1yn3

Crystal Structures of EAP Domains from Staphylococcus aureus Reveal an Unexpected Homology to Bacterial Superantigens

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 151.6 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

truncated cell surface protein map-w

Staphylococcus aureus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 160–254	片段：residues 160-254 突变：V253I	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；PEG 8000, ammonium sulfate, MES, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.35 Å R-free 0.230
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 160–254	片段：residues 160-254 突变：V253I	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；PEG 8000, ammonium sulfate, MES, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.35 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1YN3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8D4O Crystal Structure of the Neutrophil Serine Protease Inhibitor Eap1 from S. aureus 提交 2022-06-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 49–145（97 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate trihydrate, 2.0 M sodium chloride	分辨率 1.45 Å R-free 0.197
8D4O Crystal Structure of the Neutrophil Serine Protease Inhibitor Eap1 from S. aureus 提交 2022-06-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 49–145（97 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate trihydrate, 2.0 M sodium chloride	分辨率 1.45 Å R-free 0.197
8D4O Crystal Structure of the Neutrophil Serine Protease Inhibitor Eap1 from S. aureus 提交 2022-06-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 49–145（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate trihydrate, 2.0 M sodium chloride	分辨率 1.45 Å R-free 0.197
8D4O Crystal Structure of the Neutrophil Serine Protease Inhibitor Eap1 from S. aureus 提交 2022-06-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 49–145（97 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate trihydrate, 2.0 M sodium chloride	分辨率 1.45 Å R-free 0.197
8D4Q Crystal Structure of Neutrophil Elastase Inhibited by Eap1 from S. aureus 提交 2022-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 49–145（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M sodium citrate (pH 5.2), 12% (w/v) PEG-6000	分辨率 2.20 Å R-free 0.217
8D4Q Crystal Structure of Neutrophil Elastase Inhibited by Eap1 from S. aureus 提交 2022-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 49–145（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M sodium citrate (pH 5.2), 12% (w/v) PEG-6000	分辨率 2.20 Å R-free 0.217
8D4S Crystal Structure of Cathepsin G Inhibited by Eap1 from S. aureus 提交 2022-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 49–145（97 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M BisTris (pH 5.5), 0.2M Magnesium Chloride, 25% (w/v) PEG-3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.261
8D4S Crystal Structure of Cathepsin G Inhibited by Eap1 from S. aureus 提交 2022-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 49–145（97 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M BisTris (pH 5.5), 0.2M Magnesium Chloride, 25% (w/v) PEG-3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.261
8D4S Crystal Structure of Cathepsin G Inhibited by Eap1 from S. aureus 提交 2022-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 49–145（97 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M BisTris (pH 5.5), 0.2M Magnesium Chloride, 25% (w/v) PEG-3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.261
8D4S Crystal Structure of Cathepsin G Inhibited by Eap1 from S. aureus 提交 2022-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 49–145（97 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M BisTris (pH 5.5), 0.2M Magnesium Chloride, 25% (w/v) PEG-3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.261
8D4U Crystal Structure of Neutrophil Elastase Inhibited by Eap2 from S. aureus 提交 2022-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 158–254（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES (pH 7.5), 0.2M Lithium Sulfate, 25%(w/v) PEG-3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.230
8D4U Crystal Structure of Neutrophil Elastase Inhibited by Eap2 from S. aureus 提交 2022-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 158–254（97 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES (pH 7.5), 0.2M Lithium Sulfate, 25%(w/v) PEG-3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.230
8D4V Crystal Structure of Cathepsin G Inhibited by Eap2 from S. aureus 提交 2022-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 158–254（97 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M BisTris (pH 6.5), 0.2M Ammonium Sulfate, 25%(w/v) PEG-3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.251
8D4V Crystal Structure of Cathepsin G Inhibited by Eap2 from S. aureus 提交 2022-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 158–254（97 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M BisTris (pH 6.5), 0.2M Ammonium Sulfate, 25%(w/v) PEG-3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.251
8D7I Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase and Cathepsin G by Eap1 from S. aureus 提交 2022-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 49–145（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000	分辨率 3.63 Å R-free 0.217
8D7I Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase and Cathepsin G by Eap1 from S. aureus 提交 2022-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 49–145（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000	分辨率 3.63 Å R-free 0.217
8D7I Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase and Cathepsin G by Eap1 from S. aureus 提交 2022-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 49–145（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000	分辨率 3.63 Å R-free 0.217
8D7I Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase and Cathepsin G by Eap1 from S. aureus 提交 2022-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 49–145（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000	分辨率 3.63 Å R-free 0.217
8D7I Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase and Cathepsin G by Eap1 from S. aureus 提交 2022-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 N 49–145（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000	分辨率 3.63 Å R-free 0.217
8D7I Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase and Cathepsin G by Eap1 from S. aureus 提交 2022-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Q 49–145（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000	分辨率 3.63 Å R-free 0.217
8D7K Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase and Cathepsin G by Eap2 from S. aureus 提交 2022-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 158–254（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；293 K；0.1M Citric acid, 0.15M Lithium Sulfate, 12% PEG-6000	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
8D7K Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase and Cathepsin G by Eap2 from S. aureus 提交 2022-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 158–254（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；293 K；0.1M Citric acid, 0.15M Lithium Sulfate, 12% PEG-6000	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
8D7K Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase and Cathepsin G by Eap2 from S. aureus 提交 2022-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 158–254（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；293 K；0.1M Citric acid, 0.15M Lithium Sulfate, 12% PEG-6000	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
8D7K Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase and Cathepsin G by Eap2 from S. aureus 提交 2022-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 158–254（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；293 K；0.1M Citric acid, 0.15M Lithium Sulfate, 12% PEG-6000	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
9ASS Crystal Structure of Neutrophil Elastase Inhibited by Eap4 from S. aureus 提交 2024-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 372–476（105 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.01 M zinc sulfate heptahydrate 0.1M MES (pH 6.5) 25% (v/v) peg-550MME	分辨率 1.75 Å R-free 0.212
9ASX BIFUNCTIONAL INHIBITION OF NEUTROPHIL ELASTASE AND CATHEPSIN G by Eap3 of S. aureus 提交 2024-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 267–363（97 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium citrate 0.1 M imidazole (pH 6.8) 22% (w/v) peg-2kMME	分辨率 1.96 Å R-free 0.228
9ATK BIFUNCTIONAL INHIBITION OF NEUTROPHIL ELASTASE AND CATHEPSIN G by Eap4 of S. aureus 提交 2024-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 372–476（105 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate (pH 5.5) 12% (w/v) PEG-6K	分辨率 2.11 Å R-free 0.233
9ATK BIFUNCTIONAL INHIBITION OF NEUTROPHIL ELASTASE AND CATHEPSIN G by Eap4 of S. aureus 提交 2024-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 372–476（105 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate (pH 5.5) 12% (w/v) PEG-6K	分辨率 2.11 Å R-free 0.233
9ATK BIFUNCTIONAL INHIBITION OF NEUTROPHIL ELASTASE AND CATHEPSIN G by Eap4 of S. aureus 提交 2024-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 372–476（105 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate (pH 5.5) 12% (w/v) PEG-6K	分辨率 2.11 Å R-free 0.233
9ATK BIFUNCTIONAL INHIBITION OF NEUTROPHIL ELASTASE AND CATHEPSIN G by Eap4 of S. aureus 提交 2024-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 372–476（105 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate (pH 5.5) 12% (w/v) PEG-6K	分辨率 2.11 Å R-free 0.233
9ATU Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase by Eap4 from S. aureus 提交 2024-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 372–476（105 aa）链 E 372–476（105 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0) 17% (w/v) PEG-10K	分辨率 2.05 Å R-free 0.237
9ATU Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase by Eap4 from S. aureus 提交 2024-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 372–476（105 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0) 17% (w/v) PEG-10K	分辨率 2.05 Å R-free 0.237
9ATU Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase by Eap4 from S. aureus 提交 2024-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 372–476（105 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0) 17% (w/v) PEG-10K	分辨率 2.05 Å R-free 0.237
9ATU Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase by Eap4 from S. aureus 提交 2024-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 372–476（105 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0) 17% (w/v) PEG-10K	分辨率 2.05 Å R-free 0.237
9ATU Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase by Eap4 from S. aureus 提交 2024-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 372–476（105 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0) 17% (w/v) PEG-10K	分辨率 2.05 Å R-free 0.237

