SAXSdb — 1z87

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-1-syntrophin

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–264	片段：the PHN-PDZ-PHC tandem	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；303 K；压力 ambient NMR样品组成：1mM PHN-PDZ-PHC tandem of alpha1-syntrophin U-15N, 13C; 100mM potassium phosphate; 90% H2O,10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1mM PHN-PDZ-PHC tandem of alpha1-syntrophin U-15N; 100mM potassium phosphate; 90% H2O,10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1mM PHN-PDZ-PHC tandem of alpha1-syntrophin U-15N, 13C; 100mM potassium phosphate; 99.9% D2O \| 99.9% D2O NMR样品组成：1mM PHN-PDZ-PHC tandem of alpha1-syntrophin; 100mM potassium phosphate; 99.9% D2O \| 99.9% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1Z87	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1QAV Unexpected Modes of PDZ Domain Scaffolding Revealed by Structure of NNOS-Syntrophin Complex 提交 1999-03-30	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 75–164（90 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, PH 8.5, 298K, 25% PEG4000, 0.2M SODIUM ACETATE, 100MM TRIS	分辨率 1.90 Å R-free 0.259
1Z86 Solution structure of the PDZ domain of alpha-syntrophin 提交 2005-03-30	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 79–165（87 aa）片段：PDZ domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K；压力 ambient NMR样品组成 1mM PDZ domain of alpha1-syntrophin U-15N, 13C; 100mM potassium phosphate; 90% H2O,10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM PDZ domain of alpha1-syntrophin U-15N; 100mM potassium phosphate; 90% H2O,10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM PDZ domain of alpha1-syntrophin U-15N, 13C; 100mM potassium phosphate; 99.9% D2O \| 99.9% D2O NMR样品组成 1mM PDZ domain of alpha1-syntrophin; 100mM potassium phosphate; 99.9% D2O \| 99.9% D2O	分辨率未提供
2ADZ solution structure of the joined PH domain of alpha1-syntrophin 提交 2005-07-21	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–79（78 aa）片段：PH domain 链 A 165–264（100 aa）片段：PH domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K；压力 ambient NMR样品组成 1mM protein 15N; 100mM potassium phosphate pH 7.0 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM protein 15N, 13C; 100mM potassium phosphate pH 7.0 \| 99.9% D2O NMR样品组成 1mM unlabelled protein; 100mM potassium phosphate pH 7.0 \| 99.9% D2O	分辨率未提供
2PDZ SOLUTION STRUCTURE OF THE SYNTROPHIN PDZ DOMAIN IN COMPLEX WITH THE PEPTIDE GVKESLV, NMR, 15 STRUCTURES 提交 1997-12-10	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 79–164（86 aa）片段：PDZ DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；295 K；离子强度（mmCIF原始值）70mM；压力 1 NMR样品组成 H2O	分辨率未提供
4HOP Crystal structure of the computationally designed NNOS-Syntrophin complex 提交 2012-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 77–162（86 aa）片段：PDZ DOMAIN (RESIDUES 77-162)	突变：H142F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.25；293 K；0.1M MES, 0.2M LICL, 21.5% PEG 6000. SYNTROPHIN AT 3.6 MG/ML FINAL. NNOS AT 2.6 MG/ML FINAL. 1:1 MIX OF PROTEIN SOLUTION TO PRECIPITANT, pH 5.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.29 Å R-free 0.273
4HOP Crystal structure of the computationally designed NNOS-Syntrophin complex 提交 2012-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 77–162（86 aa）片段：PDZ DOMAIN (RESIDUES 77-162)	突变：H142F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.25；293 K；0.1M MES, 0.2M LICL, 21.5% PEG 6000. SYNTROPHIN AT 3.6 MG/ML FINAL. NNOS AT 2.6 MG/ML FINAL. 1:1 MIX OF PROTEIN SOLUTION TO PRECIPITANT, pH 5.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.29 Å R-free 0.273
4HOP Crystal structure of the computationally designed NNOS-Syntrophin complex 提交 2012-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 77–162（86 aa）片段：PDZ DOMAIN (RESIDUES 77-162)	突变：H142F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.25；293 K；0.1M MES, 0.2M LICL, 21.5% PEG 6000. SYNTROPHIN AT 3.6 MG/ML FINAL. NNOS AT 2.6 MG/ML FINAL. 1:1 MIX OF PROTEIN SOLUTION TO PRECIPITANT, pH 5.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.29 Å R-free 0.273

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SNA1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1z87
沉积日期 deposition_date	2005-03-30
结构标题 title	solution structure of the split PH-PDZ Supramodule of alpha-Syntrophin
关键词 keywords	Alpha-1-syntrophin, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	SOLUTION NMR

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.21 Å
零角强度 I(0) i0	2580520000.00
分子量 molecular_weight	415250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	515890 Å³
包络体积 envelope_volume	183050 Å³
水化壳体积 shell_volume	47972 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.4 Å
壳层 Rg shell_rg	39.24 Å
包络 Rg envelope_rg	30.69 Å
形状 Rg shape_rg	27.19 Å
总 Rg total_rg	27.58 Å
总原子数 total_atoms	58590
残基数 n_residues	3945
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.3 Å
Rg (实空间) rg_real	27.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5810e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5980e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2580000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7975
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.305
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.622
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	180300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.833; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.869; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1z87A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	1z87A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

描述 description	Alpha-1-syntrophin
分子量 formula_weight	27716.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	58590

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/z8/1z87/1z87.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z8/1z87/1z87.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z8/1z87/1z87.dat

solution structure of the split PH-PDZ Supramodule of alpha-Syntrophin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-1-syntrophin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)