1yol

Crystal structure of Src kinase domain in complex with CGP77675

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 95.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 253–535	片段：SRC KINASE DOMAIN 突变：S344N, A369S	S03 1-{4-[4-AMINO-5-(3-METHOXYPHENYL)-7H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL]BENZYL}PIPERIDIN-4-OL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；20% ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.30 Å R-free 0.247
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 253–535	片段：SRC KINASE DOMAIN 突变：S344N, A369S	S03 1-{4-[4-AMINO-5-(3-METHOXYPHENYL)-7H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL]BENZYL}PIPERIDIN-4-OL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；20% ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.30 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1YOL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A07 C-SRC (SH2 DOMAIN) COMPLEXED WITH ACE-MALONYL TYR-GLU-(N,N-DIPENTYL AMINE) 提交 1997-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 143–248（106 aa）片段：SH2 DOMAIN 链 B 143–248（106 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；277 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1 M MES, PH 6.5, 0.05 M CSCL, 30% JEFFAMINE M-600 AT 4 DEGREES C., pH 8.0, temperature 277K	分辨率 2.20 Å
1A08 C-SRC (SH2 DOMAIN) COMPLEXED WITH ACE-DIFLUORO PHOSPHOTYR-GLU-(N,N-DIPENTYL AMINE) 提交 1997-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 143–248（106 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；277 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1 M ACETATE, PH 4.6, 2.1 M AMMONIUM SULFATE AT 4 C., temperature 277K	分辨率 2.20 Å
1A08 C-SRC (SH2 DOMAIN) COMPLEXED WITH ACE-DIFLUORO PHOSPHOTYR-GLU-(N,N-DIPENTYL AMINE) 提交 1997-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 143–248（106 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；277 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1 M ACETATE, PH 4.6, 2.1 M AMMONIUM SULFATE AT 4 C., temperature 277K	分辨率 2.20 Å
1A09 C-src (SH2 domain) complexed with ace-formyl phosphotyr-glu-(n,n-dipentyl amine) 提交 1997-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 143–248（106 aa）片段：SH2 DOMAIN 链 B 143–248（106 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；277 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1 M ACETATE, PH 4.6, 2 M NAFORMATE AT 4 C. THE CRYSTAL WAS SOAKED IN 10% PEG400, 10% GLYCEROL PRIOR TO DATA COLLECTION, temperature 277K	分辨率 2.00 Å
1A09 C-src (SH2 domain) complexed with ace-formyl phosphotyr-glu-(n,n-dipentyl amine) 提交 1997-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 143–248（106 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；277 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1 M ACETATE, PH 4.6, 2 M NAFORMATE AT 4 C. THE CRYSTAL WAS SOAKED IN 10% PEG400, 10% GLYCEROL PRIOR TO DATA COLLECTION, temperature 277K	分辨率 2.00 Å
1A09 C-src (SH2 domain) complexed with ace-formyl phosphotyr-glu-(n,n-dipentyl amine) 提交 1997-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 143–248（106 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；277 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1 M ACETATE, PH 4.6, 2 M NAFORMATE AT 4 C. THE CRYSTAL WAS SOAKED IN 10% PEG400, 10% GLYCEROL PRIOR TO DATA COLLECTION, temperature 277K	分辨率 2.00 Å
1A1A C-SRC (SH2 DOMAIN WITH C188A MUTATION) COMPLEXED WITH ACE-FORMYL PHOSPHOTYR-GLU-(N,N-DIPENTYL AMINE) 提交 1997-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 143–248（106 aa）片段：SH2 DOMAIN 链 B 143–248（106 aa）片段：SH2 DOMAIN	突变：C188S 突变：C188S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；277 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.0 M LI2SO4, 2% PEG8000 AT 4C. THE CRYSTAL WAS SOAKED IN 25% GLYCEROL PRIOR TO DATA COLLECTION., pH 8.0, temperature 277K	分辨率 2.00 Å
1A1B C-SRC (SH2 DOMAIN) COMPLEXED WITH ACE-PHOSPHOTYR-GLU-(N,N-DIPENTYL AMINE) 提交 1997-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 143–248（106 aa）片段：SH2 DOMAIN 链 B 143–248（106 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；277 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2M AMMONIUM SULFATE AT 4 DEGREES C., pH 8.0, temperature 277K	分辨率 2.20 Å
1A1C C-SRC (SH2 DOMAIN) COMPLEXED WITH ACE-PHOSPHOTYR-GLU-(N-ME(-(CH2)3-CYCLOPENTYL)) 提交 1997-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 143–248（106 aa）片段：SH2 DOMAIN 链 B 143–248（106 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；295 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1 M ACETATE, PH 4.6,2M AMMONIUM SULFATE AT 22 C., temperature 295K	分辨率 2.40 Å
1A1E C-SRC (SH2 DOMAIN) COMPLEXED WITH ACE-PHOSPHOTYR-GLU-(3-BUTYLPIPERIDINE) 提交 1997-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 143–248（106 aa）片段：SH2 DOMAIN 链 B 143–248（106 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；295 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2M AMMONIUM SULFATE AT 22 DEGREES C., pH 8.0, temperature 295K	分辨率 2.20 Å
