1yee

STRUCTURE OF A CATALYTIC ANTIBODY, IGG2A FAB FRAGMENT (D2.5)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 83.8 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IGG2A FAB FRAGMENT (D2.5)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–99	未记录	IGG2A FAB FRAGMENT (D2.5) × 1 PNB 4-NITRO-BENZYLPHOSPHONOBUTANOYL-GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.6；pH 5.6	分辨率 2.20 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1YEE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AXT IMMUNE VERSUS NATURAL SELECTION: ANTIBODY ALDOLASES WITH THE RATES OF NATURAL ENZYMES 提交 1997-10-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–100（100 aa）片段：;FAB' FRAGMENT 33F12 ;	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 18% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100 MM HEPES, PH 7.4.	分辨率 2.15 Å R-free 0.317
1EGJ DOMAIN 4 OF THE BETA COMMON CHAIN IN COMPLEX WITH AN ANTIBODY 提交 2000-02-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 1–220（220 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；12% peg 4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K	分辨率 2.80 Å R-free 0.288
1FLR 4-4-20 FAB FRAGMENT 提交 1995-01-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–101（101 aa）	未记录	FLU 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.85 Å
1FPT THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN THE FAB FRAGMENT OF AN NEUTRALIZING ANTIBODY FOR TYPE 1 POLIOVIRUS AND ITS VIRAL EPITOPE 提交 1995-01-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 1–100（100 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
1GGB MAJOR ANTIGEN-INDUCED DOMAIN REARRANGEMENTS IN AN ANTIBODY 提交 1993-07-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–100（100 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1GGC MAJOR ANTIGEN-INDUCED DOMAIN REARRANGEMENTS IN AN ANTIBODY 提交 1993-07-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–100（100 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1KB5 MURINE T-CELL RECEPTOR VARIABLE DOMAIN/FAB COMPLEX 提交 1997-04-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 1–99（99 aa）片段：FAB	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；15% PEG6000, 100MM HEPES PH 6.9-7.5, 200MM NACL, 0.1% NAN3, pH 7.2	分辨率 2.50 Å
1LO0 Catalytic Retro-Diels-Alderase Transition State Analogue Complex 提交 2002-05-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Y 1–101（101 aa）	未记录	BC1 3-{[(9-CYANO-9,10-DIHYDRO-10-METHYLACRIDIN-9-YL)CARBONYL]AMINO}PROPANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；PEG, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.00 Å R-free 0.255
1LO0 Catalytic Retro-Diels-Alderase Transition State Analogue Complex 提交 2002-05-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–101（101 aa）	未记录	BC1 3-{[(9-CYANO-9,10-DIHYDRO-10-METHYLACRIDIN-9-YL)CARBONYL]AMINO}PROPANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；PEG, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.00 Å R-free 0.255
1NBY Crystal Structure of HyHEL-63 complexed with HEL mutant K96A 提交 2002-12-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–96（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；PEG 4000, AMMONIUM ACETATE, SODIUM ACETATE, pH 4.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.80 Å R-free 0.250
1NBZ Crystal Structure of HyHEL-63 complexed with HEL mutant K97A 提交 2002-12-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–96（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；PEG 4000, AMMONIUM ACETATE, SODIUM ACETATE, pH 4.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.85 Å R-free 0.229
1NCA REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF THE INFLUENZA VIRUS N9 NEURAMINIDASE-NC41 FAB COMPLEX 提交 1992-01-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 H 1–101（101 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1NCA REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF THE INFLUENZA VIRUS N9 NEURAMINIDASE-NC41 FAB COMPLEX 提交 1992-01-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 H 1–101（101 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1NCB CRYSTAL STRUCTURES OF TWO MUTANT NEURAMINIDASE-ANTIBODY COMPLEXES WITH AMINO ACID SUBSTITUTIONS IN THE INTERFACE 提交 1992-01-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 H 1–101（101 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1NCB CRYSTAL STRUCTURES OF TWO MUTANT NEURAMINIDASE-ANTIBODY COMPLEXES WITH AMINO ACID SUBSTITUTIONS IN THE INTERFACE 提交 1992-01-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 H 1–101（101 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1NCC CRYSTAL STRUCTURES OF TWO MUTANT NEURAMINIDASE-ANTIBODY COMPLEXES WITH AMINO ACID SUBSTITUTIONS IN THE INTERFACE 提交 1992-01-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 H 1–101（101 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1NCD REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF THE INFLUENZA VIRUS N9 NEURAMINIDASE-NC41 FAB COMPLEX 提交 1992-01-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 H 1–101（101 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å
