SAXSdb — 1zes

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–125	片段：N-terminal domain (residues 1-125) 突变：P125Q	MG MAGNESIUM ION × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；298 K；sodium thiocyanate, Peg3350, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.240
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–125 链 C； UniProt 1–125	片段：N-terminal domain (residues 1-125) 突变：P125Q	MG MAGNESIUM ION × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；298 K；sodium thiocyanate, Peg3350, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1ZES	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B00 PHOB RECEIVER DOMAIN FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1998-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–127（127 aa）片段：RECEIVER DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 1.88 Å R-free 0.280
1B00 PHOB RECEIVER DOMAIN FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1998-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–127（127 aa）片段：RECEIVER DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 1.88 Å R-free 0.280
1GXP PhoB effector domain in complex with pho box DNA. 提交 2002-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 124–229（106 aa）片段：DNA-BINDING AND TRANSACTIVATION DOMAIN, RESIDUES 124-229 链 B 124–229（106 aa）片段：DNA-BINDING AND TRANSACTIVATION DOMAIN, RESIDUES 124-229	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.50 Å R-free 0.289
1GXP PhoB effector domain in complex with pho box DNA. 提交 2002-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 E 124–229（106 aa）片段：DNA-BINDING AND TRANSACTIVATION DOMAIN, RESIDUES 124-229 链 F 124–229（106 aa）片段：DNA-BINDING AND TRANSACTIVATION DOMAIN, RESIDUES 124-229	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.50 Å R-free 0.289
1QQI SOLUTION STRUCTURE OF THE DNA-BINDING AND TRANSACTIVATION DOMAIN OF PHOB FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1999-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 126–229（104 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；300 K；离子强度（mmCIF原始值）NACL 500mM；压力 AMBIENT NMR样品组成 1-2MM PROTEIN U-15N,13C; 50MM PHOSPHATE BUFFER, 500MM NACL NMR样品组成 1-2MM PROTEIN U-15N; 50MM PHOSPHATE BUFFER, 500MM NACL NMR样品组成 1-2MM PROTEIN ; 50MM PHOSPHATE BUFFER, 500MM NACL	分辨率未提供

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHOB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125 作者链 B； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125 作者链 C； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zes
沉积日期 deposition_date	2005-04-19
结构标题 title	BeF3- activated PhoB receiver domain
关键词 keywords	chey-like fold, response regulator, transcription factor, phob, activated, TRANSCRIPTION ACTIVATOR; TRANSCRIPTION ACTIVATOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.10 Å
零角强度 I(0) i0	27848800.00
分子量 molecular_weight	40651.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50886 Å³
包络体积 envelope_volume	63069 Å³
水化壳体积 shell_volume	21569 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.4 Å
壳层 Rg shell_rg	31.61 Å
包络 Rg envelope_rg	26.95 Å
形状 Rg shape_rg	27.10 Å
总 Rg total_rg	27.61 Å
总原子数 total_atoms	2850
残基数 n_residues	359
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.5 Å
Rg (实空间) rg_real	27.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7850e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9700e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	27850000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8089
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.538
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.488
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.649; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.670; Smooth: 0.893

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB
分子量 formula_weight	14344.5 kDa
突变 mutation	P125Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	3029

MARRILVVEDEAPIREMVCFVLEQNGFQPVEAEDYDSAVNQLNEPWPDLILLDWMLPGGSGIQFIKHLKRESMTRDIPVVMLTARGEEEDRVRGLETGADDYITKPFSPKELVARIKAVMRRISQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子量 formula_weight	66.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	179

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1zesa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.1 — CheY-like
家族 Family family	c.23.1.1 — CheY-related

结构域编号 domain_id	d1zesb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.1 — CheY-like
家族 Family family	c.23.1.1 — CheY-related

结构域编号 domain_id	d1zesc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.1 — CheY-like
家族 Family family	c.23.1.1 — CheY-related

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1zesA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	1zesB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	1zesC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	77.869 Å
晶胞边长 b length_b	77.869 Å
晶胞边长 c length_c	109.071 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	26.700 Å
R 因子 r_factor	0.1936
R_work r_work	0.1888
R_free r_free	0.2401

fit	/app/data/saxs_computation/ze/1zes/1zes.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ze/1zes/1zes.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ze/1zes/1zes.dat

BeF3- activated PhoB receiver domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction