1yrq

Structure of the ready oxidized form of [NiFe]-hydrogenase

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit × 1 （P18188） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 NICKEL (II) ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit × 1 （P18188） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 NICKEL (II) ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit × 1 （P18188） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 NICKEL (II) ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit × 1 （P18188） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 NICKEL (II) ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit × 1 （P18188） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 NICKEL (II) ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit × 1 （P18188） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 NICKEL (II) ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHNS_DESFR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–264； UniProt 51–314 作者链 B； PDB构建体 1–264； UniProt 51–314 作者链 C； PDB构建体 1–264； UniProt 51–314 作者链 D； PDB构建体 1–264； UniProt 51–314 作者链 F； PDB构建体 1–264； UniProt 51–314 作者链 G； PDB构建体 1–264； UniProt 51–314

Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit

物种未注明

UniProt P18188

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit × 1 （P18187） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 NICKEL (II) ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit × 1 （P18187） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 NICKEL (II) ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit × 1 （P18187） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 NICKEL (II) ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit × 1 （P18187） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 NICKEL (II) ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit × 1 （P18187） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 NICKEL (II) ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit × 1 （P18187） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 NICKEL (II) ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHNL_DESFR
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–549； UniProt 1–549 作者链 I； PDB构建体 1–549； UniProt 1–549 作者链 J； PDB构建体 1–549； UniProt 1–549 作者链 K； PDB构建体 1–549； UniProt 1–549 作者链 M； PDB构建体 1–549； UniProt 1–549 作者链 N； PDB构建体 1–549； UniProt 1–549

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1yrq
沉积日期 deposition_date	2005-02-04
结构标题 title	Structure of the ready oxidized form of [NiFe]-hydrogenase
关键词 keywords	NiB state, hydroxide bridge, Oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1yrq__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1yrq__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1yrq__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.53 Å
Rg（电子密度）	24.62 Å
总 Rg	25.45 Å
原子数	6169
残基数	807
排除体积	110140 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1yrq__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	2	`1yrq__assembly_1__model_2`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1yrq__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	2	`1yrq__assembly_2__model_2`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1yrq__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	2	`1yrq__assembly_3__model_2`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1yrq__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	2	`1yrq__assembly_4__model_2`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1yrq__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	2	`1yrq__assembly_5__model_2`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1yrq__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	2	`1yrq__assembly_6__model_2`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit
分子量 formula_weight	28305.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.12.2.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,F,G
原子数 atom_count	77694

LTAKHRPSVVWLHNAECTGCTEAAIRTIKPYIDALILDTISLDYQETIMAAAGEAAEAALHQALEGKDGYYLVVEGGLPTIDGGQWGMVAGHPMIETTKKAAAKAKGIICIGTCSAYGGVQKAKPNPSQAKGVSEALGVKTINIPGCPPNPINFVGAVVHVLTKGIPDLDSNGRPKLFYGELVHDNCPRLPHFEASEFAPSFDSEEAKKGFCLYELGCKGPVTYNNCPKVLFNQVNWPVQAGHPCLGCSEPDFWDTMTPFYEQG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
分子量 formula_weight	59729.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.12.2.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I,J,K,M,N

MAESKPTPQSTFTGPIVVDPITRIEGHLRIMVEVENGKVKDAWSSSQLFRGLEIILKGRDPRDAQHFTQRACGVCTYVHALASSRCVDDAVKVSIPANARMMRNLVMASQYLHDHLVHFYHLHALDWVDVTAALKADPNKAAKLAASIAPARPGNSAKALKAVQDKLKAFVESGQLGIFTNAYFLGGHKAYYLPPEVNLIATAHYLEALHMQVKAASAMAILGGKNPHTQFTVVGGCSNYQGLTKDPLANYLALSKEVCQFVNECYIPDLLAVAGFYKDWGGIGGTSNYLAFGEFATDDSSPSKHLATSQFPSGVITGRDLGKVDNVDLGAIYEDVKYSWYAPGGDGKHPYDGVTDPKYTKLDDKDHYSWMKAPRYKGKAMEVGPLARTFIAYAKGQPDFKKVVDMVLGKLSVPATALHSTLGRTAARGIETAIVCANMEKWIKEMADSGAKDNTLCAKWEMPEESKGVGLADAPRGALSHWIRIKGKKIDNFQLVVPSTWNLGPRGAQGDKSPVEEALIGTPIADPKRPVEILRTVHAFDPCIACGVH

