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1ynu

Crystal structure of apple ACC synthase in complex with L-vinylglycine

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 73.0 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase

Malus x domestica

UniProt P37821

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–473 未记录 NI NICKEL (II) ION × 4 K POTASSIUM ION × 2 PY4 2-[O-PHOSPHONOPYRIDOXYL]-AMINO- BUTYRIC ACID × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 4000, Tris, NiCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.25 Å R-free 0.289
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–473 未记录 NI NICKEL (II) ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 PY4 2-[O-PHOSPHONOPYRIDOXYL]-AMINO- BUTYRIC ACID × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 4000, Tris, NiCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.25 Å R-free 0.289

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1YNU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B8G 1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE SYNTHASE 提交 1999-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 3–431（429 aa）
链 B 3–431（429 aa）
未记录 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.37 Å R-free 0.242
1M4N CRYSTAL STRUCTURE OF APPLE ACC SYNTHASE IN COMPLEX WITH [2-(AMINO-OXY)ETHYL](5'-DEOXYADENOSIN-5'-YL)(METHYL)SULFONIUM 提交 2002-07-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–435（435 aa） 片段：RESIDUES 1-435
未记录 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 AAD (2-AMINOOXY-ETHYL)-[5-(6-AMINO-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-TETRAHYDRO-FURAN-2-YLMETHYL]-METHYL-SULFONIUM × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；MPD, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.01 Å R-free 0.232
1M7Y Crystal structure of apple ACC synthase in complex with L-aminoethoxyvinylglycine 提交 2002-07-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–435（435 aa） 片段：RESIDUES 1-435
未记录 PPG (2E,3E)-4-(2-aminoethoxy)-2-[({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)imino]but-3-enoic acid × 2 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；MPD, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.219
3PIU High-resolution structure of native Malus domestica ACC synthase 提交 2010-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–435（435 aa） 片段：MdACS-1, UNP residues 1-435
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PLR (5-HYDROXY-4,6-DIMETHYLPYRIDIN-3-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 293 K；27% MPD (v/v) and 50 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.35 Å R-free 0.171

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1A1C_MALDO
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–473； UniProt 1–473

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ynu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ynu
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ynu
沉积日期 deposition_date2005-01-25
结构标题 titleCrystal structure of apple ACC synthase in complex with L-vinylglycine
关键词 keywordsLyase; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.74 Å
零角强度 I(0) i037213600.00
分子量 molecular_weight47478.0 kDa
排除体积 excluded_volume59549 ų
包络体积 envelope_volume69292 ų
水化壳体积 shell_volume26027 ų
包络直径 envelope_diameter74.1 Å
壳层 Rg shell_rg29.14 Å
包络 Rg envelope_rg22.01 Å
形状 Rg shape_rg21.73 Å
总 Rg total_rg22.64 Å
总原子数 total_atoms3333
残基数 n_residues417
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax73.0 Å
Rg (实空间) rg_real22.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real3.7210e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1990e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal37210000.0000
解质量估计 total_estimate0.6923
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.7 Å
偏度 Skewness skewness0.192
峰度 Kurtosis kurtosis-0.453
角度范围 angular_range— – 0.3500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8658000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.130; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.948
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1ynua_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family familyc.67.1.4 — GABA-aminotransferase-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1ynuA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
结构域编号 domain_id1ynuA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)