1ygc

Short Factor VIIa with a small molecule inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 65.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coagulation factor VII

Homo sapiens

UniProt P08709

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 213–466 链 L; UniProt 150–212 片段:heavy chain (residues 213-466) 片段:light chain, del 1-149 from full length (residues 150-212) CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 7 905 (R)-4-[2-(3-AMINO-BENZENESULFONYLAMINO)-1-(3,5-DIETHOXY-2-FLUOROPHENYL)-2-OXO-ETHYLAMINO]-2-HYDROXY-BENZAMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;292 K;ammonium sulfate, glycerol, PEG 400, Calcium ion, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K 分辨率 2.00 Å R-free 0.205
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 213–466 链 L; UniProt 150–212 片段:heavy chain (residues 213-466) 片段:light chain, del 1-149 from full length (residues 150-212) CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 14 905 (R)-4-[2-(3-AMINO-BENZENESULFONYLAMINO)-1-(3,5-DIETHOXY-2-FLUOROPHENYL)-2-OXO-ETHYLAMINO]-2-HYDROXY-BENZAMIDINE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;292 K;ammonium sulfate, glycerol, PEG 400, Calcium ion, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K 分辨率 2.00 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 113 个其他 PDB 条目、122 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FA7_HUMAN
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–254; UniProt 213–466 作者链 L; PDB构建体 1–63; UniProt 150–212

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ygc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ygc
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ygc
沉积日期 deposition_date2005-01-04
结构标题 titleShort Factor VIIa with a small molecule inhibitor
关键词 keywordsinverted oxy-anion hole, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.14
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.84
零角强度 I(0) i023261100.00
分子量 molecular_weight35072.0 kDa
排除体积 excluded_volume43163 ų
包络体积 envelope_volume49207 ų
水化壳体积 shell_volume21387 ų
包络直径 envelope_diameter65.4
壳层 Rg shell_rg25.74
包络 Rg envelope_rg19.19
形状 Rg shape_rg18.79
总 Rg total_rg19.88
总原子数 total_atoms2443
残基数 n_residues284
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.9
Rg (实空间) rg_real20.02
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30
I(0) (实空间) i0_real2.3260e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5400e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.04
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23260000.0000
解质量估计 total_estimate0.8873
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary26.4
偏度 Skewness skewness0.105
峰度 Kurtosis kurtosis-0.494
角度范围 angular_range— – 0.3950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha6193000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.846; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.999

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1ygch_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd1ygcl_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family familyg.3.11.1 — EGF-type module

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1ygcH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1ygcH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1ygcL00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Laminin

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)