prolyl oligopeptidase
Novosphingobium capsulatum
当前结构中的状态
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 | 单体 | 蛋白 1 | GLYCEROL × 2 water × 1 | 与蛋白数一致 |
数据库中的同蛋白其他状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | Q9ZNM8_9SPHN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–723； UniProt 1–723 |
1yr2
Structural and Mechanistic Analysis of Two Prolyl Endopeptidases: Role of Inter-Domain Dynamics in Catalysis and Specificity
1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures
页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。
2. 结构基本信息 2. Structure Basics
| 条目编号 entry_id | 1yr2 |
| 沉积日期 deposition_date | 2005-02-02 |
| 结构标题 title | Structural and Mechanistic Analysis of Two Prolyl Endopeptidases: Role of Inter-Domain Dynamics in Catalysis and Specificity |
| 关键词 keywords | prolyl endopeptidase, mechanistic study, celiac sprue, HYDROLASE; HYDROLASE |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles
页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。
1yr2__assembly_1__model_1
Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)
1yr2__assembly_1__model_1 | I(q)
1yr2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending
| Rg（Guinier） | 29.41 Å |
| Rg（电子密度） | 28.47 Å |
| 总 Rg | 29.28 Å |
| 原子数 | 5263 |
| 残基数 | 680 |
| 排除体积 | 93106 ų |
| 最大 q | 0.500 Å⁻¹ |
4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment
5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)
6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains
SCOP 2.08 (3 domains)
| 结构域编号 domain_id | d1yr2a1 |
| 类 Class class | b — All beta proteins |
| 折叠类型 Fold fold | b.69 — 7-bladed beta-propeller |
| 超家族 Superfamily superfamily | b.69.7 — Peptidase/esterase 'gauge' domain |
| 家族 Family family | b.69.7.0 — automated matches |
| 结构域编号 domain_id | d1yr2a2 |
| 类 Class class | c — Alpha and beta proteins (a/b) |
| 折叠类型 Fold fold | c.69 — alpha/beta-Hydrolases |
| 超家族 Superfamily superfamily | c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases |
| 家族 Family family | c.69.1.0 — automated matches |
| 结构域编号 domain_id | d1yr2a3 |
| 类 Class class | l — Artifacts |
| 折叠类型 Fold fold | l.1 — Tags |
| 超家族 Superfamily superfamily | l.1.1 — Tags |
| 家族 Family family | l.1.1.1 — Tags |
CATH v4.4 (2 domains)
| 结构域编号 domain_id | 1yr2A01 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 40 — 3-Layer(aba) Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 50 — Rossmann fold |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain |
| 结构域编号 domain_id | 1yr2A02 |
| 类 Class class | 2 — Mainly Beta |
| 架构 Architecture architecture | 130 — 7 Propeller |
| 拓扑 Topology topology | 10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 120 — Prolyl oligopeptidase, N-terminal domain |