← 返回搜索
1yfi

Crystal Structure of restriction endonuclease MspI in complex with its cognate DNA in P212121 space group

Method: X-RAY DIFFRACTION
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type II restriction enzyme MspI

Moraxella sp.

UniProt P11405

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 2 5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*G)-3' × 2 water × 3 与全部聚合物一致
2 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 2 5'-D(*CP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*G)-3' × 2 water × 3 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1sa3 1sa3 1yfi 1yfi

共 4 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 T2M1_MORSP
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262 作者链 B； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1yfi
沉积日期 deposition_date2005-01-02
结构标题 titleCrystal Structure of restriction endonuclease MspI in complex with its cognate DNA in P212121 space group
关键词 keywordsprotein-DNA complex, Hydrolase-DNA COMPLEX; Hydrolase/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1yfi__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1yfi__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1yfi__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）20.64 Å
Rg（电子密度）19.97 Å
总 Rg20.78 Å
原子数2507
残基数282
排除体积43334 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1yfi__assembly_1__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1yfi__assembly_2__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1yfia_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamilyc.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family familyc.52.1.23 — Restriction endonuclease MspI
结构域编号 domain_idd1yfib_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamilyc.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family familyc.52.1.23 — Restriction endonuclease MspI
▶

7. 引用文献 (1)