1yqk

Human 8-oxoguanine glycosylase crosslinked with guanine containing DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 71.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N-glycosylase/DNA lyase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 12–327	片段：8-oxoguanine DNA glycosylase 突变：N149C	5'-D(GPGPTPAPGPAPCPCPTPGPG)-3' × 1 5'-D(PCPAPGPGPTPCPTPAPC)-3' × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.270

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1YQK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EBM CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN 8-OXOGUANINE GLYCOSYLASE (HOGG1) BOUND TO A SUBSTRATE OLIGONUCLEOTIDE 提交 2000-01-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–325（314 aa）片段：CORE FRAGMENT (RESIDUES 12 TO 325)	突变：K249Q	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 8000, sodium cacodylate, calcium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.263
1FN7 COUPLING OF DAMAGE RECOGNITION AND CATALYSIS BY A HUMAN BASE-EXCISION DNA REPAIR PROTEIN 提交 2000-08-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–325（314 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；100 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM calcium acetate, 16-18% PEG, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.270
1HU0 CRYSTAL STRUCTURE OF AN HOGG1-DNA BOROHYDRIDE TRAPPED INTERMEDIATE COMPLEX 提交 2001-01-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–327（316 aa）片段：CORE FRAGMENT (RESIDUES 12 TO 327)	未记录	CA CALCIUM ION × 1 OXG 8-OXOGUANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 8000, calcium acetate, sodium cacodylate, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.35 Å R-free 0.245
1KO9 Native Structure of the Human 8-oxoguanine DNA Glycosylase hOGG1 提交 2001-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–345（345 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 4.6；277 K；PEG 4000, Ammonium Sulphate, Sodium citrate, pH 4.6, Microbatch, temperature 277K	分辨率 2.15 Å R-free 0.252
1LWV Borohydride-trapped hOgg1 Intermediate Structure Co-Crystallized with 8-aminoguanine 提交 2002-06-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–327（316 aa）片段：CORE FRAGMENT (RESIDUES 12-327)	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ANG 8-AMINOGUANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；277 K；sodium cacodylate, calcium acetate, PEG 8000, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.269
1LWW Borohydride-trapped hOgg1 Intermediate Structure Co-Crystallized with 8-bromoguanine 提交 2002-06-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–327（316 aa）片段：CORE FRAGMENT (RESIDUES 12 TO 327)	未记录	CA CALCIUM ION × 1 BRG 8-BROMOGUANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；277 K；sodium cacodylate, calcium acetate, PEG 8000, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.257
1LWY hOgg1 Borohydride-Trapped Intermediate without 8-oxoguanine 提交 2002-06-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–327（316 aa）片段：CORE FRAGMENT (RESIDUES 12 TO 327)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；277 K；sodium cacodylate, calcium acetate, PEG 8000, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.01 Å R-free 0.258
1M3H Crystal Structure of Hogg1 D268E Mutant with Product Oligonucleotide 提交 2002-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 12–325（314 aa）片段：core fragment (residues 12-325)	突变：D268E	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 8000, cacodylate, Calcium Acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.05 Å R-free 0.282
1M3Q Crystal Structure of hogg1 D268E Mutant with Base-Excised DNA and 8-aminoguanine 提交 2002-06-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–325（314 aa）片段：core fragment (residues 12-325)	突变：d268e	CA CALCIUM ION × 1 ANG 8-AMINOGUANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 8000, calcium acetate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.268
1N39 Structural and biochemical exploration of a critical amino acid in human 8-oxoguanine glycosylase 提交 2002-10-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–325（314 aa）	突变：D268E	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16-18% PEG 8000, 200mM Ca(OAC)2, 100mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.273
1N3A Structural and biochemical exploration of a critical amino acid in human 8-oxoguanine glycosylase 提交 2002-10-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–325（314 aa）	突变：D268Q	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；cacodylate, calcium acetate, 16-18% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.262
1N3C Structural and biochemical exploration of a critical amino acid in human 8-oxoguanine glycosylase 提交 2002-10-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–325（314 aa）片段：3.2.2.-, 4.2.99.18	突变：D268N	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；sodium cacodylate, calcium acetate, PEG 8000 (16-18%), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.273
1YQL Catalytically inactive hOGG1 crosslinked with 7-deaza-8-azaguanine containing DNA 提交 2005-02-02	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–327（316 aa）片段：8-oxoguanine DNA glycosylase	突变：N149C,K249Q	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