1ND0 CATIONIC CYCLIZATION ANTIBODY 4C6 COMPLEX WITH TRANSITION STATE ANALOG 提交 2002-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–102（102 aa）片段：IMMUNOGLOBULIN FAB FRAGMENT, heavy chain 链 D 1–102（102 aa）片段：IMMUNOGLOBULIN FAB FRAGMENT, heavy chain	未记录	DP4 (1s,4s)-4-[dimethyl(phenyl)silyl]-1-methylpiperidine 1-oxide × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；295 K；ammonium sulfate, dioxane, tri-sodium citrate dihydrate, pH 5.5, evaporation, temperature 295K	分辨率 2.45 Å R-free 0.286
1ND0 CATIONIC CYCLIZATION ANTIBODY 4C6 COMPLEX WITH TRANSITION STATE ANALOG 提交 2002-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–102（102 aa）片段：IMMUNOGLOBULIN FAB FRAGMENT, heavy chain 链 H 1–102（102 aa）片段：IMMUNOGLOBULIN FAB FRAGMENT, heavy chain	未记录	DP4 (1s,4s)-4-[dimethyl(phenyl)silyl]-1-methylpiperidine 1-oxide × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；295 K；ammonium sulfate, dioxane, tri-sodium citrate dihydrate, pH 5.5, evaporation, temperature 295K	分辨率 2.45 Å R-free 0.286
1ND0 CATIONIC CYCLIZATION ANTIBODY 4C6 COMPLEX WITH TRANSITION STATE ANALOG 提交 2002-12-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–102（102 aa）片段：IMMUNOGLOBULIN FAB FRAGMENT, heavy chain	未记录	DP4 (1s,4s)-4-[dimethyl(phenyl)silyl]-1-methylpiperidine 1-oxide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；295 K；ammonium sulfate, dioxane, tri-sodium citrate dihydrate, pH 5.5, evaporation, temperature 295K	分辨率 2.45 Å R-free 0.286
1ND0 CATIONIC CYCLIZATION ANTIBODY 4C6 COMPLEX WITH TRANSITION STATE ANALOG 提交 2002-12-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–102（102 aa）片段：IMMUNOGLOBULIN FAB FRAGMENT, heavy chain	未记录	DP4 (1s,4s)-4-[dimethyl(phenyl)silyl]-1-methylpiperidine 1-oxide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；295 K；ammonium sulfate, dioxane, tri-sodium citrate dihydrate, pH 5.5, evaporation, temperature 295K	分辨率 2.45 Å R-free 0.286
1ND0 CATIONIC CYCLIZATION ANTIBODY 4C6 COMPLEX WITH TRANSITION STATE ANALOG 提交 2002-12-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–102（102 aa）片段：IMMUNOGLOBULIN FAB FRAGMENT, heavy chain	未记录	DP4 (1s,4s)-4-[dimethyl(phenyl)silyl]-1-methylpiperidine 1-oxide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；295 K；ammonium sulfate, dioxane, tri-sodium citrate dihydrate, pH 5.5, evaporation, temperature 295K	分辨率 2.45 Å R-free 0.286
1ND0 CATIONIC CYCLIZATION ANTIBODY 4C6 COMPLEX WITH TRANSITION STATE ANALOG 提交 2002-12-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–102（102 aa）片段：IMMUNOGLOBULIN FAB FRAGMENT, heavy chain	未记录	DP4 (1s,4s)-4-[dimethyl(phenyl)silyl]-1-methylpiperidine 1-oxide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；295 K；ammonium sulfate, dioxane, tri-sodium citrate dihydrate, pH 5.5, evaporation, temperature 295K	分辨率 2.45 Å R-free 0.286
1NDG Crystal structure of Fab fragment of antibody HyHEL-8 complexed with its antigen lysozyme 提交 2002-12-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–96（96 aa）	未记录	ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.90 Å R-free 0.249
1NDM Crystal structure of Fab fragment of antibody HyHEL-26 complexed with lysozyme 提交 2002-12-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–96（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.10 Å R-free 0.258
1ORQ X-ray structure of a voltage-dependent potassium channel in complex with an Fab 提交 2003-03-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–99（99 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 28 K POTASSIUM ION × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；PEG400, Cadmium chloride, Sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.298
1ORQ X-ray structure of a voltage-dependent potassium channel in complex with an Fab 提交 2003-03-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 B 1–99（99 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 56 K POTASSIUM ION × 48	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；PEG400, Cadmium chloride, Sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.298
