SAXSdb — 1yzb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Machado-Joseph disease protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–182	片段：N-terminal domain of Ataxin-3	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM sodium phosphate；压力 ambient NMR样品组成：0.4mM of Josephin 15N, 13C; 20mM sodium phosphate buffer (pH 6.5); 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1YZB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2AGA De-ubiquitinating function of ataxin-3: insights from the solution structure of the Josephin domain 提交 2005-07-26	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–185（185 aa）片段：Josephin domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM KPO4；压力 1 NMR样品组成 2mM Josephin domain U-15N,13C; 20mM phosphate buffer pH 6.4; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2DOS Structural basis for the recognition of Lys48-linked polyubiquitin chain by the Josephin domain of ataxin-3, a putative deubiquitinating enzyme 提交 2006-05-03	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–171（171 aa）片段：Josephin domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM Sodium phosphate buffer；压力 1 NMR样品组成 1.2mM Josephin domain U-15N,13C; 10mM Sodium phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.2mM Josephin domain U-15N,13C; 10mM Sodium phosphate buffer; 99% D2O \| 99% D2O	分辨率未提供
2JRI Solution structure of the Josephin domain of Ataxin-3 in complex with ubiquitin molecule. 提交 2007-06-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–182（182 aa）片段：N-terminal domain of ataxin-3 sequence database residues 1-182	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.01；压力 ambient NMR样品组成 0.1 - 0.3 mM [U-15N] protein, 0.1 -0.3 mM [U-13C; U-15N] protein, 0.1-0.3 mM protein, 0.1-0.3 mM [U-13C; U-15N; U-2H] protein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2KLZ Solution Structure of the Tandem UIM Domain of Ataxin-3 Complexed with Ubiquitin 提交 2009-07-12	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 222–263（42 aa）片段：UIM1 and UIM 2 domain, UNP residues 222-263	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] protein-1, 20 mM sodium phosphate-2, 100 mM sodium chloride-3, 0.02 % sodium azide-4, 4 mM ubiquitin-5, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-6, 20 mM sodium phosphate-7, 100 mM sodium chloride-8, 0.02 % sodium azide-9, 4 mM ubiquitin-10, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4WTH Ataxin-3 Carboxy Terminal Region - Crystal C2 (triclinic) 提交 2014-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 278–324（47 aa）片段：MBP residues 27-392 (UNP) + Ataxin-3 C-terminal region (UNP residues 278-324)	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；24% PEG5000 MME, 0.9 M sodium acetate, 0.06 M imidazole, pH 8.0, 0.1 M zinc acetate	分辨率 2.25 Å R-free 0.250
4WTH Ataxin-3 Carboxy Terminal Region - Crystal C2 (triclinic) 提交 2014-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 278–324（47 aa）片段：MBP residues 27-392 (UNP) + Ataxin-3 C-terminal region (UNP residues 278-324)	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；24% PEG5000 MME, 0.9 M sodium acetate, 0.06 M imidazole, pH 8.0, 0.1 M zinc acetate	分辨率 2.25 Å R-free 0.250
4YS9 Ataxin-3 Carboxy-Terminal Region - Crystal C1 (tetragonal) 提交 2015-03-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 278–324（47 aa）片段：MBP residues 27-392 (UNP) + Ataxin-3 C-terminal region (UNP residues 278-324)	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；25% PEG5000 MME, 1.0 M sodium acetate, 0.1 M imidazole, pH 8.0, 0.1 M zinc acetate	分辨率 2.00 Å R-free 0.223

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MJD1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1yzb
沉积日期 deposition_date	2005-02-28
结构标题 title	Solution structure of the Josephin domain of Ataxin-3
关键词 keywords	papain-like fold, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.28 Å
零角强度 I(0) i0	621937000.00
分子量 molecular_weight	210240.0 kDa
排除体积 excluded_volume	262490 Å³
包络体积 envelope_volume	40829 Å³
水化壳体积 shell_volume	18486 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.0 Å
壳层 Rg shell_rg	25.26 Å
包络 Rg envelope_rg	19.47 Å
形状 Rg shape_rg	17.24 Å
总 Rg total_rg	17.62 Å
总原子数 total_atoms	29160
残基数 n_residues	1820
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.0 Å
Rg (实空间) rg_real	17.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.2190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.6010e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	621900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7654
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.463
峰度 Kurtosis kurtosis	0.019
角度范围 angular_range	— – 0.4450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1026000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.681; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.903; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1yzbA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	1yzbA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — S15/NS1, RNA-binding

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8. 引用文献 (4)

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描述 description	Machado-Joseph disease protein 1
分子量 formula_weight	21053.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	29160

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

fit	/app/data/saxs_computation/yz/1yzb/1yzb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yz/1yzb/1yzb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yz/1yzb/1yzb.dat

Solution structure of the Josephin domain of Ataxin-3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Machado-Joseph disease protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)