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON
分子量 formula_weight	135.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1886

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1yrqa_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.19 — HydA/Nqo6-like
超家族 Superfamily superfamily	e.19.1 — HydA/Nqo6-like
家族 Family family	e.19.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, small subunit

结构域编号 domain_id	d1yrqb_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.19 — HydA/Nqo6-like
超家族 Superfamily superfamily	e.19.1 — HydA/Nqo6-like
家族 Family family	e.19.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, small subunit

结构域编号 domain_id	d1yrqc_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.19 — HydA/Nqo6-like
超家族 Superfamily superfamily	e.19.1 — HydA/Nqo6-like
家族 Family family	e.19.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, small subunit

结构域编号 domain_id	d1yrqd_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.19 — HydA/Nqo6-like
超家族 Superfamily superfamily	e.19.1 — HydA/Nqo6-like
家族 Family family	e.19.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, small subunit

结构域编号 domain_id	d1yrqf_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.19 — HydA/Nqo6-like
超家族 Superfamily superfamily	e.19.1 — HydA/Nqo6-like
家族 Family family	e.19.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, small subunit

结构域编号 domain_id	d1yrqg_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.19 — HydA/Nqo6-like
超家族 Superfamily superfamily	e.19.1 — HydA/Nqo6-like
家族 Family family	e.19.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, small subunit

结构域编号 domain_id	d1yrqh_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.18 — HydB/Nqo4-like
超家族 Superfamily superfamily	e.18.1 — HydB/Nqo4-like
家族 Family family	e.18.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, large subunit

结构域编号 domain_id	d1yrqi_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.18 — HydB/Nqo4-like
超家族 Superfamily superfamily	e.18.1 — HydB/Nqo4-like
家族 Family family	e.18.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, large subunit

结构域编号 domain_id	d1yrqj_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.18 — HydB/Nqo4-like
超家族 Superfamily superfamily	e.18.1 — HydB/Nqo4-like
家族 Family family	e.18.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, large subunit

结构域编号 domain_id	d1yrqk_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.18 — HydB/Nqo4-like
超家族 Superfamily superfamily	e.18.1 — HydB/Nqo4-like
家族 Family family	e.18.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, large subunit

结构域编号 domain_id	d1yrqm_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.18 — HydB/Nqo4-like
超家族 Superfamily superfamily	e.18.1 — HydB/Nqo4-like
家族 Family family	e.18.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, large subunit

结构域编号 domain_id	d1yrqn_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.18 — HydB/Nqo4-like
超家族 Superfamily superfamily	e.18.1 — HydB/Nqo4-like
家族 Family family	e.18.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, large subunit

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	1yrqA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	700 — NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit

结构域编号 domain_id	1yrqA02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	480 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1yrqB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	700 — NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit

结构域编号 domain_id	1yrqB02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	480 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1yrqC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	700 — NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit

结构域编号 domain_id	1yrqC02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	480 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1yrqD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	700 — NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit

结构域编号 domain_id	1yrqD02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	480 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1yrqF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	700 — NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit

结构域编号 domain_id	1yrqF02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	480 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1yrqG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	700 — NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit

结构域编号 domain_id	1yrqG02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	480 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1yrqH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	645 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B

结构域编号 domain_id	1yrqI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	645 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B

结构域编号 domain_id	1yrqJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	645 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B

结构域编号 domain_id	1yrqK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	645 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B

结构域编号 domain_id	1yrqM00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	645 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B

结构域编号 domain_id	1yrqN00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	645 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B

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晶胞边长 a length_a	127.500 Å
晶胞边长 b length_b	99.700 Å
晶胞边长 c length_c	183.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.80 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1730
R_work r_work	0.1710
R_free r_free	0.2200

Structure of the ready oxidized form of [NiFe]-hydrogenase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1yrq__assembly_2__model_1

1yrq__assembly_2__model_1 | I(q)

1yrq__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (3)

Structure of the ready oxidized form of [NiFe]-hydrogenase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1yrq__assembly_2__model_1

1yrq__assembly_2__model_1 | I(q)

1yrq__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (3)