1z5h

Crystal structures of the Tricorn interacting Factor F3 from Thermoplasma acidophilum

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tricorn protease interacting factor F3

Thermoplasma acidophilum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 13 ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 4 ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	SULFATE ION × 34 ZINC ION × 4 water × 4	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 17 ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRF3_THEAC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–780； UniProt 1–780 作者链 B； PDB构建体 1–780； UniProt 1–780

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1z5h
沉积日期 deposition_date	2005-03-18
结构标题 title	Crystal structures of the Tricorn interacting Factor F3 from Thermoplasma acidophilum
关键词 keywords	Zinc aminopeptidase, Gluzicins, Tricorn protease, Superhelix, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1z5h__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1z5h__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1z5h__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.86 Å
Rg（电子密度）	40.24 Å
总 Rg	40.70 Å
原子数	12677
残基数	1560
排除体积	225180 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1z5h__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1z5h__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1z5h__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1z5h__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tricorn protease interacting factor F3
分子量 formula_weight	89492.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.11.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	13456

MEVEKYDLTLDFDIQKRTFNGTETITADAGDIVLDAVGLQINWMKVNGRDTAFTYDGQTVRAPGDSQPQKIEISFAGKVSDSLSGIYYAGRENGMITTHFEATDARRMFPCVDHPAYKAVFAITVVIDKDYDAISNMPPKRIEVSERKVVEFQDTPRMSTYLLYVGIGKFRYEYEKYRDIDLILASLKDIRSKYPLDMARKSVEFYENYFGIPYALPKMHLISVPEFGAGAMENWGAITFREIYMDIAENSAVTVKRNSANVIAHEIAHQWFGDLVTMKWWNDLWLNESFATFMSYKTMDTLFPEWSFWGDFFVSRTSGALRSDSLKNTHPIEVDVRDPDEISQIFDEISYGKGASILRMIEDYAGYEEFRKGISKYLNDHKFGNAEGSDLWTAIEDVSGKPVKRVMEYWIKNPGYPVIKLKRNGRKITMYQTRFLLNGEEEGRWPVPVNIKKKDGVERILLEDEASIEADGLIKINADSAGFYRVLYDDATFSDVMGHYRDLSPLDRIGLVDDLFAFLLSGHIDPETYRQRIRNFFDDEDHNVITAIVGQMEYLRMLTHAFDDDARAFCRSRMQFLTGKQDENLKIALGRVSRLYVMVDESYAEEMSKLFKDFDSAEPEMRSSIATAYALVTGDLKGLLEKFRSVDRDEDRVRIISAFGKLKSNTDLSTVYGMVEKTEIKKQDMISFFSSALETLPGREFIFANLDRIIRLVIRYFTGNRTASRTVEMMIPVIGLDHPDAEDIVRNIGSKNISMGLAKGIEMLAVNRKLVERIRQTAVK

来源 Source

来源生物 organism	Thermoplasma acidophilum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2303
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	779

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1z5ha1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.98 — Zn aminopeptidase N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	b.98.1 — Zn aminopeptidase N-terminal domain
家族 Family family	b.98.1.1 — Zn aminopeptidase N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1z5ha2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.13 — Zn aminopeptidase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1z5ha3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.30 — Zn aminopeptidase insert domain
家族 Family family	b.1.30.1 — Zn aminopeptidase insert domain

结构域编号 domain_id	d1z5ha4
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.26 — ERAP1 C-terminal-like

结构域编号 domain_id	d1z5hb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.98 — Zn aminopeptidase N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	b.98.1 — Zn aminopeptidase N-terminal domain
家族 Family family	b.98.1.1 — Zn aminopeptidase N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1z5hb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.13 — Zn aminopeptidase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1z5hb3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.30 — Zn aminopeptidase insert domain
家族 Family family	b.1.30.1 — Zn aminopeptidase insert domain

结构域编号 domain_id	d1z5hb4
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.26 — ERAP1 C-terminal-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1z5hA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1730 — tricorn interacting facor f3 domain

结构域编号 domain_id	1z5hA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	390 — Neutral Protease; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neutral Protease Domain 2

结构域编号 domain_id	1z5hA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1910 —

结构域编号 domain_id	1z5hB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1730 — tricorn interacting facor f3 domain

结构域编号 domain_id	1z5hB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	390 — Neutral Protease; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neutral Protease Domain 2

结构域编号 domain_id	1z5hB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1910 —

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晶胞边长 a length_a	115.200 Å
晶胞边长 b length_b	183.300 Å
晶胞边长 c length_c	105.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	19.480 Å
R 因子 r_factor	0.2250
R_work r_work	0.2250
R_free r_free	0.2700

Crystal structures of the Tricorn interacting Factor F3 from Thermoplasma acidophilum

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tricorn protease interacting factor F3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1z5h__assembly_4__model_1

1z5h__assembly_4__model_1 | I(q)

1z5h__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structures of the Tricorn interacting Factor F3 from Thermoplasma acidophilum

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tricorn protease interacting factor F3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1z5h__assembly_4__model_1

1z5h__assembly_4__model_1 | I(q)

1z5h__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)