SAXSdb — 1z1a

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Regulatory protein SIR1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 473–611	片段：ORC-1 interacting domain of Sir1p 突变：C593A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；sodium acetate, PEG 400, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.274
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 473–611	片段：ORC-1 interacting domain of Sir1p 突变：C593A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；sodium acetate, PEG 400, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1Z1A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ZBX Crystal structure of a Orc1p-Sir1p complex 提交 2005-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 480–614（135 aa）片段：Orc1p interaction domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；290 K；MES, NaCl, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.50 Å R-free 0.260
1ZHI Complex of the S. cerevisiae Orc1 and Sir1 interacting domains 提交 2005-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 480–611（132 aa）片段：OIR* domain of Sir1	突变：Cys593Ala	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；Tris, NaCl, Ammonium Sulfate, pH 7.5, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.70 Å R-free 0.293

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SIR1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–142； UniProt 473–611 作者链 B； PDB构建体 4–142； UniProt 473–611

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1z1a
沉积日期 deposition_date	2005-03-03
结构标题 title	S. cerevisiae Sir1 ORC-interaction domain
关键词 keywords	novel fold, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.43 Å
零角强度 I(0) i0	12253000.00
分子量 molecular_weight	27884.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35425 Å³
包络体积 envelope_volume	48007 Å³
水化壳体积 shell_volume	17120 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.7 Å
壳层 Rg shell_rg	30.08 Å
包络 Rg envelope_rg	23.90 Å
形状 Rg shape_rg	24.37 Å
总 Rg total_rg	25.39 Å
总原子数 total_atoms	1944
残基数 n_residues	230
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.8 Å
Rg (实空间) rg_real	25.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6440e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12250000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8827
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	21.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.250
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.667
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1558000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.898; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.822; Smooth: 0.956

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1z1aa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.339 — ORC1-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.339.1 — ORC1-binding domain
家族 Family family	d.339.1.1 — ORC1-binding domain

结构域编号 domain_id	d1z1ab_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.339 — ORC1-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.339.1 — ORC1-binding domain
家族 Family family	d.339.1.1 — ORC1-binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.928 Å
晶胞边长 b length_b	60.928 Å
晶胞边长 c length_c	159.257 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2415
R_work r_work	0.2379
R_free r_free	0.2742

描述 description	Regulatory protein SIR1
分子量 formula_weight	16846.1 kDa
突变 mutation	C593A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1991

S. cerevisiae Sir1 ORC-interaction domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Regulatory protein SIR1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	43

fit	/app/data/saxs_computation/z1/1z1a/1z1a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z1/1z1a/1z1a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z1/1z1a/1z1a.dat