SAXSdb — 1z0k

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding protein

Homo sapiens

UniProt P20338

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	FYVE-finger-containing Rab5 effector protein rabenosyn-5 × 1 （Q59EY8） MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	FYVE-finger-containing Rab5 effector protein rabenosyn-5 × 1 （Q59EY8） MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAB4A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–172； UniProt 2–172 作者链 C； PDB构建体 2–172； UniProt 2–172

FYVE-finger-containing Rab5 effector protein rabenosyn-5

Homo sapiens

UniProt Q59EY8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	GTP-binding protein × 1 （P20338） MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	GTP-binding protein × 1 （P20338） MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q59EY8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 6–69； UniProt 440–503 作者链 D； PDB构建体 6–69； UniProt 440–503

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1z0k
沉积日期 deposition_date	2005-03-01
结构标题 title	Structure of GTP-Bound Rab4Q67L GTPase in complex with the central Rab binding domain of Rabenosyn-5
关键词 keywords	Rab GTPases, Rab4, Rabenosyn, effector complex, vesicular trafficking, protein transport; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1z0k__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1z0k__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1z0k__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.20 Å
Rg（电子密度）	17.02 Å
总 Rg	17.99 Å
原子数	1828
残基数	229
排除体积	32231 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1z0k__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1z0k__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GTP-binding protein
分子量 formula_weight	19392.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	4108

GSETYDFLFKFLVIGNAGTGKSCLLHQFIEKKFKDDSNHTIGVEFGSKIINVGGKYVKLQIWDTAGLERFRSVTRSYYRGAAGALLVYDITSRETYNALTNWLTDARMLASQNIVIILCGNKKDLDADREVTFLEASRFAQENELMFLETSALTGEDVEEAFVQCARKILNK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	FYVE-finger-containing Rab5 effector protein rabenosyn-5
分子量 formula_weight	7716.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GPLGSAEGWLPLSGGQGQSEDSDPLLQQIHNITSFIRQAKAAGRMDEVRTLQENLRQLQDEYDQQQTEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	457

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1z0ka1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d1z0kb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.2 — Long alpha-hairpin
超家族 Superfamily superfamily	a.2.19 — Rabenosyn-5 Rab-binding domain-like
家族 Family family	a.2.19.1 — Rabenosyn-5 Rab-binding domain-like

结构域编号 domain_id	d1z0kc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d1z0kd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.2 — Long alpha-hairpin
超家族 Superfamily superfamily	a.2.19 — Rabenosyn-5 Rab-binding domain-like
家族 Family family	a.2.19.1 — Rabenosyn-5 Rab-binding domain-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1z0kA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1z0kB00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	860 — DNA Excision Repair, Uvrb; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Rabenosyn, Rab binding domain

结构域编号 domain_id	1z0kC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1z0kD00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	860 — DNA Excision Repair, Uvrb; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Rabenosyn, Rab binding domain

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晶胞边长 a length_a	81.440 Å
晶胞边长 b length_b	81.440 Å
晶胞边长 c length_c	137.639 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.920 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.2254
R_work r_work	0.2236
R_free r_free	0.2589

Structure of GTP-Bound Rab4Q67L GTPase in complex with the central Rab binding domain of Rabenosyn-5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

FYVE-finger-containing Rab5 effector protein rabenosyn-5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1z0k__assembly_2__model_1

1z0k__assembly_2__model_1 | I(q)

1z0k__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of GTP-Bound Rab4Q67L GTPase in complex with the central Rab binding domain of Rabenosyn-5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

FYVE-finger-containing Rab5 effector protein rabenosyn-5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1z0k__assembly_2__model_1

1z0k__assembly_2__model_1 | I(q)

1z0k__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)