1FMK CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TYROSINE-PROTEIN KINASE C-SRC 提交 1997-01-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 85–535（451 aa）片段：RESIDUES 86-836, CONTAINING SH2, SH3, KINASE 2 DOMAINS AND C-TERMINAL TAIL	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å R-free 0.264
1HCS NMR STRUCTURE OF THE HUMAN SRC SH2 DOMAIN COMPLEX 提交 1994-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 143–248（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1HCT NMR STRUCTURE OF THE HUMAN SRC SH2 DOMAIN COMPLEX 提交 1994-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 143–248（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1KSW Structure of Human c-Src Tyrosine Kinase (Thr338Gly Mutant) in Complex with N6-benzyl ADP 提交 2002-01-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 85–535（451 aa）片段：SH3, SH2 and Kinase domains	突变：T338G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NBS N6-BENZYL ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；12% PEG 4000, 50mM PIPES pH 6.5, 10mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.294
1O41 CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU78300. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	300 2-FORMYL-6-METHOXYPHENYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.70 Å
1O42 CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU81843. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	843 N-ACETYL-N-[1-(1,1'-BIPHENYL-4-YLMETHYL)-2-OXOAZEPAN-3-YL]-O-PHOSPHONOTYROSINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.70 Å
1O43 CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU82129. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	821 [4-((1Z)-2-(ACETYLAMINO)-3-{[1-(1,1'-BIPHENYL-4-YLMETHYL)-2-OXOAZEPAN-3-YL]AMINO}-3-OXOPROP-1-ENYL)-2-FORMYLPHENYL]ACET IC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.50 Å
1O44 Crystal structure of sh2 in complex with ru85052 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	852 2-{4-[2-ACETYLAMINO-2-(1-BIPHENYL-4-YLMETHYL-2-OXO-AZEPAN-3-YLCARBAMOYL)-ETHYL]-2-CARBOXY-PHENYL}-MALONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.70 Å
1O45 CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU84687. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	687 N-ACETYL-N-[1-(1,1'-BIPHENYL-4-YLMETHYL)-2-OXOAZEPAN-3-YL]-3-FORMYL-O-PHOSPHONOTYROSINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.80 Å
1O46 CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU90395. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	903 2-{4-[2-ACETYLAMINO-2-(1-BIPHENYL-4-YLMETHYL-2-OXO-AZEPAN-3-YLCARBAMOYL)-ETHYL]-2-METHOXYCARBONYL-PHENYL}-2-FLUORO-MALONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 2.00 Å
1O47 CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU82209. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	822 N-ACETYL-N-[1-(1,1'-BIPHENYL-4-YLMETHYL)-2-OXOAZEPAN-3-YL]-4-[DIFLUORO(PHOSPHONO)METHYL]PHENYLALANINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.80 Å
1O48 CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU85053. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	853 5-[2-ACETYLAMINO-2-(1-BIPHENYL-4-YLMETHYL-2-OXO-AZEPAN-3-YLCARBAMOYL)-ETHYL]-2-CARBOXYMETHYL-BENZOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.55 Å
1O49 CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU85493. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	493 {4-[2-ACETYLAMINO-2-(1-BIPHENYL-4-YLMETHYL-2-OXO-AZEPAN-3-YLCARBAMOYL)-ETHYL]-2-PHOSPHONO-PHENOXY}-ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.70 Å
1O4A CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU82197. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	197 4-[2-ACETYLAMINO-2-(1-BIPHENYL-4-YLMETHYL-2-OXO-AZEPAN-3-YLCARBAMOYL)-ETHYL]-2-FORMYL-BENZOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.50 Å
1O4B CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU83876. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	876 N-ACETYL-N-[1-(1,1'-BIPHENYL-4-YLMETHYL)-2-OXOAZEPAN-3-YL]-3,4-DIPHOSPHONOPHENYLALANINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.85 Å
1O4C CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH PHOSPHATE. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.80 Å
1O4D CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU78262. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	262 2-FORMYLPHENYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.85 Å
1O4E CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU78299. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	299 2,6-DIFORMYL-4-METHYLPHENYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 2.00 Å
1O4F CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU79073. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	790 1,2,3,4-TETRAHYDROQUINOLIN-8-YL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 2.00 Å
1O4G CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH DPI59. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	I59 HYDROXY(1-NAPHTHYL)METHYLPHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.55 Å
1O4H CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU79072. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	772 2-CYANOQUINOLIN-8-YL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 2.25 Å
1O4I CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH PAS219. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	219 cyclohexylmethyl 2-formylphenyl hydrogen (S)-phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.75 Å
1O4J CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH ISO24. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	IS2 [(4-ETHYLPHENYL)AMINO]CARBONYLPHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.70 Å
1O4K CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH PASBN. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	PSN BENZYL 2-FORMYLPHENYL HYDROGEN PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.57 Å
1O4L CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH FRAGMENT2. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.65 Å
1O4M CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH MALONICACID. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	MLA MALONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.60 Å
1O4N CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH OXALIC ACID. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	OXD OXALIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.60 Å
1O4O CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH PHENYLPHOSPHATE. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	HPS PHENYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.70 Å
1O4P CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU78791. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	791 2-PHENYLMALONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.90 Å
1O4Q CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU79256. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	256 PHENYL(SULFO)ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.70 Å
1O4R CRYSTAL STRUCTURE OF SH2 IN COMPLEX WITH RU78783. 提交 2003-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–251（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	787 (PHENYL-PHOSPHONO-METHYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.50 Å
1SHD PEPTIDE INHIBITORS OF SRC SH3-SH2-PHOSPHOPROTEIN INTERACTIONS 提交 1994-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 143–248（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1Y57 Structure of unphosphorylated c-Src in complex with an inhibitor 提交 2004-12-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 86–536（451 aa）片段：SH3 SH2 and KINASE domains	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 MPZ 4-[(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)METHYL]-N-{3-[(4-PYRIDIN-3-YLPYRIMIDIN-2-YL)AMINO]PHENYL}BENZAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, tris, glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.91 Å R-free 0.213
1YI6 C-term tail segment of human tyrosine kinase (258-533) 提交 2005-01-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 260–535（276 aa）片段：residues 258-533	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 6000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
1YI6 C-term tail segment of human tyrosine kinase (258-533) 提交 2005-01-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 260–535（276 aa）片段：residues 258-533	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 6000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
1YOJ Crystal structure of Src kinase domain 提交 2005-01-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 253–535（283 aa）片段：Src kinase domain	突变：S344N, A369S, Y418W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；20% ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 1.95 Å R-free 0.258
1YOJ Crystal structure of Src kinase domain 提交 2005-01-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 253–535（283 aa）片段：Src kinase domain	突变：S344N, A369S, Y418W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；20% ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 1.95 Å R-free 0.258
1YOM Crystal structure of Src kinase domain in complex with Purvalanol A 提交 2005-01-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 253–535（283 aa）片段：Src kinase domain	突变：S344N, A369S, Y418W	P01 2-({6-[(3-CHLOROPHENYL)AMINO]-9-ISOPROPYL-9H-PURIN-2-YL}AMINO)-3-METHYLBUTAN-1-OL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；20% ethylene glycol , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.90 Å R-free 0.313
1YOM Crystal structure of Src kinase domain in complex with Purvalanol A 提交 2005-01-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 253–535（283 aa）片段：Src kinase domain	突变：S344N, A369S, Y418W	P01 2-({6-[(3-CHLOROPHENYL)AMINO]-9-ISOPROPYL-9H-PURIN-2-YL}AMINO)-3-METHYLBUTAN-1-OL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；20% ethylene glycol , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.90 Å R-free 0.313
2BDF Src kinase in complex with inhibitor AP23451 提交 2005-10-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 257–535（279 aa）片段：kinase domain	未记录	24A {[(4-{[2-(4-AMINOCYCLOHEXYL)-9-ETHYL-9H-PURIN-6-YL]AMINO}PHENYL)(HYDROXY)PHOSPHORYL]METHYL}PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；15% PEG400, 50mM NaCl, 100mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.271
2BDF Src kinase in complex with inhibitor AP23451 提交 2005-10-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 257–535（279 aa）片段：kinase domain	未记录	24A {[(4-{[2-(4-AMINOCYCLOHEXYL)-9-ETHYL-9H-PURIN-6-YL]AMINO}PHENYL)(HYDROXY)PHOSPHORYL]METHYL}PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；15% PEG400, 50mM NaCl, 100mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.271
2BDJ Src kinase in complex with inhibitor AP23464 提交 2005-10-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 257–535（279 aa）片段：kinase domain	未记录	HET 3-[2-(2-CYCLOPENTYL-6-{[4-(DIMETHYLPHOSPHORYL)PHENYL]AMINO}-9H-PURIN-9-YL)ETHYL]PHENOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；20% PEG3350, 200mM NH4NO3, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.277
2H8H Src kinase in complex with a quinazoline inhibitor 提交 2006-06-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–535（535 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	H8H N-(5-CHLORO-1,3-BENZODIOXOL-4-YL)-7-[2-(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)ETHOXY]-5-(TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YLOXY)QUINAZOLIN-4-AMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；288 K；50 mM PIPES pH 6.5, 10 mM DTT, 100 mM sodium chloride and 4 to 9% PEG4000 (w/v), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K	分辨率 2.20 Å R-free 0.272
2SRC CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TYROSINE-PROTEIN KINASE C-SRC, IN COMPLEX WITH AMP-PNP 提交 1998-12-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 85–535（451 aa）片段：RESIDUES 86-836, CONTAINING SH2, SH3, KINASE 2 DOMAINS AND C-TERMINAL TAIL	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.281
3VRO Crystal structure of the tyrosine kinase binding domain of Cbl-c in complex with phospho-Src peptide 提交 2012-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 412–424（13 aa）片段：phospho-Src peptide, residues 412-424	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；10% PEG3350, 0.1M ammonium formate, 0.1M NDSB-201, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.212
3ZMP Src-derived peptide inhibitor complex of PTP1B 提交 2013-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 527–536（10 aa）片段：RESIDUES 527-536	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M MGCL2, 27.14W/V% PEG3350, 0.1M HEPES, PH=7.5	分辨率 2.62 Å R-free 0.271
3ZMP Src-derived peptide inhibitor complex of PTP1B 提交 2013-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 527–536（10 aa）片段：RESIDUES 527-536	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M MGCL2, 27.14W/V% PEG3350, 0.1M HEPES, PH=7.5	分辨率 2.62 Å R-free 0.271
3ZMQ Src-derived mutant peptide inhibitor complex of PTP1B 提交 2013-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 527–536（10 aa）片段：PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE SRC RESIDUES 527-536	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M MGCL2, 0.1M TRIS-HCL, PH=8.5 30% (W/V)POLYETHYLENE GLYCOL 4000	分辨率 3.30 Å R-free 0.304
4F59 Triple mutant Src SH2 domain 提交 2012-05-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–252（109 aa）片段：SH2 domain	突变：T183V/C188A/K206L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；277 K；0.1 M Tris-HCl, 18% PEG6000, 0.2 M lithium chloride, pH 7.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K	分辨率 1.71 Å R-free 0.246
4F5A Triple mutant Src SH2 domain bound to phosphate ion 提交 2012-05-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–252（109 aa）片段：SH2 domain	突变：T183V/C188A/K206L	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；277 K；0.1 M Tris-HCl, 18% PEG6000, 0.2 M lithium chloride, pH 7.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.245
4F5B Triple mutant Src SH2 domain bound to phosphotyrosine 提交 2012-05-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–252（109 aa）片段：SH2 domain	突变：T183V/C188A/K206L	PTR O-PHOSPHOTYROSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；277 K；0.1 M Tris-HCl, 18% PEG6000, 0.2 M lithium chloride, pH 7.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K	分辨率 1.57 Å R-free 0.230
