiquitin Recognition by the CUE Domain of VPS9 提交 2003-04-18	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 V 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；PEG 3350, magnesium chloride, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.277
1P3Q Mechanism of Ubiquitin Recognition by the CUE Domain of VPS9 提交 2003-04-18	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 U 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；PEG 3350, magnesium chloride, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.277
1V80 Solution structures of ubiquitin at 30 bar and 3 kbar 提交 2003-12-27	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.6；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.03；压力 30 NMR测量条件 pH 4.6；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.03；压力 1 NMR样品组成 10mM Ubiquitin; 30mM deutrated acetate buffer; 92% H2O, 8% D2O \| 92% H2O, 8% D2O NMR样品组成 3.0mM 15N-Ubiquitin; 30mM deutrated acetate buffer; 95% H2O, 5% D20 \| 95% H2O, 5% D20 NMR样品组成 1.8mM 15N-13C-Ubiquitin; 30mM deutrated acetate buffer; 95% H2O, 5% D2O \| 95% H2O, 5% D20	分辨率未提供
1V81 Solution structures of ubiquitin at 30 bar and 3 kbar 提交 2003-12-27	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.6；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.03；压力 3000 NMR样品组成 10mM Ubiquitin; 30mM deutrated acetate buffer; 92% H2O, 8% D2O \| 92% H2O, 8% D2O NMR样品组成 3mM 15N-Ubiquitin; 30mM deutrated acetate buffer; 95% H2O, 5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.8mM 15N-13C-Ubiquitin; 30mM deutrated acetate buffer; 95% H2O, 5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
1WR6 Crystal structure of GGA3 GAT domain in complex with ubiquitin 提交 2004-10-12	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG3350, Ammonium formate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.290
1WR6 Crystal structure of GGA3 GAT domain in complex with ubiquitin 提交 2004-10-12	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG3350, Ammonium formate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.290
1WR6 Crystal structure of GGA3 GAT domain in complex with ubiquitin 提交 2004-10-12	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG3350, Ammonium formate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.290
1WR6 Crystal structure of GGA3 GAT domain in complex with ubiquitin 提交 2004-10-12	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG3350, Ammonium formate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.290
1WRD Crystal structure of Tom1 GAT domain in complex with ubiquitin 提交 2004-10-14	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；sodium citrate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.259
1WRD Crystal structure of Tom1 GAT domain in complex with ubiquitin 提交 2004-10-14	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；sodium citrate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.259
2C7M Human Rabex-5 residues 1-74 in complex with Ubiquitin 提交 2005-11-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；SITTING DROP 300 NL PLUS 300 NL 20 MG/ML PROTEIN SOLUTION 0.2 M LIS2SO4, 0.1 MES PH 6.5 25% PEG3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.214
2C7N Human Rabex-5 residues 1-74 in complex with Ubiquitin 提交 2005-11-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；SITTING DROP 300NL PLUS 300NL 0.2M AMMONIUM ACETATE 0.1M NACITRATE PH 6.5 25% PEG400	分辨率 2.10 Å R-free 0.238
2C7N Human Rabex-5 residues 1-74 in complex with Ubiquitin 提交 2005-11-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；SITTING DROP 300NL PLUS 300NL 0.2M AMMONIUM ACETATE 0.1M NACITRATE PH 6.5 25% PEG400	分辨率 2.10 Å R-free 0.238
2C7N Human Rabex-5 residues 1-74 in complex with Ubiquitin 提交 2005-11-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；SITTING DROP 300NL PLUS 300NL 0.2M AMMONIUM ACETATE 0.1M NACITRATE PH 6.5 25% PEG400	分辨率 2.10 Å R-free 0.238
2C7N Human Rabex-5 residues 1-74 in complex with Ubiquitin 提交 2005-11-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；SITTING DROP 300NL PLUS 300NL 0.2M AMMONIUM ACETATE 0.1M NACITRATE PH 6.5 25% PEG400	分辨率 2.10 Å R-free 0.238
2C7N Human Rabex-5 residues 1-74 in complex with Ubiquitin 提交 2005-11-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；SITTING DROP 300NL PLUS 300NL 0.2M AMMONIUM ACETATE 0.1M NACITRATE PH 6.5 25% PEG400	分辨率 2.10 Å R-free 0.238
2C7N Human Rabex-5 residues 1-74 in complex with Ubiquitin 提交 2005-11-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；SITTING DROP 300NL PLUS 300NL 0.2M AMMONIUM ACETATE 0.1M NACITRATE PH 6.5 25% PEG400	分辨率 2.10 Å R-free 0.238
2D3G Double sided ubiquitin binding of Hrs-UIM 提交 2005-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–76（76 aa）链 B 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；289 K；PEG400, CHES, pH 9.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.70 Å R-free 0.228