共 11 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MAP1_STAAM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–98； UniProt 160–254 作者链 B； PDB构建体 4–98； UniProt 160–254

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1yn3
沉积日期 deposition_date	2005-01-23
结构标题 title	Crystal Structures of EAP Domains from Staphylococcus aureus Reveal an Unexpected Homology to Bacterial Superantigens
关键词 keywords	Virulence-factor, Toxin, Extracellular-adherence protein, Staphylococcus, PROTEIN BINDING; TOXIN, PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.88 Å
零角强度 I(0) i0	7022020.00
分子量 molecular_weight	21605.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27201 Å³
包络体积 envelope_volume	46137 Å³
水化壳体积 shell_volume	9380 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.2 Å
壳层 Rg shell_rg	48.61 Å
包络 Rg envelope_rg	37.42 Å
形状 Rg shape_rg	40.89 Å
总 Rg total_rg	41.38 Å
总原子数 total_atoms	1520
残基数 n_residues	196
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	151.6 Å
Rg (实空间) rg_real	41.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.07 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0220e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4740e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7019000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5389
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	4
主峰位置 r_peak_primary	15.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.081
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.709
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	245500.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.000; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.001; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1yn3A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	1yn3B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.116 Å
晶胞边长 b length_b	64.116 Å
晶胞边长 c length_c	141.706 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.350 Å
最低分辨率 resolution_low	29.870 Å
R 因子 r_factor	0.2180
R_work r_work	0.2180
R_free r_free	0.2300

描述 description	truncated cell surface protein map-w
分子量 formula_weight	10810.2 kDa
突变 mutation	V253I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1824

Crystal Structures of EAP Domains from Staphylococcus aureus Reveal an Unexpected Homology to Bacterial Superantigens

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

truncated cell surface protein map-w

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	304

fit	/app/data/saxs_computation/yn/1yn3/1yn3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yn/1yn3/1yn3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yn/1yn3/1yn3.dat