1PLG EVIDENCE FOR THE EXTENDED HELICAL NATURE OF POLYSACCHARIDE EPITOPES. THE 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION STRUCTURE AND THERMODYNAMICS OF LIGAND BINDING OF AN ANTIGEN BINDING FRAGMENT SPECIFIC FOR ALPHA-(2->8)-POLYSIALIC ACID 提交 1995-04-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–98（98 aa）片段：FAB FRAGMENT THAT BINDS POLYSIALIC ACID	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1RU9 Crystal Structure (A) of u.v.-irradiated cationic cyclization antibody 4C6 Fab at pH 4.6 with a data set collected in-house. 提交 2003-12-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–102（102 aa）片段：fab	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 5 ACT ACETATE ION × 1 BEZ BENZOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；295 K；0.1M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium acetate, 15% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.247
1RUA Crystal structure (B) of u.v.-irradiated cationic cyclization antibody 4C6 fab at pH 4.6 with a data set collected at SSRL beamline 11-1. 提交 2003-12-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–102（102 aa）片段：fab	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 BEZ BENZOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；295 K；0.1M sodium acetate, 0.2 M ammonium acetate, 15% (w/v) PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.75 Å R-free 0.251
1RUK Crystal structure (C) of native cationic cyclization antibody 4C6 fab at pH 4.6 with a data set collected at SSRL beamline 9-1 提交 2003-12-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–102（102 aa）片段：fab	未记录	ACT ACETATE ION × 1 BEZ BENZOIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；295 K；0.1M sodium acetate, 0.2 M ammonium acetate, 15% (w/v) PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.40 Å R-free 0.210
1RUL Crystal Structure (D) of u.v.-irradiated cationic cyclization antibody 4C6 Fab at pH 5.6 with a data set collected at SSRL beamline 11-1. 提交 2003-12-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–102（102 aa）片段：fab	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 BEZ BENZOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；0.1 M tri-sodium citrate, 0.2M ammonium acetate, 15% (w/v) PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.88 Å R-free 0.283
1RUM Crystal structure (F) of H2O2-soaked cationic cyclization antibody 4C6 fab at pH 8.5 with a data set collected at SSRL beamline 9-1. 提交 2003-12-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–102（102 aa）片段：fab	未记录	BEZ BENZOIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.1 M tris hydrochloride, pH 8.5, 0.2 M sodium acetate, 15% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.48 Å R-free 0.245
1RUP Crystal structure (G) of native cationic cyclization antibody 4C6 fab at pH 8.5 with a data set collected at APS beamline 19-ID 提交 2003-12-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–102（102 aa）片段：fab	未记录	BEZ BENZOIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.1 M tris hydrochloride, 0.2 M sodium acetate, 15% (w/v) PEG 4000 , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.40 Å R-free 0.212
4FAB THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF A FLUORESCEIN-FAB COMPLEX CRYSTALLIZED IN 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 提交 1989-04-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–98（98 aa）	未记录	FLU 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å
4ZXB Structure of the human insulin receptor ectodomain, IRDeltabeta construct, in complex with four Fab molecules 提交 2015-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 C 7–106（100 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Crystals were produced by vapour diffusion using 1 microlitre of the complex (2.6 mg/ml) in 10 mM HEPES (pH 7.5), 0.02% sodium azide and 10% D-trehalose solution and 1 microlitres of well solution containing 10% PEG 8000, 0.1 M MES (pH 6.5) and 0.1 M MgAc2.	分辨率 3.30 Å R-free 0.237
6UQC Mouse IgG2a Bispecific Fc 提交 2019-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 119–325（207 aa）链 E 119–325（207 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；295.15 K；21% PEG10000 and 0.1M bicine pH 7.9	分辨率 1.87 Å R-free 0.229
6UQC Mouse IgG2a Bispecific Fc 提交 2019-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 119–325（207 aa）链 F 119–325（207 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；295.15 K；21% PEG10000 and 0.1M bicine pH 7.9	分辨率 1.87 Å R-free 0.229
8AQT Beta SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 (local) 提交 2022-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 97–328（232 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
8AQU BA.1 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 (local) 提交 2022-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 97–328（232 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.22 Å
8AQV BA.2.12.1 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 (local) 提交 2022-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 97–328（232 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.96 Å