2DX5 The complex structure between the mouse EAP45-GLUE domain and ubiquitin 提交 2006-08-24	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；18% PEG600, 0.1M HEPPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.35 Å R-free 0.329
2FID Crystal Structure of a Bovine Rabex-5 fragment complexed with ubiquitin 提交 2005-12-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；20-25% PEG 4000, 0.2M lithium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
2FIF Crystal Structure of a Bovine Rabex-5 fragment complexed with ubiquitin 提交 2005-12-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–76（76 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；20-25% PEG 4000, 0.2M lithium sulfate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.49 Å R-free 0.263
2FIF Crystal Structure of a Bovine Rabex-5 fragment complexed with ubiquitin 提交 2005-12-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；20-25% PEG 4000, 0.2M lithium sulfate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.49 Å R-free 0.263
2FIF Crystal Structure of a Bovine Rabex-5 fragment complexed with ubiquitin 提交 2005-12-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；20-25% PEG 4000, 0.2M lithium sulfate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.49 Å R-free 0.263
2OOB crystal structure of the UBA domain from Cbl-b ubiquitin ligase in complex with ubiquitin 提交 2007-01-25	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.2M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, 20% PEG6000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.256
2QHO Crystal structure of the UBA domain from EDD ubiquitin ligase in complex with ubiquitin 提交 2007-07-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1M citric acid, 20% PEG 6000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.85 Å R-free 0.258
2QHO Crystal structure of the UBA domain from EDD ubiquitin ligase in complex with ubiquitin 提交 2007-07-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1M citric acid, 20% PEG 6000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.85 Å R-free 0.258
2QHO Crystal structure of the UBA domain from EDD ubiquitin ligase in complex with ubiquitin 提交 2007-07-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1M citric acid, 20% PEG 6000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.85 Å R-free 0.258
2QHO Crystal structure of the UBA domain from EDD ubiquitin ligase in complex with ubiquitin 提交 2007-07-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1M citric acid, 20% PEG 6000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.85 Å R-free 0.258
2WWZ TAB2 NZF DOMAIN IN COMPLEX WITH Lys63-linked di-ubiquitin, P212121 提交 2009-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–76（76 aa）链 B 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.40 Å R-free 0.202
2WX0 TAB2 NZF DOMAIN IN COMPLEX WITH Lys63-linked di-ubiquitin, P21 提交 2009-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–76（76 aa）链 B 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.236
2WX0 TAB2 NZF DOMAIN IN COMPLEX WITH Lys63-linked di-ubiquitin, P21 提交 2009-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–76（76 aa）链 F 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.236
2WX1 TAB2 NZF DOMAIN IN COMPLEX WITH Lys63-linked tri-ubiquitin, P212121 提交 2009-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–76（76 aa）链 B 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.269
3H1U Structure of ubiquitin in complex with Cd ions 提交 2009-04-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–76（76 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；291.15 K；100mM HEPES pH 7.5, 50mm Cadmium sulfate, 1.0M Sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K	分辨率 3.00 Å R-free 0.257
3H1U Structure of ubiquitin in complex with Cd ions 提交 2009-04-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；291.15 K；100mM HEPES pH 7.5, 50mm Cadmium sulfate, 1.0M Sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K	分辨率 3.00 Å R-free 0.257
3M3J A new crystal form of Lys48-linked diubiquitin 提交 2010-03-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–76（76 aa）链 B 1–76（76 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；30% PEG 4000, 0.2M lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.60 Å R-free 0.229
3M3J A new crystal form of Lys48-linked diubiquitin 提交 2010-03-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–76（76 aa）链 D 1–76（76 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；30% PEG 4000, 0.2M lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.60 Å R-free 0.229
3M3J A new crystal form of Lys48-linked diubiquitin 提交 2010-03-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–76（76 aa）链 F 1–76（76 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；30% PEG 4000, 0.2M lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.60 Å R-free 0.229

