SAXSdb — 1z08

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related protein Rab-21

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 16–183	片段：GTPase domain 突变：Q53G	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；20% PEG 4000, 200mM Magnesium acetate, 50mM HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.225
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 16–183	片段：GTPase domain 突变：Q53G	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；20% PEG 4000, 200mM Magnesium acetate, 50mM HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.225
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 16–183	片段：GTPase domain 突变：Q53G	MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；20% PEG 4000, 200mM Magnesium acetate, 50mM HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.225
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 16–183	片段：GTPase domain 突变：Q53G	MG MAGNESIUM ION × 4 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；20% PEG 4000, 200mM Magnesium acetate, 50mM HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.225
5	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 16–183 链 D； UniProt 16–183	片段：GTPase domain 突变：Q53G	MG MAGNESIUM ION × 6 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；20% PEG 4000, 200mM Magnesium acetate, 50mM HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1Z08	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1YZT GppNHp-Bound Rab21 GTPase at 2.05 A Resolution 提交 2005-02-28	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–183（168 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；18% PEG 6000, 200mM Lithium sufate, 50mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.05 Å R-free 0.286
1YZT GppNHp-Bound Rab21 GTPase at 2.05 A Resolution 提交 2005-02-28	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 16–183（168 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；18% PEG 6000, 200mM Lithium sufate, 50mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.05 Å R-free 0.286
1YZU GppNHp-Bound Rab21 GTPase at 2.50 A Resolution 提交 2005-02-28	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–183（168 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；15% PEG 4000, 10% Glycerol, 200mM Na thiocyanate, 50mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.293
1YZU GppNHp-Bound Rab21 GTPase at 2.50 A Resolution 提交 2005-02-28	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 16–183（168 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；15% PEG 4000, 10% Glycerol, 200mM Na thiocyanate, 50mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.293
1Z0I GDP-Bound Rab21 GTPase 提交 2005-03-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–183（168 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；20% PEG 6000, 10% Glycerol, 200mM Na acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.33 Å R-free 0.278
2OT3 Crystal structure of rabex-5 VPS9 domain in complex with nucleotide free RAB21 提交 2007-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 16–183（168 aa）片段：residues 16-183	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；10% PEG 6000, 0.2M MgCl2, 0.05 NaMES Microseeded, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.243

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAB21_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–170； UniProt 16–183 作者链 B； PDB构建体 3–170； UniProt 16–183 作者链 C； PDB构建体 3–170； UniProt 16–183 作者链 D； PDB构建体 3–170； UniProt 16–183

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1z08
沉积日期 deposition_date	2005-03-01
结构标题 title	GppNHp-Bound Rab21 Q53G mutant GTPase
关键词 keywords	Rab GTPase, Rab21, Vesicular trafficking, Protein transport; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.14 Å
零角强度 I(0) i0	83174200.00
分子量 molecular_weight	72931.0 kDa
排除体积 excluded_volume	90407 Å³
包络体积 envelope_volume	145450 Å³
水化壳体积 shell_volume	26398 Å³
包络直径 envelope_diameter	143.7 Å
壳层 Rg shell_rg	50.50 Å
包络 Rg envelope_rg	45.16 Å
形状 Rg shape_rg	48.13 Å
总 Rg total_rg	48.27 Å
总原子数 total_atoms	5105
残基数 n_residues	651
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	144.7 Å
Rg (实空间) rg_real	48.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.3170e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7600e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	83170000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6505
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	83.3 Å
偏度 Skewness skewness	-0.150
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.208
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1540000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.080; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.486; Smooth: 0.733

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ras-related protein Rab-21
分子量 formula_weight	19264.1 kDa
突变 mutation	Q53G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6110

GSRAYSFKVVLLGEGCVGKTSLVLRYCENKFNDKHITTLGASFLTKKLNIGGKRVNLAIWDTAGQERFHALGPIYYRDSNGAILVYDITDEDSFQKVKNWVKELRKMLGNEICLCIVGNKIDLEKERHVSIQEAESYAESVGAKHYHTSAKQNKGIEELFLDLCKRMIET

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	522.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1005

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1z08a1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d1z08b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1z08c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1z08d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1z08A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1z08B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1z08C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1z08D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	91.200 Å
晶胞边长 b length_b	77.425 Å
晶胞边长 c length_c	107.965 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.86 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1902
R_work r_work	0.1884
R_free r_free	0.2251

fit	/app/data/saxs_computation/z0/1z08/1z08.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z0/1z08/1z08.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z0/1z08/1z08.dat

GppNHp-Bound Rab21 Q53G mutant GTPase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related protein Rab-21

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction