1ywk

Crystal structure of 4-deoxy-1-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase from Enterococcus faecalis

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase 1

Enterococcus faecalis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KDUI1_ENTFA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–281； UniProt 1–276 作者链 B； PDB构建体 6–281； UniProt 1–276 作者链 C； PDB构建体 6–281； UniProt 1–276 作者链 D； PDB构建体 6–281； UniProt 1–276 作者链 E； PDB构建体 6–281； UniProt 1–276 作者链 F； PDB构建体 6–281； UniProt 1–276

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ywk
沉积日期 deposition_date	2005-02-18
结构标题 title	Crystal structure of 4-deoxy-1-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase from Enterococcus faecalis
关键词 keywords	;Structural genomics, NYSGXRC target T1814, ketol-isomerase, PSI, Protein Structure Initiative, New York SGX Research Center for Structural Genomics, ISOMERASE ;; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ywk__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ywk__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ywk__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.91 Å
Rg（电子密度）	17.72 Å
总 Rg	18.61 Å
原子数	2042
残基数	254
排除体积	36165 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ywk__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1ywk__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1ywk__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1ywk__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1ywk__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1ywk__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1ywka1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.13 — KduI-like

结构域编号 domain_id	d1ywka2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1ywkb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.13 — KduI-like

结构域编号 domain_id	d1ywkb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1ywkc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.13 — KduI-like

结构域编号 domain_id	d1ywkc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1ywkd2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.13 — KduI-like

结构域编号 domain_id	d1ywkd3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1ywke2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.13 — KduI-like

结构域编号 domain_id	d1ywke3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1ywkf2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.13 — KduI-like

结构域编号 domain_id	d1ywkf3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1ywkA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	1ywkB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	1ywkC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	1ywkD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	1ywkE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	1ywkF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

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晶胞边长 a length_a	81.010 Å
晶胞边长 b length_b	107.685 Å
晶胞边长 c length_c	191.021 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.950 Å
最低分辨率 resolution_low	24.900 Å
R 因子 r_factor	0.2410
R_work r_work	0.2410
R_free r_free	0.2650

描述 description	4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase 1
分子量 formula_weight	33370.6 kDa
EC 编号 ec_number	5.3.1.17
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	12252

Crystal structure of 4-deoxy-1-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase from Enterococcus faecalis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ywk__assembly_2__model_1

1ywk__assembly_2__model_1 | I(q)

1ywk__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Enterococcus faecalis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1351
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Crystal structure of 4-deoxy-1-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase from Enterococcus faecalis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ywk__assembly_2__model_1

1ywk__assembly_2__model_1 | I(q)

1ywk__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)