1YQM Catalytically inactive human 8-oxoguanine glycosylase crosslinked to 7-deazaguanine containing DNA 提交 2005-02-02	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–327（316 aa）片段：8-oxoguanine DNA glycosylase	突变：N149C,K249Q	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
1YQR Catalytically inactive human 8-oxoguanine glycosylase crosslinked to oxoG containing DNA 提交 2005-02-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–327（316 aa）片段：8-OXOGUANINE DNA GLYCOSYLASE	突变：N149C,K249Q	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.43 Å R-free 0.251
2I5W Structure of hOGG1 crosslinked to DNA sampling a normal G adjacent to an oxoG 提交 2006-08-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–323（312 aa）片段：8-oxoguanine DNA glycosylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase, AP lyase	突变：N149C	CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；16-18% PEG 8000, 150 mM CaCl2, 100 mM sod. cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
2NOB Structure of catalytically inactive H270A human 8-oxoguanine glycosylase crosslinked to 8-oxoguanine DNA 提交 2006-10-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–327（316 aa）片段：8-oxoguanine DNA glycosylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase	突变：N149C,K249Q,H270A	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 8000, Ca(OAc)2, Na cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.258
2NOE Structure of catalytically inactive G42A human 8-oxoguanine glycosylase complexed to 8-oxoguanine DNA 提交 2006-10-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–327（316 aa）片段：8-oxoguanine DNA glycosylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase	突变：G42A,K249Q	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 8000, Ca(OAc)2, Na cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.269
2NOF Structure of Q315F human 8-oxoguanine glycosylase proximal crosslink to 8-oxoguanine DNA 提交 2006-10-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–327（316 aa）片段：8-oxoguanine DNA glycosylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase	突变：N149C,Q315F	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 8000, CaCl2, Na cacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.35 Å R-free 0.270
2NOH Structure of catalytically inactive Q315A human 8-oxoguanine glycosylase complexed to 8-oxoguanine DNA 提交 2006-10-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–327（316 aa）片段：8-oxoguanine DNA glycosylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase	突变：K249Q,Q315A	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 8000, Ca(OAc)2, Na cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.01 Å R-free 0.242
2NOI Structure of G42A human 8-oxoguanine glycosylase crosslinked to undamaged G-containing DNA 提交 2006-10-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–327（316 aa）片段：8-oxoguanine DNA glycosylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase	突变：G42A,N149C,K249Q	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 8000, CaCl2, Na cacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.35 Å R-free 0.259
2NOL Structure of catalytically inactive human 8-oxoguanine glycosylase distal crosslink to oxoG DNA 提交 2006-10-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–327（316 aa）片段：8-oxoguanine DNA glycosylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase	突变：K249Q,S292C	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 8000, CaCl2, Na cacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.57 Å R-free 0.250
2NOZ Structure of Q315F human 8-oxoguanine glycosylase distal crosslink to 8-oxoguanine DNA 提交 2006-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–327（316 aa）片段：8-oxoguanine DNA glycosylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase	突变：S292C,Q315F	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 8000, CaCl2, Na cacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.43 Å R-free 0.275
2XHI Separation-of-function mutants unravel the dual reaction mode of human 8-oxoguanine DNA glycosylase 提交 2010-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–345（345 aa）	突变：YES	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.55 Å R-free 0.265
3IH7 Crystal structure of catalytically active human 8-oxoguanine glycosylase distally crosslinked to guanine-containing DNA 提交 2009-07-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–325（314 aa）片段：UNP residues 12-325	突变：S292C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；63 mM Magnesium acetate, 12.6% PEG 8000, 90 mM Sodium cacodylate, 10 mM Sodium acetate pH 4.6, 60 mM Sodium fluoride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.267
3KTU Structure of human 8-oxoGuanine Glycosylase 1 bound to fluorninated oxoG-containing DNA 提交 2009-11-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–325（314 aa）片段：sequence database residues 12-325	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；277 K；Calcium Chloride, Sodium Cacodylate, pH 6.0, PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.257
5AN4 Crystal structure of the human 8-oxoguanine glycosylase (OGG1) processed with the CrystalDirect automated mounting and cryo-cooling technology 提交 2015-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 12–323（312 aa）片段：UNP RESIDUES 12-323	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M SODIUM CITRATE, PH=5.5, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 24 % PEG 3350	分辨率 1.60 Å R-free 0.214
