SAXSdb — 1z7z

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1z7z
沉积日期 deposition_date	2005-03-28
结构标题 title	Cryo-em structure of human coxsackievirus A21 complexed with five domain icam-1kilifi
关键词 keywords	ICAM-1, Kilifi, CD54, Human Coxsackievirus A21, virus-receptor complex, Icosahedral virus; Virus/Receptor
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	61.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	63.74 Å
零角强度 I(0) i0	231408000.00
分子量 molecular_weight	125610.0 kDa
排除体积 excluded_volume	156900 Å³
包络体积 envelope_volume	266800 Å³
水化壳体积 shell_volume	40595 Å³
包络直径 envelope_diameter	218.4 Å
壳层 Rg shell_rg	52.25 Å
包络 Rg envelope_rg	67.91 Å
形状 Rg shape_rg	63.71 Å
总 Rg total_rg	63.44 Å
总原子数 total_atoms	8824
残基数 n_residues	1120
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	121.8 Å
Rg (实空间) rg_real	41.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8880e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	58.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	229500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5809
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.455
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.633
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	2.9200
最高正则化参数 α highest_alpha	5357000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.033; Oscil: 0.961; Stabil: 0.915; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.925; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	human coxsackievirus A21
分子量 formula_weight	31946.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	8824

GIEDLIDTAIKNALRVSQPPSTQSTEATSGVNSQEVPALTAVETGASGQAIPSDVVETRHVVNYKTRSESCLESFFGRAACVTILSLTNSSKSGEEKKHFNIWNITYTDTVQLRRKLEFFTYSRFDLEMTFVFTENYPSTASGEVRNQVYQIMYIPPGAPRPSSWDDYTWQSSSNPSIFYMYGNAPPRMSIPYVGIANAYSHFYDGFARVPLEGENTDAGDTFYGLVSINDFGVLAVRAVNRSNPHTIHTSVRVYMKPKHIRCWCPRPPRAVLYRGEGVDMISSAI

Entity 2 polymer

描述 description	human coxsackievirus A21
分子量 formula_weight	29918.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

SPNVEACGYSDRVRQITLGNSTITTQEAANAIVAYGEWPTYINDSEANPVDAPTEPDVSSNRFYTLESVSWKTTSRGWWWKLPDCLKDMGMFGQNMYYHYLGRSGYTIHVQCNASKFHQGALGVFLIPEFVMACNTESKTSYVSYINANPGERGGEFTNTYNPSNTDASEGRKFAALDYLLGSGVLAGNAFVYPHQIINLRTNNSATIVVPYVNSLVIDCMAKHNNWGIVILPLAPLAFAATSSPQVPITVTIAPMCTEFNGLRNITVPVHQ

Entity 3 polymer

描述 description	human coxsackievirus A21
分子量 formula_weight	25898.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GLPTMNTPGSNQFLTSDDFQSPCALPNFDVTPPIHIPGEVKNMMELAEIDTLIPMNAVDGKVNTMEMYQIPLNDNLSKAPIFCLSLSPASDKRLSHTMLGEILNYYTHWTGSIRFTFLFCGSMMATGKLLLSYSPPGAKPPTNRKDAMLGTHIIWDLGLQSSCSMVAPWISNTVYRRCARDDFTEGGFITCFYQTRIVVPASTPTSMFMLGFVSACPDFSVRLLKDTPHISQSK

Entity 4 polymer

描述 description	human coxsackievirus A21
分子量 formula_weight	1335.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

LPLTKVDSITTF

Entity 5 polymer

描述 description	human coxsackievirus A21
分子量 formula_weight	687.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	5

LIGRTQ

Entity 6 polymer

描述 description	Intercellular adhesion molecule-1
分子量 formula_weight	49104.5 kDa
突变 mutation	K29M
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

QTSVSPSKVILPRGGSVLVTCSTSCDQPMLLGIETPLPKKELLLPGNNRKVYELSNVQEDSQPMCYSNCPDGQSTAKTFLTVYWTPERVELAPLPSWQPVGKNLTLRCQVEGGAPRANLTVVLLRGEKELKREPAVGEPAEVTTTVLVRRDHHGANFSCRTELDLRPQGLELFENTSAPYQLQTFVLPATPPQLVSPRVLEVDTQGTVVCSLDGLFPVSEAQVHLALGDQRLNPTVTYGNDSFSAKASVSVTAEDEGTQRLTCAVILGNQSQETLQTVTIYSFPAPNVILTKPEVSEGTEVTVKCEAHPRAKVTLNGVPAQPLGPRAQLLLKATPEDNGRSFSCSATLEVAGQLIHKNQTRELRVLYGPRLDERDCPGNWTWPENSQQTPMCQAWGNPLPELKCLKDGTFPLPIGESVTVTRDLEGTYLCRARSTQGEVTREVTVNVLSP

Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d1z7zi1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.3 — C2 set domains

结构域编号 domain_id	d1z7zi2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.3 — C2 set domains

结构域编号 domain_id	d1z7zi3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.4 — I set domains

结构域编号 domain_id	d1z7zi4
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.4 — I set domains

结构域编号 domain_id	d1z7zi5
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.4 — I set domains

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	8.000 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	8.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	POLAR FOURIER TRANSFORM METHOD AND FOURIER-BESSEL RECONSTRUCTION
颗粒数 num_particles	4704

fit	/app/data/saxs_computation/z7/1z7z/1z7z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z7/1z7z/1z7z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z7/1z7z/1z7z.dat

Cryo-em structure of human coxsackievirus A21 complexed with five domain icam-1kilifi

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)