SAXSdb — 1ysz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endoplasmin

Canis lupus familiaris

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	;N-ETHYL-5'-CARBOXAMIDO ADENOSINE ; × 1 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENPL_CANFA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–222； UniProt 69–286 作者链 A； PDB构建体 227–236； UniProt 328–337

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ysz
沉积日期 deposition_date	2005-02-09
结构标题 title	Crystal Structure of the Unliganded Form of GRP94, the ER Hsp90: Basis for Nucleotide-Induced Conformational Change, GRP94N(DELTA)41 APO CRYSTAL SOAKED WITH NECA
关键词 keywords	GRP94, gp96, Hsp90, Bergerat, Chaperone, Endoplasmic reticulum, NECA, HtpG; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ysz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ysz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ysz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.19 Å
Rg（电子密度）	16.90 Å
总 Rg	17.94 Å
原子数	1713
残基数	217
排除体积	30617 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ysz__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Endoplasmin
分子量 formula_weight	26514.0 kDa
突变 mutation	deletion of 287-327 replaced by 4 glycines
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1789

GSHMLREKSEKFAFQAEVNRMMKLIINSLYKNKEIFLRELISNASDALDKIRLISLTDENALAGNEELTVKIKCDKEKNLLHVTDTGVGMTREELVKNLGTIAKSGTSEFLNKMTEAQEDGQSTSELIGQFGVGFYSAFLVADKVIVTSKHNNDTQHIWESDSNEFSVIADPRGNTLGRGTTITLVLKEEASDYLELDTIKNLVKKYSQFINFPIYVWSSKTGGGGKTVWDWELMN

来源 Source

来源生物 organism	Canis lupus familiaris
通用名 common_name	dog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9615
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;N-ETHYL-5'-CARBOXAMIDO ADENOSINE ;
分子量 formula_weight	308.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	65

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1ysza_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.122 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
超家族 Superfamily superfamily	d.122.1 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
家族 Family family	d.122.1.1 — Heat shock protein 90, HSP90, N-terminal domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1yszA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	65.586 Å
晶胞边长 b length_b	95.514 Å
晶胞边长 c length_c	42.857 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	28.690 Å
R 因子 r_factor	0.2140
R_work r_work	0.2140
R_free r_free	0.2640

Crystal Structure of the Unliganded Form of GRP94, the ER Hsp90: Basis for Nucleotide-Induced Conformational Change, GRP94N(DELTA)41 APO CRYSTAL SOAKED WITH NECA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endoplasmin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ysz__assembly_1__model_1

1ysz__assembly_1__model_1 | I(q)

1ysz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of the Unliganded Form of GRP94, the ER Hsp90: Basis for Nucleotide-Induced Conformational Change, GRP94N(DELTA)41 APO CRYSTAL SOAKED WITH NECA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endoplasmin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ysz__assembly_1__model_1

1ysz__assembly_1__model_1 | I(q)

1ysz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)