6RLW Structure of the human 8-oxoguanine DNA Glycosylase hOGG1 in complex with inhibitor TH5487 提交 2019-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 11–327（317 aa）	未记录	K8Q 4-(4-bromanyl-2-oxidanylidene-3~{H}-benzimidazol-1-yl)-~{N}-(4-iodophenyl)piperidine-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.12 M Alcohols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5, 48 % v/v Precipitant Mix from 4 Morpheus screen (Molecular Dimensions)	分辨率 2.00 Å R-free 0.274
6RLW Structure of the human 8-oxoguanine DNA Glycosylase hOGG1 in complex with inhibitor TH5487 提交 2019-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 BBB 11–327（317 aa）	未记录	K8Q 4-(4-bromanyl-2-oxidanylidene-3~{H}-benzimidazol-1-yl)-~{N}-(4-iodophenyl)piperidine-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.12 M Alcohols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5, 48 % v/v Precipitant Mix from 4 Morpheus screen (Molecular Dimensions)	分辨率 2.00 Å R-free 0.274
6RLW Structure of the human 8-oxoguanine DNA Glycosylase hOGG1 in complex with inhibitor TH5487 提交 2019-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 CCC 11–327（317 aa）	未记录	K8Q 4-(4-bromanyl-2-oxidanylidene-3~{H}-benzimidazol-1-yl)-~{N}-(4-iodophenyl)piperidine-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.12 M Alcohols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5, 48 % v/v Precipitant Mix from 4 Morpheus screen (Molecular Dimensions)	分辨率 2.00 Å R-free 0.274
6RLW Structure of the human 8-oxoguanine DNA Glycosylase hOGG1 in complex with inhibitor TH5487 提交 2019-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 DDD 11–327（317 aa）	未记录	K8Q 4-(4-bromanyl-2-oxidanylidene-3~{H}-benzimidazol-1-yl)-~{N}-(4-iodophenyl)piperidine-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.12 M Alcohols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5, 48 % v/v Precipitant Mix from 4 Morpheus screen (Molecular Dimensions)	分辨率 2.00 Å R-free 0.274
6RLW Structure of the human 8-oxoguanine DNA Glycosylase hOGG1 in complex with inhibitor TH5487 提交 2019-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 EEE 11–327（317 aa）	未记录	K8Q 4-(4-bromanyl-2-oxidanylidene-3~{H}-benzimidazol-1-yl)-~{N}-(4-iodophenyl)piperidine-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.12 M Alcohols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5, 48 % v/v Precipitant Mix from 4 Morpheus screen (Molecular Dimensions)	分辨率 2.00 Å R-free 0.274
6W0M Human 8-oxoguanine glycosylase crosslinked with oxoG lesion containing DNA 提交 2020-03-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–325（314 aa）	突变：E122Q, Y207C, K249Q	MG MAGNESIUM ION × 2 S5Y 2-(2-ethoxyethoxy)ethanethiol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 200 mM MgCl2, and 18 % polyethylene glycol 8000.	分辨率 2.37 Å R-free 0.266
6W0R Human 8-oxoguanine glycosylase interrogating fully intrahelical undamaged DNA 提交 2020-03-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–323（312 aa）	突变：E122Q, Y207C	NA SODIUM ION × 1 NO3 NITRATE ION × 3 S5Y 2-(2-ethoxyethoxy)ethanethiol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200 mM NH4NO3, and 20 % polyethylene glycol 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.249
6W13 Human 8-oxoguanine glycosylase interrogating fully intrahelical oxoG lesion DNA 提交 2020-03-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–325（314 aa）	突变：E122Q, Y207C, C253W	MG MAGNESIUM ION × 4 ACT ACETATE ION × 2 S5Y 2-(2-ethoxyethoxy)ethanethiol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium cacodylate, pH 6.1, 200 mM MgOAc, and 17 % polyethylene glycol 8000	分辨率 2.38 Å R-free 0.271
7AYY Structure of the human 8-oxoguanine DNA Glycosylase hOGG1 in complex with activator TH10785 提交 2020-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 11–327（317 aa）	未记录	SEQ ~{N}-cyclohexyl-2-cyclopropyl-quinazolin-4-amine × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.12 M Alcohols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5 and 48 % v/v Precipitant Mix 4 (Morpheus screen, Molecular Dimensions)	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
7AYY Structure of the human 8-oxoguanine DNA Glycosylase hOGG1 in complex with activator TH10785 提交 2020-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 BBB 11–327（317 aa）	未记录	SEQ ~{N}-cyclohexyl-2-cyclopropyl-quinazolin-4-amine × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.12 M Alcohols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5 and 48 % v/v Precipitant Mix 4 (Morpheus screen, Molecular Dimensions)	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
7AYY Structure of the human 8-oxoguanine DNA Glycosylase hOGG1 in complex with activator TH10785 提交 2020-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 CCC 11–327（317 aa）	未记录	SEQ ~{N}-cyclohexyl-2-cyclopropyl-quinazolin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.12 M Alcohols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5 and 48 % v/v Precipitant Mix 4 (Morpheus screen, Molecular Dimensions)	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
7AYY Structure of the human 8-oxoguanine DNA Glycosylase hOGG1 in complex with activator TH10785 提交 2020-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 DDD 11–327（317 aa）	未记录	SEQ ~{N}-cyclohexyl-2-cyclopropyl-quinazolin-4-amine × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.12 M Alcohols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5 and 48 % v/v Precipitant Mix 4 (Morpheus screen, Molecular Dimensions)	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