共 19 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBIQ_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 V； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3

Homo sapiens

UniProt Q9NZ52

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 208–301	未记录	UBIQUIN × 1 （P62990）	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.297
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 208–301	未记录	UBIQUIN × 1 （P62990）	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1YD8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 B 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 B 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 C 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 D 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 B 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 C 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 D 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 B 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 C 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 D 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 B 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 C 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 D 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 D 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JUQ GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-dependent Mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Sodium/Potassium phosphate, Lithium Sulfate, CAPS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.254
1JUQ GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-dependent Mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Sodium/Potassium phosphate, Lithium Sulfate, CAPS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.254
1JUQ GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-dependent Mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Sodium/Potassium phosphate, Lithium Sulfate, CAPS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.254
1JUQ GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-dependent Mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Sodium/Potassium phosphate, Lithium Sulfate, CAPS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.254
1JUQ GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-dependent Mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 B 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 C 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 D 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Sodium/Potassium phosphate, Lithium Sulfate, CAPS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.254
1JUQ GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-dependent Mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 B 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 C 1–166（166 aa）片段：VHS domain 链 D 1–166（166 aa）片段：VHS domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Sodium/Potassium phosphate, Lithium Sulfate, CAPS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.254
1LF8 Complex of GGA3-VHS Domain and CI-MPR C-terminal Phosphopeptide 提交 2002-04-10	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–166（166 aa）片段：VHS domain (residues 1-166)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100mM CAPS 10.2-11.0, 200 mM Lithium Sulfate, 1.3-2M Sodium/Potassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
1LF8 Complex of GGA3-VHS Domain and CI-MPR C-terminal Phosphopeptide 提交 2002-04-10	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–166（166 aa）片段：VHS domain (residues 1-166)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100mM CAPS 10.2-11.0, 200 mM Lithium Sulfate, 1.3-2M Sodium/Potassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
1LF8 Complex of GGA3-VHS Domain and CI-MPR C-terminal Phosphopeptide 提交 2002-04-10	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–166（166 aa）片段：VHS domain (residues 1-166)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100mM CAPS 10.2-11.0, 200 mM Lithium Sulfate, 1.3-2M Sodium/Potassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
1LF8 Complex of GGA3-VHS Domain and CI-MPR C-terminal Phosphopeptide 提交 2002-04-10	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–166（166 aa）片段：VHS domain (residues 1-166)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100mM CAPS 10.2-11.0, 200 mM Lithium Sulfate, 1.3-2M Sodium/Potassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
1P4U CRYSTAL STRUCTURE OF GGA3 GAE DOMAIN IN COMPLEX WITH RABAPTIN-5 PEPTIDE 提交 2003-04-24	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 571–723（153 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.6M sodium citrate, pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1P4U CRYSTAL STRUCTURE OF GGA3 GAE DOMAIN IN COMPLEX WITH RABAPTIN-5 PEPTIDE 提交 2003-04-24	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 571–723（153 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.6M sodium citrate, pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1WR6 Crystal structure of GGA3 GAT domain in complex with ubiquitin 提交 2004-10-12	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 209–319（111 aa）片段：C-GAT domain(RESIDUES 209-319)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG3350, Ammonium formate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.290
1WR6 Crystal structure of GGA3 GAT domain in complex with ubiquitin 提交 2004-10-12	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 209–319（111 aa）片段：C-GAT domain(RESIDUES 209-319)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG3350, Ammonium formate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.290
1WR6 Crystal structure of GGA3 GAT domain in complex with ubiquitin 提交 2004-10-12	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 209–319（111 aa）片段：C-GAT domain(RESIDUES 209-319)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG3350, Ammonium formate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.290
1WR6 Crystal structure of GGA3 GAT domain in complex with ubiquitin 提交 2004-10-12	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 209–319（111 aa）片段：C-GAT domain(RESIDUES 209-319)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG3350, Ammonium formate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.290

共 5 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GGA3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 5–98； UniProt 208–301 作者链 H； PDB构建体 5–98； UniProt 208–301

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1yd8
沉积日期 deposition_date	2004-12-23
结构标题 title	COMPLEX OF HUMAN GGA3 GAT DOMAIN AND UBIQUITIN
关键词 keywords	TRAFFICKING, POST TRANSLATIONAL MODIFICATION, MONO-UBIQUITINATION, PROTEIN TRANSPORT;, PROTEIN TRANSPORT, CHROMOSOMAL PROTEIN; PROTEIN TRANSPORT, CHROMOSOMAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.26 Å
零角强度 I(0) i0	24506400.00
分子量 molecular_weight	37937.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47254 Å³
包络体积 envelope_volume	66738 Å³
水化壳体积 shell_volume	18712 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.2 Å
壳层 Rg shell_rg	35.84 Å
包络 Rg envelope_rg	32.31 Å
形状 Rg shape_rg	33.27 Å
总 Rg total_rg	33.49 Å
总原子数 total_atoms	2662
残基数 n_residues	332
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.2 Å
Rg (实空间) rg_real	33.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4510e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9750e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.4858
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	21.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.411
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.846
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1604000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.607; Stabil: 0.998; Sysdev: 0.049; Positv: 1.000; Valcen: 0.327; Smooth: 0.021

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	UBIQUIN
分子量 formula_weight	8576.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,V
原子数 atom_count	2808

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
分子量 formula_weight	11215.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

GAMGIQKVTKRLHTLEEVNNNVRLLSEMLLHYSQEDSSDGDRELMKELFDQCENKRRTLFKLASETEDNDNSLGDILQASDNLSRVINSYKTIIEGQV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	146

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1yd8g1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamily	a.7.8 — GAT-like domain
家族 Family family	a.7.8.1 — GAT domain

结构域编号 domain_id	d1yd8g2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1yd8h2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamily	a.7.8 — GAT-like domain
家族 Family family	a.7.8.1 — GAT domain

结构域编号 domain_id	d1yd8h3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1yd8u_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d1yd8v_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1yd8G00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 —

结构域编号 domain_id	1yd8H00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 —

结构域编号 domain_id	1yd8U00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1yd8V00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	47.886 Å
晶胞边长 b length_b	97.293 Å
晶胞边长 c length_c	66.459 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.03 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	26.850 Å
R 因子 r_factor	0.2210
R_work r_work	0.2210
R_free r_free	0.2970

fit	/app/data/saxs_computation/yd/1yd8/1yd8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yd/1yd8/1yd8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yd/1yd8/1yd8.dat

COMPLEX OF HUMAN GGA3 GAT DOMAIN AND UBIQUITIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UBIQUIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)