4HXJ Crystal structure of SH3:RGT complex 提交 2012-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 87–144（58 aa）片段：human c-Src SH3 domain, UNP residues 87-144	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；100mM Tris, pH 8.0, 1.3M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.193
4HXJ Crystal structure of SH3:RGT complex 提交 2012-11-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 87–144（58 aa）片段：human c-Src SH3 domain, UNP residues 87-144	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；100mM Tris, pH 8.0, 1.3M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.193
4K11 The structure of 1NA in complex with Src T338G 提交 2013-04-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–534（448 aa）片段：UNP residues 87-534	突变：T338G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	0J9 1-tert-butyl-3-(naphthalen-1-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；50 mM PIPES, pH 6.5, 12% PEG4000, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
4MXO human Src kinase bound to kinase inhibitor bosutinib 提交 2013-09-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 254–536（283 aa）片段：Kinase domain, UNP residues 254-536	未记录	DB8 4-[(2,4-dichloro-5-methoxyphenyl)amino]-6-methoxy-7-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propoxy]quinoline-3-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0-4% PEG 3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.254
4MXO human Src kinase bound to kinase inhibitor bosutinib 提交 2013-09-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 254–536（283 aa）片段：Kinase domain, UNP residues 254-536	未记录	DB8 4-[(2,4-dichloro-5-methoxyphenyl)amino]-6-methoxy-7-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propoxy]quinoline-3-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0-4% PEG 3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.254
4MXX Human Src A403T mutant bound to kinase inhibitor bosutinib 提交 2013-09-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 254–536（283 aa）片段：Kinase domain, UNP residues 254-536	突变：A403T	DB8 4-[(2,4-dichloro-5-methoxyphenyl)amino]-6-methoxy-7-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propoxy]quinoline-3-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0-4% PEG 3350, 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
4MXX Human Src A403T mutant bound to kinase inhibitor bosutinib 提交 2013-09-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 254–536（283 aa）片段：Kinase domain, UNP residues 254-536	突变：A403T	DB8 4-[(2,4-dichloro-5-methoxyphenyl)amino]-6-methoxy-7-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propoxy]quinoline-3-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0-4% PEG 3350, 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
4MXY Src M314L T338M double mutant bound to kinase inhibitor bosutinib 提交 2013-09-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 254–536（283 aa）片段：Kinase domain, UNP residues 254-536	突变：M314L T338M	DB8 4-[(2,4-dichloro-5-methoxyphenyl)amino]-6-methoxy-7-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propoxy]quinoline-3-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0-4% PEG 3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.58 Å R-free 0.266
4MXY Src M314L T338M double mutant bound to kinase inhibitor bosutinib 提交 2013-09-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 254–536（283 aa）片段：Kinase domain, UNP residues 254-536	突变：M314L T338M	DB8 4-[(2,4-dichloro-5-methoxyphenyl)amino]-6-methoxy-7-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propoxy]quinoline-3-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0-4% PEG 3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.58 Å R-free 0.266
4MXZ Src M314L T338M double mutant bound to kinase inhibitor bosutinib 提交 2013-09-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 254–536（283 aa）片段：Kinase domain, UNP residues 254-536	突变：M314L, T338M	DB8 4-[(2,4-dichloro-5-methoxyphenyl)amino]-6-methoxy-7-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propoxy]quinoline-3-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0-4% PEG 3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.58 Å R-free 0.266
4MXZ Src M314L T338M double mutant bound to kinase inhibitor bosutinib 提交 2013-09-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 254–536（283 aa）片段：Kinase domain, UNP residues 254-536	突变：M314L, T338M	DB8 4-[(2,4-dichloro-5-methoxyphenyl)amino]-6-methoxy-7-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propoxy]quinoline-3-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0-4% PEG 3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.58 Å R-free 0.266
6ATE SRC kinase bound to covalent inhibitor 提交 2017-08-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 254–536（283 aa）	未记录	6H3 N-{2-[(5-chloro-2-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]phenyl}propanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES, pH 6.5, 16%-20% PEG 3350, 350 mM - 420mM NaOAc	分辨率 2.40 Å R-free 0.228