7AYY Structure of the human 8-oxoguanine DNA Glycosylase hOGG1 in complex with activator TH10785 提交 2020-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 EEE 11–327（317 aa）	未记录	SEQ ~{N}-cyclohexyl-2-cyclopropyl-quinazolin-4-amine × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.12 M Alcohols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5 and 48 % v/v Precipitant Mix 4 (Morpheus screen, Molecular Dimensions)	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
8VWT OGG1 bound to a nucleosome containing 8oxoG at SHL-6 (composite map) 提交 2024-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 K 1–345（345 aa）	突变：Q249K	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1；50 mM HEPES (pH-7.1), 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, and 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8VWV OGG1 bound to a nucleosome containing 8oxoG at SHL4 (composite map) 提交 2024-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 K 1–345（345 aa）	突变：Q249K	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1；50 mM HEPES (pH-7.1), 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, and 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8VX4 Human OGG1 bound to a 35-bp DNA with an 8-oxoG in the middle 提交 2024-02-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 2–345（344 aa）	突变：K249Q	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8VX6 Human OGG1 bound at the nucleosomal DNA entry site 提交 2024-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 2–345（344 aa）	突变：K249Q	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8XWC Crystal structure of human 8-oxoguanine glycosylase K249H mutant bound to the substrate 8-oxoguanine DNA at pH 8.0 under 277 K 提交 2024-01-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 12–345（334 aa）	突变：K249H	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；Sodium cacodylate, MgCl2, PEG 4000, glycerol	分辨率 1.45 Å R-free 0.179
8XWU Crystal structure of human 8-oxoguanine glycosylase K249H mutant bound to the reaction intermediate derived from the crystal soaked into the solution at pH 4.0 under 277 K for 24 hourss 提交 2024-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 12–345（334 aa）	未记录	A1LXK [(2~{R},3~{S},5~{S})-5-[2-azanyl-6,8-bis(oxidanylidene)-1,7-dihydropurin-9-yl]-2,3,5-tris(oxidanyl)pentyl] dihydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；sodium cacodylate, PEG 4000, MgCl2	分辨率 1.68 Å R-free 0.213
8XXG Crystal structure of human 8-oxoguanine glycosylase K249H mutant bound to the reaction intermediate derived from the crystal soaked into the solution at pH 4.0 under 277 K for 2.5 hours 提交 2024-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 12–345（334 aa）	突变：K249H	A1LXK [(2~{R},3~{S},5~{S})-5-[2-azanyl-6,8-bis(oxidanylidene)-1,7-dihydropurin-9-yl]-2,3,5-tris(oxidanyl)pentyl] dihydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；PEG 4000, MgCl2, Sodium cacodylate, glycerol	分辨率 1.82 Å R-free 0.194
8XXK Crystal structure of human 8-oxoguanine glycosylase K249H mutant bound to the reaction intermediate derived from the crystal soaked into the solution at pH 4.0 under 298 K for 3 weeks 提交 2024-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 12–345（334 aa）	未记录	A1LXK [(2~{R},3~{S},5~{S})-5-[2-azanyl-6,8-bis(oxidanylidene)-1,7-dihydropurin-9-yl]-2,3,5-tris(oxidanyl)pentyl] dihydrogen phosphate × 1 GOL GLYCEROL × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；MgCl2, PEG 4000, Sodium Cacodylate, glycerol	分辨率 1.70 Å R-free 0.213
9EOZ Human OGG1 bound to a nucleosome core particle with 8-oxodGuo lesion at SHL6.0 提交 2024-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 A 2–345（344 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9KKY Co-crystal structure of human 8-oxoguanine glycosylase N149C mutant with DNA containing photocaged 8-oxoguanine 提交 2024-11-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 11–327（317 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；PEG 6000, calcium chloride, sodium cacodylate	分辨率 2.81 Å R-free 0.262
9KL8 Co-crystal structure of human 8-oxoguanine glycosylase N149C mutant with DNA containing photocaged 8-oxoguanine after deprotection 提交 2024-11-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 11–327（317 aa）	突变：N149C	CA CALCIUM ION × 9 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；PEG 6000, calcium chloride, sodium cacodylate	分辨率 2.48 Å R-free 0.251
9NZ8 Crystal structure of human OGG1 in a DNA-free state 提交 2025-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 12–327（316 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；288 K；100 mM sodium citrate, pH 5.0, 22% PEG6000, 5% ammonium sulfate (saturated)	分辨率 1.85 Å R-free 0.199
9NZ9 Crystal structure of product-bound human OGG1(WT) 提交 2025-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 12–327（316 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；288 K；50 mM MES, pH 6.0, 16-23% PEG6000, cryoprotectant: 25% ethylene glycol	分辨率 2.00 Å R-free 0.242
9NZA Crystal structure of human OGG1 (WT) in a product bound state in the presence of the agonist F01 提交 2025-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 12–327（316 aa）	未记录	OXG 8-OXOGUANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；50 mM MES, pH 6.0, 16-23% PEG6000, 4.5 mM F01, cryoprotectant: 25% ethylene glycol	分辨率 2.50 Å R-free 0.246