共 31 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GCAM_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 124–222； UniProt 1–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1yee
沉积日期 deposition_date	1997-04-15
结构标题 title	STRUCTURE OF A CATALYTIC ANTIBODY, IGG2A FAB FRAGMENT (D2.5)
关键词 keywords	CATALYTIC ANTIBODY, TRANSITION STATE ANALOGUE; CATALYTIC ANTIBODY
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.79 Å
零角强度 I(0) i0	38516800.00
分子量 molecular_weight	48315.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60498 Å³
包络体积 envelope_volume	73465 Å³
水化壳体积 shell_volume	24980 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.0 Å
壳层 Rg shell_rg	31.79 Å
包络 Rg envelope_rg	24.44 Å
形状 Rg shape_rg	24.77 Å
总 Rg total_rg	25.64 Å
总原子数 total_atoms	3402
残基数 n_residues	426
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.8 Å
Rg (实空间) rg_real	25.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8520e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1450e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	38520000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9034
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	29.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.282
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.509
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	8562000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.983

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	IGG2A FAB FRAGMENT (D2.5)
分子量 formula_weight	24065.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	3495

DIVMTQSPLTLSVTIGQPASISCKSSQSLLYSNGKTYLSWLLQRPGQSPKRLIYLVSKLDSGVPDRFTGSGSGTDFTLKISRVEAADLGLYYCVQGTHFPYTFGGGTKLEILRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	IGG2A FAB FRAGMENT (D2.5)
分子量 formula_weight	23964.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVKLQESGAELVRPGASVKLSCKTSGYIFTSYWIHWVKQRAAAGLEWIARIYPGTGSSYYNVKFKGKATLTADKSSSTAYMQLSSLKSDDSAVYFCVRWGFIPVREDYVLDYWGQGTLVTVSSAKTTAPSVYPLAPVCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTKVDKKIEP

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4-NITRO-BENZYLPHOSPHONOBUTANOYL-GLYCINE
分子量 formula_weight	360.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	93

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1yeeh1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1yeeh2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1yeel1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1yeel2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1yeeH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1yeeH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1yeeL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1yeeL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	67.930 Å
晶胞边长 b length_b	76.980 Å
晶胞边长 c length_c	45.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.68 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	7.000 Å
R 因子 r_factor	0.2040
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2600

fit	/app/data/saxs_computation/ye/1yee/1yee.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ye/1yee/1yee.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ye/1yee/1yee.dat

STRUCTURE OF A CATALYTIC ANTIBODY, IGG2A FAB FRAGMENT (D2.5)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IGG2A FAB FRAGMENT (D2.5)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)