SAXSdb — 1zhh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Autoinducer 2-binding periplasmic protein luxP

Vibrio harveyi

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Autoinducer 2 sensor kinase/phosphatase luxQ × 1 （P54302） 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LUXP_VIBHA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–344； UniProt 22–365

Autoinducer 2 sensor kinase/phosphatase luxQ

Vibrio harveyi

UniProt P54302

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Autoinducer 2-binding periplasmic protein luxP × 1 （P54300） 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LUXQ_VIBHA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–242； UniProt 39–278

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zhh
沉积日期 deposition_date	2005-04-25
结构标题 title	Crystal Structure of the Apo Form of Vibrio Harveyi LUXP Complexed with the Periplasmic Domain of LUXQ
关键词 keywords	;PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, PER/ARNT/SIMPLE-MINDED (PAS) FOLD, AUTOINDUCER-2 (AI-2), QUORUM SENSING, SENSOR KINASE, Signaling Protein ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1zhh__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1zhh__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1zhh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.22 Å
Rg（电子密度）	26.34 Å
总 Rg	27.22 Å
原子数	4439
残基数	552
排除体积	78595 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1zhh__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Autoinducer 2-binding periplasmic protein luxP
分子量 formula_weight	39295.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4772

TQVLNGYWGYQEFLDEFPEQRNLTNALSEAVRAQPVPLSKPTQRPIKISVVYPGQQVSDYWVRNIASFEKRLYKLNINYQLNQVFTRPNADIKQQSLSLMEALKSKSDYLIFTLDTTRHRKFVEHVLDSTNTKLILQNITTPVREWDKHQPFLYVGFDHAEGSRELATEFGKFFPKHTYYSVLYFSEGYISDVRGDTFIHQVNRDNNFELQSAYYTKATKQSGYDAAKASLAKHPDVDFIYACSTDVALGAVDALAELGREDIMINGWGGGSAELDAIQKGDLDITVMRMNDDTGIAMAEAIKWDLEDKPVPTVYSGDFEIVTKADSPERIEALKKRAFRYSDN

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio harveyi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	669
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Autoinducer 2 sensor kinase/phosphatase luxQ
分子量 formula_weight	27407.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSYFSKQIIWQEVDRTKQQTSALIHNIFDSHFAAIQIHHDSNSKSEVIRDFYTDRDTDVLNFFFLSIDQSDPSHTPEFRFLTDHKGIIWDDGNAHFYGVNDLILDSLANRVSFSNNWYYINVMTSIGSRHMLVRRVPILDPSTGEVLGFSFNAVVLDNNFALMEKLKSESNVDNVVLVANSVPLANSLIGDEPYNVADVLQRKSSDKRLDKLLVIETPIVVNAVTTELCLLTVQDNQSVVTL

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio harveyi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	669
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID
分子量 formula_weight	207.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	333

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1zhha_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamily	c.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family family	c.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like

结构域编号 domain_id	d1zhhb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.6 — Sensory domain-like
家族 Family family	d.110.6.3 — LuxQ-periplasmic domain-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1zhhA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	1zhhA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	1zhhB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — LuxQ periplasmic domain, N-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	1zhhB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	20 — Anthopleurin-A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — LuxQ periplasmic domain, C-terminal subdomain

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晶胞边长 a length_a	128.468 Å
晶胞边长 b length_b	128.468 Å
晶胞边长 c length_c	95.671 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.940 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2070
R_work r_work	0.2060
R_free r_free	0.2220

Crystal Structure of the Apo Form of Vibrio Harveyi LUXP Complexed with the Periplasmic Domain of LUXQ

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Autoinducer 2-binding periplasmic protein luxP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Autoinducer 2 sensor kinase/phosphatase luxQ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1zhh__assembly_1__model_1

1zhh__assembly_1__model_1 | I(q)

1zhh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of the Apo Form of Vibrio Harveyi LUXP Complexed with the Periplasmic Domain of LUXQ

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Autoinducer 2-binding periplasmic protein luxP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Autoinducer 2 sensor kinase/phosphatase luxQ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1zhh__assembly_1__model_1

1zhh__assembly_1__model_1 | I(q)

1zhh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)