共 46 个其他 PDB 条目、54 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OGG1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–319； UniProt 12–327

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1yqk
沉积日期 deposition_date	2005-02-01
结构标题 title	Human 8-oxoguanine glycosylase crosslinked with guanine containing DNA
关键词 keywords	Disulfide crosslink, DNA glycosylase, undamaged DNA, HYDROLASE-DNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.85 Å
零角强度 I(0) i0	33101100.00
分子量 molecular_weight	40470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	48915 Å³
包络体积 envelope_volume	58664 Å³
水化壳体积 shell_volume	23362 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.3 Å
壳层 Rg shell_rg	27.76 Å
包络 Rg envelope_rg	21.06 Å
形状 Rg shape_rg	20.85 Å
总 Rg total_rg	21.67 Å
总原子数 total_atoms	2831
残基数 n_residues	332
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.8 Å
Rg (实空间) rg_real	21.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8020e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	33100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8933
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.253
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.308
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	5515000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(GPGPTPAPGPAPCPCPTPGP*G)-3'
分子量 formula_weight	3414.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	2883

GGTAGACCTGG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(PCPAPGPGPTPCPTPAP*C)-3'
分子量 formula_weight	2715.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CAGGTCTAC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	N-glycosylase/DNA lyase
分子量 formula_weight	35971.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.-
突变 mutation	N149C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

SEFGHRTLASTPALWASIPCPRSELRLDLVLPSGQSFRWREQSPAHWSGVLADQVWTLTQTEEQLHCTVYRGDKSQASRPTPDELEAVRKYFQLDVTLAQLYHHWGSVDSHFQEVAQKFQGVRLLRQDPIECLFSFICSSCNNIARITGMVERLCQAFGPRLIQLDDVTYHGFPSLQALAGPEVEAHLRKLGLGYRARYVSASARAILEEQGGLAWLQQLRESSYEEAHKALCILPGVGTKVADCICLMALDKPQAVPVDVHMWHIAQRDYSWHPTTSQAKGPSPQTNKELGNFFRSLWGPYAGWAQAVLFSADLRQSR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	52

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1yqka1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.96 — DNA-glycosylase
超家族 Superfamily superfamily	a.96.1 — DNA-glycosylase
家族 Family family	a.96.1.3 — DNA repair glycosylase, 2 C-terminal domains

结构域编号 domain_id	d1yqka2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.1 — TATA-box binding protein-like
家族 Family family	d.129.1.2 — DNA repair glycosylase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1yqka3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1yqkA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	1yqkA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1670 — Endonuclease Iii, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal)

结构域编号 domain_id	1yqkA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	340 — Endonuclease III; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Hypothetical protein; domain 2

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	92.358 Å
晶胞边长 b length_b	92.358 Å
晶胞边长 c length_c	211.312 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	29.060 Å
R 因子 r_factor	0.2350
R_work r_work	0.2350
R_free r_free	0.2700

fit	/app/data/saxs_computation/yq/1yqk/1yqk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yq/1yqk/1yqk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yq/1yqk/1yqk.dat

Human 8-oxoguanine glycosylase crosslinked with guanine containing DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N-glycosylase/DNA lyase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)