SAXSdb — 1zea

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

monoclonal anti-cholera toxin IGG1 KAPPA antibody, L chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 1–216	未记录	monoclonal anti-cholera toxin IGG1 KAPPA antibody, H chain × 1 （Q921A6） short synthetic D-amino acid peptide D2 × 1 CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；PEG 8000, citrat buffer, potassium chloride, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.78 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1ZEA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2DTM Thermodynamic and structural analyses of hydrolytic mechanism by catalytic antibodies 提交 2006-07-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–219（219 aa）片段：FAB FRAGMENT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；50mM Tris-HCl(pH 8.7), 16%(w/v) PEG4000, 0.1mM EDTA, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.25 Å R-free 0.278
2IPT PFA1 Fab Fragment 提交 2006-10-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–219（219 aa）	未记录	ACM ACETAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；0.1 M Hepes, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 2.00 Å R-free 0.223
2IQA PFA2 FAB fragment, monoclinic apo form 提交 2006-10-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–219（219 aa）	未记录	ACM ACETAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；0.1 M Bis-Tris, 28% PEG-MME 2000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION	分辨率 2.00 Å R-free 0.279
2IQA PFA2 FAB fragment, monoclinic apo form 提交 2006-10-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–219（219 aa）	未记录	ACM ACETAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；0.1 M Bis-Tris, 28% PEG-MME 2000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION	分辨率 2.00 Å R-free 0.279
2R0W PFA2 FAB complexed with Abeta1-8 提交 2007-08-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 1–219（219 aa）片段：light chain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.3；295 K；25% PEG-MME 5000, 0.1 M OAc, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.277
2R0Z PFA1 FAB complexed with GripI peptide fragment 提交 2007-08-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 1–219（219 aa）片段：light chain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；PEG, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 2.10 Å R-free 0.261
3EYS PFA1 Fab fragment complexed with pyro-Glu3-A-Beta (3-8) 提交 2008-10-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 1–219（219 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；25% w/v PEG2000-MME, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.256
3EYU PFA1 Fab fragment complexed with Ror2(518-525) 提交 2008-10-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 1–219（219 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；20% w/v PEG3350, 0.2 M LiCl, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K	分辨率 2.71 Å R-free 0.248
4P3D MT1-MMP:Fab complex (Form II) 提交 2014-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–217（217 aa）链 L 1–217（217 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG 3350, 0.2M MgCl.hexahydrate, 0.1M Hepes	分辨率 1.95 Å R-free 0.210
4TPR Structure of Tau5 antibody Fab fragment 提交 2014-06-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：Dimeric	链 L 1–218（218 aa）	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 CL CHLORIDE ION × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 33O 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36-dodecaoxaoctatriacontane-1,38-diol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris, 25 % w/v PEG 3350	分辨率 1.60 Å R-free 0.191
4TQE Structure of tau peptide in complex with Tau5 antibody Fab fragment 提交 2014-06-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 1–218（218 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 NA SODIUM ION × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M lithium sulphate, 30% PEG 4000, 0.1M Tris pH 8.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.197
6PXR Anti-TAU BIIB092 FAB with TAU peptide 提交 2019-07-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 103–219（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 20% w/v PEG2000 MME, 200 mM trimethylamine N-oxide, 100 mM non-detergent sulfobetaine 201	分辨率 1.56 Å R-free 0.268
7A6C Nanodisc reconstituted human ABCB1 in complex with MRK16 Fab and elacridar 提交 2020-08-25	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–219（219 aa）	未记录	R0Z elacridar × 2 CLR CHOLESTEROL × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 12 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A2NHM3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–216； UniProt 1–216

monoclonal anti-cholera toxin IGG1 KAPPA antibody, H chain

物种未注明

UniProt Q921A6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 6–118	未记录	monoclonal anti-cholera toxin IGG1 KAPPA antibody, L chain × 1 （A2NHM3） short synthetic D-amino acid peptide D2 × 1 CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；PEG 8000, citrat buffer, potassium chloride, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.78 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1ZEA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1N4X Structure of scFv 1696 at acidic pH 提交 2002-11-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 2–117（116 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å R-free 0.256
1N4X Structure of scFv 1696 at acidic pH 提交 2002-11-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 2–117（116 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å R-free 0.256

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q921A6_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 6–116； UniProt 6–118

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zea
沉积日期 deposition_date	2005-04-18
结构标题 title	Structure of the anti-cholera toxin antibody Fab fragment TE33 in complex with a D-peptide
关键词 keywords	;polyspecificity, cross-reactivity, anti-cholera toxin, antigen-antibody complex, antigen recognition, substitution matrix, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.50 Å
零角强度 I(0) i0	38433600.00
分子量 molecular_weight	47968.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59903 Å³
包络体积 envelope_volume	72159 Å³
水化壳体积 shell_volume	24885 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.2 Å
壳层 Rg shell_rg	31.33 Å
包络 Rg envelope_rg	24.15 Å
形状 Rg shape_rg	24.48 Å
总 Rg total_rg	25.31 Å
总原子数 total_atoms	3380
残基数 n_residues	415
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.4 Å
Rg (实空间) rg_real	25.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8430e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9240e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	38430000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9047
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	29.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.277
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.507
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	7901000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.934; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.968

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	monoclonal anti-cholera toxin IGG1 KAPPA antibody, L chain
分子量 formula_weight	23843.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	3656

DVLMTQTPLSLPVSLGDQASISCKSSQSIVHSSGNTYFEWYLQKPGQSPKLLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDLGVYYCFQGSHIPFTFGSGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	monoclonal anti-cholera toxin IGG1 KAPPA antibody, H chain
分子量 formula_weight	23410.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QIQLVQSGPELKTPGETVRISCKASGYTFTTYGMSWVKQTPGKGFKWMGWINTYSGVPTYADDFKGRFAFSLETSASTAYLQINNLKNEDTATYFCARRSWYFDVWGTGTTVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSQTVTCNVAHPASSTKVDKKIVPR

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	short synthetic D-amino acid peptide D2
分子量 formula_weight	990.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

VPGSQHYDS

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	276

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1zeaH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1zeaH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1zeaL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1zeaL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	100.638 Å
晶胞边长 b length_b	108.862 Å
晶胞边长 c length_c	40.210 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.780 Å
最低分辨率 resolution_low	23.000 Å
R 因子 r_factor	0.2010
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	0.2480

fit	/app/data/saxs_computation/ze/1zea/1zea.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ze/1zea/1zea.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ze/1zea/1zea.dat

Structure of the anti-cholera toxin antibody Fab fragment TE33 in complex with a D-peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

monoclonal anti-cholera toxin IGG1 KAPPA antibody, L chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

monoclonal anti-cholera toxin IGG1 KAPPA antibody, H chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)