1yqw

Structure of the Oxidized Unready Form of Ni-Fe Hydrogenase

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit × 1 （P18188） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 GLYCEROL × 7 NICKEL (II) ION × 1 FE (II) ION × 1 BICARBONATE ION × 1 MAGNESIUM ION × 2 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 PEROXIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit × 1 （P18188） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 GLYCEROL × 7 NICKEL (II) ION × 1 FE (II) ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 PEROXIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit × 1 （P18188） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 GLYCEROL × 3 NICKEL (II) ION × 1 FE (II) ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 PEROXIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHNS_DESFR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–264； UniProt 51–314 作者链 B； PDB构建体 1–264； UniProt 51–314 作者链 C； PDB构建体 1–264； UniProt 51–314

Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit

物种未注明

UniProt P18188

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit × 1 （P18187） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 GLYCEROL × 7 NICKEL (II) ION × 1 FE (II) ION × 1 BICARBONATE ION × 1 MAGNESIUM ION × 2 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 PEROXIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit × 1 （P18187） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 GLYCEROL × 7 NICKEL (II) ION × 1 FE (II) ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 PEROXIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit × 1 （P18187） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 GLYCEROL × 3 NICKEL (II) ION × 1 FE (II) ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 PEROXIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHNL_DESFR
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 1–549； UniProt 1–549 作者链 R； PDB构建体 1–549； UniProt 1–549 作者链 S； PDB构建体 1–549； UniProt 1–549

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1yqw
沉积日期 deposition_date	2005-02-02
结构标题 title	Structure of the Oxidized Unready Form of Ni-Fe Hydrogenase
关键词 keywords	NI-FE HYDROGENASE UNREADY STATE, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1yqw__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1yqw__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1yqw__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.54 Å
Rg（电子密度）	24.63 Å
总 Rg	25.46 Å
原子数	6216
残基数	807
排除体积	111050 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1yqw__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1yqw__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1yqw__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit
分子量 formula_weight	28347.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.12.2.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	20497

LTAKHRPSVVWLHNAECTGCTEAAIRTIKPYIDALILDTISLDYQETIMAAAGEAAEAALHQALEGKDGYYLVVEGGLPTIDGGQWGMVAGHPMIETTKKAAAKAKGIICIGTCSAYGGVQKAKPNPSQAKGVSEALGVKTINIPGCPPNPINFVGAVVHVLTKGIPDLDENGRPKLFYGELVHDNCPRLPHFEASEFAPSFDSEEAKKGFCLYELGCKGPVTYNNCPKVLFNQVNWPVQAGHPCLGCSEPDFWDTMTPFYEQG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
分子量 formula_weight	59713.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.12.2.1
突变 mutation	S499A
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,R,S

MAESKPTPQSTFTGPIVVDPITRIEGHLRIMVEVENGKVKDAWSSSQLFRGLEIILKGRDPRDAQHFTQRACGVCTYVHALASSRCVDDAVKVSIPANARMMRNLVMASQYLHDHLVHFYHLHALDWVDVTAALKADPNKAAKLAASIAPARPGNSAKALKAVQDKLKAFVESGQLGIFTNAYFLGGHKAYYLPPEVNLIATAHYLEALHMQVKAASAMAILGGKNPHTQFTVVGGCSNYQGLTKDPLANYLALSKEVCQFVNECYIPDLLAVAGFYKDWGGIGGTSNYLAFGEFATDDSSPSKHLATSQFPSGVITGRDLGKVDNVDLGAIYEDVKYSWYAPGGDGKHPYDGVTDPKYTKLDDKDHYSWMKAPRYKGKAMEVGPLARTFIAYAKGQPDFKKVVDMVLGKLSVPATALHSTLGRTAARGIETAIVCANMEKWIKEMADSGAKDNTLCAKWEMPEESKGVGLADAPRGALSHWIRIKGKKIDNFQLVVPATWNLGPRGAQGDKSPVEEALIGTPIADPKRPVEILRTVHAFDPCIACGVH

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	BICARBONATE ION
分子量 formula_weight	61.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON
分子量 formula_weight	135.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	PEROXIDE ION
分子量 formula_weight	32.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 12 Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1848

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1yqwa_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.19 — HydA/Nqo6-like
超家族 Superfamily superfamily	e.19.1 — HydA/Nqo6-like
家族 Family family	e.19.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, small subunit

结构域编号 domain_id	d1yqwb_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.19 — HydA/Nqo6-like
超家族 Superfamily superfamily	e.19.1 — HydA/Nqo6-like
家族 Family family	e.19.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, small subunit

结构域编号 domain_id	d1yqwc_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.19 — HydA/Nqo6-like
超家族 Superfamily superfamily	e.19.1 — HydA/Nqo6-like
家族 Family family	e.19.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, small subunit

结构域编号 domain_id	d1yqwq_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.18 — HydB/Nqo4-like
超家族 Superfamily superfamily	e.18.1 — HydB/Nqo4-like
家族 Family family	e.18.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, large subunit

结构域编号 domain_id	d1yqwr_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.18 — HydB/Nqo4-like
超家族 Superfamily superfamily	e.18.1 — HydB/Nqo4-like
家族 Family family	e.18.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, large subunit

结构域编号 domain_id	d1yqws_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.18 — HydB/Nqo4-like
超家族 Superfamily superfamily	e.18.1 — HydB/Nqo4-like
家族 Family family	e.18.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, large subunit

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	1yqwA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	700 — NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit

结构域编号 domain_id	1yqwA02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	480 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1yqwB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	700 — NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit

结构域编号 domain_id	1yqwB02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	480 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1yqwC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	700 — NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit

结构域编号 domain_id	1yqwC02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	480 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1yqwQ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	645 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B

结构域编号 domain_id	1yqwR00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	645 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B

结构域编号 domain_id	1yqwS00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	645 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B

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晶胞边长 a length_a	64.410 Å
晶胞边长 b length_b	99.700 Å
晶胞边长 c length_c	182.830 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.42 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.830 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1482
R_work r_work	0.1463
R_free r_free	0.1847

Structure of the Oxidized Unready Form of Ni-Fe Hydrogenase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1yqw__assembly_2__model_1

1yqw__assembly_2__model_1 | I(q)

1yqw__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (3)

Structure of the Oxidized Unready Form of Ni-Fe Hydrogenase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1yqw__assembly_2__model_1

1yqw__assembly_2__model_1 | I(q)

1yqw__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (3)