6C4S Human cSrc SH3 Domain in complex with Choline Kinase fragment 60-69 提交 2018-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 87–144（58 aa）片段：SH3 domain residues 87-144 链 B 87–144（58 aa）片段：SH3 domain residues 87-144	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M Zinc Acetate 0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.5 10% v/v Isopropanol	分辨率 1.50 Å R-free 0.226
6E6E DGY-06-116, a novel and selective covalent inhibitor of SRC kinase 提交 2018-07-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 261–536（276 aa）	未记录	HVY N-(2-chloro-6-methylphenyl)-2-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}-4-{[2-(propanoylamino)phenyl]amino}pyrimidine-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Magnesium Formate Dihydrate; 15% PEG3350	分辨率 2.15 Å R-free 0.285
6E6E DGY-06-116, a novel and selective covalent inhibitor of SRC kinase 提交 2018-07-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 261–536（276 aa）	未记录	HVY N-(2-chloro-6-methylphenyl)-2-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}-4-{[2-(propanoylamino)phenyl]amino}pyrimidine-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Magnesium Formate Dihydrate; 15% PEG3350	分辨率 2.15 Å R-free 0.285
6E6E DGY-06-116, a novel and selective covalent inhibitor of SRC kinase 提交 2018-07-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 261–536（276 aa）	未记录	HVY N-(2-chloro-6-methylphenyl)-2-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}-4-{[2-(propanoylamino)phenyl]amino}pyrimidine-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Magnesium Formate Dihydrate; 15% PEG3350	分辨率 2.15 Å R-free 0.285
6E6E DGY-06-116, a novel and selective covalent inhibitor of SRC kinase 提交 2018-07-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 261–536（276 aa）	未记录	HVY N-(2-chloro-6-methylphenyl)-2-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}-4-{[2-(propanoylamino)phenyl]amino}pyrimidine-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Magnesium Formate Dihydrate; 15% PEG3350	分辨率 2.15 Å R-free 0.285
6E6E DGY-06-116, a novel and selective covalent inhibitor of SRC kinase 提交 2018-07-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 261–536（276 aa）	未记录	HVY N-(2-chloro-6-methylphenyl)-2-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}-4-{[2-(propanoylamino)phenyl]amino}pyrimidine-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Magnesium Formate Dihydrate; 15% PEG3350	分辨率 2.15 Å R-free 0.285
6E6E DGY-06-116, a novel and selective covalent inhibitor of SRC kinase 提交 2018-07-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 261–536（276 aa）	未记录	HVY N-(2-chloro-6-methylphenyl)-2-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}-4-{[2-(propanoylamino)phenyl]amino}pyrimidine-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Magnesium Formate Dihydrate; 15% PEG3350	分辨率 2.15 Å R-free 0.285
6E6E DGY-06-116, a novel and selective covalent inhibitor of SRC kinase 提交 2018-07-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 261–536（276 aa）	未记录	HVY N-(2-chloro-6-methylphenyl)-2-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}-4-{[2-(propanoylamino)phenyl]amino}pyrimidine-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Magnesium Formate Dihydrate; 15% PEG3350	分辨率 2.15 Å R-free 0.285
6E6E DGY-06-116, a novel and selective covalent inhibitor of SRC kinase 提交 2018-07-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 261–536（276 aa）	未记录	HVY N-(2-chloro-6-methylphenyl)-2-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}-4-{[2-(propanoylamino)phenyl]amino}pyrimidine-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Magnesium Formate Dihydrate; 15% PEG3350	分辨率 2.15 Å R-free 0.285
7NG7 Src kinase bound to eCF506 trapped in inactive conformation 提交 2021-02-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 254–536（283 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 UCW tert-butyl (4-(4-amino-1-(2-(4-(dimethylamino)piperidin-1-yl)ethyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl)-2-methoxyphenyl)carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；6% PEG3350, 300mM Ammonium acetate, 0.1M HEPES pH7.5, 10mM TCEP	分辨率 1.50 Å R-free 0.213
7OTE Src Kinase Domain in complex with ponatinib 提交 2021-06-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 254–536（283 aa）	未记录	0LI 3-(imidazo[1,2-b]pyridazin-3-ylethynyl)-4-methyl-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}benzam ide × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；Tris 20 mM pH 8, 150 mM Sodium chloride, 1 mM DTT, 2-propanol and PEG 4.000	分辨率 2.49 Å R-free 0.252
7OTE Src Kinase Domain in complex with ponatinib 提交 2021-06-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 254–536（283 aa）	未记录	0LI 3-(imidazo[1,2-b]pyridazin-3-ylethynyl)-4-methyl-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}benzam ide × 1 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；Tris 20 mM pH 8, 150 mM Sodium chloride, 1 mM DTT, 2-propanol and PEG 4.000	分辨率 2.49 Å R-free 0.252
7T1U Crystal structure of a superbinder Src SH2 domain (sSrcF) in complex with a high affinity phosphopeptide 提交 2021-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 147–251（105 aa）片段：SH2 domain	突变：Residues 180 to 188 mutated from SETTKGAYC to GQSQPDYV and K206I (numbered as residue 205 in these coordinates)	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；80 uM Zinc Acetate, 12% PEG3350, 100 mM Sodium Acetate (pH 4.0), and 2% 1,3-butanediol	分辨率 2.65 Å R-free 0.270
7T1U Crystal structure of a superbinder Src SH2 domain (sSrcF) in complex with a high affinity phosphopeptide 提交 2021-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 147–251（105 aa）片段：SH2 domain	突变：Residues 180 to 188 mutated from SETTKGAYC to GQSQPDYV and K206I (numbered as residue 205 in these coordinates)	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；80 uM Zinc Acetate, 12% PEG3350, 100 mM Sodium Acetate (pH 4.0), and 2% 1,3-butanediol	分辨率 2.65 Å R-free 0.270
7YQE Structure of human SRC regulatory domains in complex with the C-terminal PRRP motifs of GPR54. 提交 2022-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 85–247（163 aa）	突变：C338S,C340S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1% v/v 1,4 Dioxane, 0.1 M Tris pH 7.5, 12.5% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.50 Å R-free 0.295
7YQE Structure of human SRC regulatory domains in complex with the C-terminal PRRP motifs of GPR54. 提交 2022-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 85–247（163 aa）	突变：C338S,C340S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1% v/v 1,4 Dioxane, 0.1 M Tris pH 7.5, 12.5% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.50 Å R-free 0.295
8HAQ The complex of Src with GW8510 提交 2022-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 266–542（277 aa）	未记录	L1N 4-[(~{E})-(7-oxidanyl-6~{H}-pyrrolo[2,3-g][1,3]benzothiazol-8-yl)methylideneamino]-~{N}-pyridin-2-yl-benzenesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MOPS pH 7.0, 18% PEG 3350, 5% Glycerol, 5 mM TCEP	分辨率 2.27 Å R-free 0.250
8HAQ The complex of Src with GW8510 提交 2022-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 266–542（277 aa）	未记录	L1N 4-[(~{E})-(7-oxidanyl-6~{H}-pyrrolo[2,3-g][1,3]benzothiazol-8-yl)methylideneamino]-~{N}-pyridin-2-yl-benzenesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MOPS pH 7.0, 18% PEG 3350, 5% Glycerol, 5 mM TCEP	分辨率 2.27 Å R-free 0.250
8JF3 C-Src in complex with compound 9 提交 2023-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 254–536（283 aa）链 B 254–536（283 aa）	未记录	C0N 2-[4-[4-[bis(oxidanylidene)-$l^5-sulfanyl]oxyphenyl]carbonylpiperazin-1-yl]-6-[(5-cyclopropyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]-N-prop-2-ynyl-pyrimidine-4-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；300 mM Sodium Acetate, 0.1 M MES pH 7.5, 4% PEG3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.317
8JN8 Crystal structure of c-Src in complex with covalent inhibitor DC-Srci-6668 提交 2023-06-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–536（536 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	JA6 (2R)-N-cyclopentyl-2-[cyclopropyl(ethanoyl)amino]-2-(4-fluorophenyl)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.2M tri-Lithium citrate, 20%(w/v) PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.254
8JN9 Crystal structure of c-Src in complex with covalent inhibitor LW-Srci-8 提交 2023-06-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–536（536 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UJ0 N-[(1R)-1-[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]-2-(cyclopentylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]-N-cyclopropyl-prop-2-enamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.2M tri-Lithium citrate, 20%(w/v) PEG 3350	分辨率 2.72 Å R-free 0.279
8VCF Crystal structure of Superbinder Src SH2 domain with Cysteine to Serine mutations 提交 2023-12-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 161–268（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；290 K；VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP, TEMPERATURE 290K 0.2 M Ammonium Fluoride, 20% PEG 3350	分辨率 1.50 Å R-free 0.177
8VCG Mutant Src SH2 domain in complex with phosphotyrosine 提交 2023-12-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 161–267（107 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	PTR O-PHOSPHOTYROSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K 0.2 M Ammonium Fluoride, 20% PEG 3350	分辨率 1.61 Å R-free 0.176
9IRL Crystal structure analysis of LW-Srci-2o in complex with c-Src. 提交 2024-07-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 86–536（451 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	A1L20 (2~{R})-2-[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]-2-[2-chloranylethanoyl(cyclopropyl)amino]-~{N}-cyclopentyl-ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；PEG 3350, Hepes 7.4	分辨率 2.03 Å R-free 0.243
