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1yow

human Steroidogenic Factor 1 LBD with bound Co-factor Peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 57.9 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Steroidogenic factor 1

Homo sapiens

UniProt Q13285

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 222–461 未记录 TIF2 peptide × 1 P0E PHOSPHATIDYL ETHANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；0.1M NaCitrate pH5.6, 0.2M Li2SO4, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 3.00 Å R-free 0.290

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1YOW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1ZDT The Crystal Structure of Human Steroidogenic Factor-1 提交 2005-04-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 221–461（241 aa）
突变：C247S, C412S PEF DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；PEG3350, ammonium sulfate, sucrose, pH 5.5, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 2.10 Å R-free 0.265
1ZDT The Crystal Structure of Human Steroidogenic Factor-1 提交 2005-04-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 221–461（241 aa）
突变：C247S, C412S PEF DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；PEG3350, ammonium sulfate, sucrose, pH 5.5, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 2.10 Å R-free 0.265
1ZDT The Crystal Structure of Human Steroidogenic Factor-1 提交 2005-04-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 221–461（241 aa）
链 B 221–461（241 aa）
突变：C247S, C412S 突变：C247S, C412S PEF DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；PEG3350, ammonium sulfate, sucrose, pH 5.5, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 2.10 Å R-free 0.265
4QJR Crystal structure of human nuclear receptor sf-1 (nr5a1) bound to its hormone pip3 at 2.4 a resolution 提交 2014-06-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 218–461（244 aa） 片段：UNP residues 218-461
突变：C247S, C412S PIZ (2S)-3-{[(R)-{[(1S,2S,3R,4S,5S,6S)-2,6-dihydroxy-3,4,5-tris(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}propane -1,2-diyl dihexadecanoate × 1 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；10% PEG 8K, 0.025M MGOAC, 30% GLYCEROL, 0.067MM PIP3, 0.80MM 14MER EEPSLLKKLLLAPA, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.230
4QK4 Crystal structure of human nuclear receptor sf-1 (nr5a1) bound to pip2 at 2.8 a resolution 提交 2014-06-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 218–461（244 aa） 片段：UNP residues 218-461
突变：C247S, C412S PIK (2S)-3-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-trihydroxy-4,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；SF-1, 6% PEG 8000, 0.2M MGOAC, 20% ETHYLENE GLYCOL, 0.067MM PIP2, 0.80MM 14-MER EEPSLLKKLLLAPA, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K
分辨率 2.81 Å R-free 0.241
7KHT The acyl chains of phosphoinositide PIP3 alter the structure and function of nuclear receptor Steroidogenic Factor-1 (SF-1) 提交 2020-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 218–461（244 aa）
突变：C247S, C412S WES (2S)-3-{[(S)-{[(1S,2S,3R,4S,5S,6S)-2,6-dihydroxy-3,4,5-tris(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl (9E,9'E)di-octadec-9-enoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 3350 and 0.2 M magnesium formate
分辨率 2.50 Å R-free 0.249
8DAF Human SF-1 LBD bound to synthetic agonist 6N-10CA and bacterial phospholipid 提交 2022-06-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 218–461（244 aa）
未记录 IUW 10-[(3aR,6S,6aR)-3-phenyl-3a-(1-phenylethenyl)-6-(sulfamoylamino)-1,3a,4,5,6,6a-hexahydropentalen-2-yl]decanoic acid (non-preferred name) × 1 PEF DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277.15 K；Na acetate (pH 4.6), glycerol, PEG 4000
分辨率 2.59 Å R-free 0.281
8DAF Human SF-1 LBD bound to synthetic agonist 6N-10CA and bacterial phospholipid 提交 2022-06-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 218–461（244 aa）
未记录 IUW 10-[(3aR,6S,6aR)-3-phenyl-3a-(1-phenylethenyl)-6-(sulfamoylamino)-1,3a,4,5,6,6a-hexahydropentalen-2-yl]decanoic acid (non-preferred name) × 1 PEF DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277.15 K；Na acetate (pH 4.6), glycerol, PEG 4000
分辨率 2.59 Å R-free 0.281

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STF1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–242； UniProt 222–461

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1yow

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1yow
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1yow
沉积日期 deposition_date2005-01-28
结构标题 titlehuman Steroidogenic Factor 1 LBD with bound Co-factor Peptide
关键词 keywordsSteroidogenic factor 1, SF1, phospholipid, phosphatidyl ethanolamine, phosphatidyl glycerol, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.79 Å
零角强度 I(0) i012039600.00
分子量 molecular_weight27108.0 kDa
排除体积 excluded_volume34493 ų
包络体积 envelope_volume39767 ų
水化壳体积 shell_volume18610 ų
包络直径 envelope_diameter57.2 Å
壳层 Rg shell_rg24.02 Å
包络 Rg envelope_rg17.93 Å
形状 Rg shape_rg17.79 Å
总 Rg total_rg18.76 Å
总原子数 total_atoms1902
残基数 n_residues241
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax57.9 Å
Rg (实空间) rg_real19.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2040e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2820e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal12040000.0000
解质量估计 total_estimate0.9038
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.8 Å
偏度 Skewness skewness0.112
峰度 Kurtosis kurtosis-0.434
角度范围 angular_range— – 0.4150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2291000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.923; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.992
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1yowA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)