9NS0 Ground state of Src kinase domain 提交 2025-03-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 251–536（286 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）500；压力 1 NMR样品组成 250 uM [U-15N; U-2H] ILVMAT CH3 FY CEHE Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src, 25 mM potassium chloride, 500 mM sodium chloride, 3 mM BME, 1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 250 uM [U-13C; U-15N; U-2H] Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src, 25 mM potassium chloride, 500 mM sodium chloride, 3 mM BME, 1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9NS1 Intermediate state of Src kinase domain 提交 2025-03-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 251–536（286 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）500；压力 1 NMR样品组成 250 uM [U-13C; U-15N; U-2H] SrcA311I kinase, 25 mM potassium chloride, 500 mM sodium chloride, 3 mM BME, 1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 250 uM [U-15N; U-2H] ILVMAT CH3 FY CEHE SrcA311I kinase, 25 mM potassium chloride, 500 mM sodium chloride, 3 mM BME, 1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9OFX Crystal structure of c-Src SH3 domain in H32 space group mediated by nickel 提交 2025-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 85–143（59 aa）片段：c-Src SH3 domain 链 B 85–143（59 aa）片段：c-Src SH3 domain 链 C 85–143（59 aa）片段：c-Src SH3 domain 链 D 85–143（59 aa）片段：c-Src SH3 domain	未记录	NI NICKEL (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1.7 M Ammonium Sulfate, 5 mM NiCl2, 10% glycerol, 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 1.45 Å R-free 0.196

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	SRC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–283； UniProt 253–535 作者链 B； PDB构建体 1–283； UniProt 253–535

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1yol
沉积日期 deposition_date	2005-01-27
结构标题 title	Crystal structure of Src kinase domain in complex with CGP77675
关键词 keywords	protein tyrosine kinase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.26 Å
零角强度 I(0) i0	55318100.00
分子量 molecular_weight	59095.0 kDa
排除体积 excluded_volume	74430 Å³
包络体积 envelope_volume	92060 Å³
水化壳体积 shell_volume	28950 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.8 Å
壳层 Rg shell_rg	33.52 Å
包络 Rg envelope_rg	27.24 Å
形状 Rg shape_rg	27.27 Å
总 Rg total_rg	27.89 Å
总原子数 total_atoms	4155
残基数 n_residues	509
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.7 Å
Rg (实空间) rg_real	27.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5320e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.4810e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	55320000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8786
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.381
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.300
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16270000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.835; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.947; Smooth: 0.964

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
分子量 formula_weight	32427.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.112
突变 mutation	S344N, A369S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4411

QTQGLAKDAWEIPRESLRLEVKLGQGCFGEVWMGTWNGTTRVAIKTLKPGTMSPEAFLQEAQVMKKLRHEKLVQLYAVVSEEPIYIVTEYMNKGSLLDFLKGETGKYLRLPQLVDMSAQIASGMAYVERMNYVHRDLRAANILVGENLVCKVADFGLARLIEDNEYTARQGAKFPIKWTAPEAALYGRFTIKSDVWSFGILLTELTTKGRVPYPGMVNREVLDQVERGYRMPCPPECPESLHDLMCQCWRKEPEERPTFEYLQAFLEDYFTSTEPQYQPGENL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1-{4-[4-AMINO-5-(3-METHOXYPHENYL)-7H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL]BENZYL}PIPERIDIN-4-OL
分子量 formula_weight	429.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	256

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1yola_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1yolb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1yolA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	1yolA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	1yolB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	1yolB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	41.530 Å
晶胞边长 b length_b	62.950 Å
晶胞边长 c length_c	72.790 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	100.38 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.16 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.99 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1958
R_work r_work	0.1931
R_free r_free	0.2475

fit	/app/data/saxs_computation/yo/1yol/1yol.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yo/1yol/1yol.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yo/1yol/1yol.dat